Фрейд признавал, что личное влияние врача может быть чрезвычайно значимо, и предлагал терапевту действовать и как просветителю, учителю, духовному отцу. Вместе с тем он осознавал, что при определенных условиях отношение пациента к врачу может «расстроиться» - фактор, который превратит отношения пациент — врач в наихудшее препятствие на пути дальнейшего анализа. Это может произойти, если пациент чувствует к себе пренебрежение, когда пациент становится сексуально зависимым, или если пациент испытывает недоверие к врачу, вытекающее из содержания анализа, переносит на фигуру врача внушающие беспокойство мысли из содержания анализа. При работе с этим следует вывести все на сознательный уровень и вернуться назад, к тому моменту в лечении, когда это возникло. Затем следует попытаться убедить пациента общаться, несмотря на эти чувства.
Таким образом, Фрейд обнаружил явления сопротивления и переноса, хотя, по существу, они им рассматривались как помехи в работе. Главной целью было - достигнуть аффективного отреагирования и восстановить травматические воспоминания. Реакции переноса и сопротивления должны были быть обойдены или преодолены.
В работе «Об истерии» Фрейд попытался сформулировать задачи, сконцентрировать свои усилия на индивидуальной симптоматике пациента. Он сознавал, что эта форма терапии — симптоматическая, а не казуальная. В случае Доры, который был опубликован в 1900, хотя написан в 1901 г., Фрейд констатировал, что психоаналитическая техника полностью революционизирована. Он более не старался прояснить каждый симптом, один за другим. Он нашел, что этот метод совершенно неадекватен в случае комплексного невроза. Теперь Фрейд предлагал пациенту самому подобрать субъективный материал к сеансу, а сам начинал работу с подсознательными мыслями пациента, которые проявлялись в данный момент.
Новое ударение было теперь сделано на бессознательном устранении амнезии, восстановлении памяти. Сопротивление стало краеугольным камнем психоаналитической теории, было соотнесено с теми силами, которые вызывают регрессию. Аналитик использует интерпретацию для того, чтобы сломить сопротивление.
В случае Доры (1905) Фрейд впервые подчеркнул решающую роль переноса. «Перенос, которому, кажется, предписано быть самой большой помехой психоанализу, становится его наиболее могучим союзником, если каждый раз его присутствие может быть определено и объяснено пациенту». В постскриптуме к этому случаю Фрейд описывает случай, когда пациент внезапно прекратил лечение потому, что ему не удалось проанализировать множественные элементы переноса, которые докучали при лечении.
В работе «Динамики переноса» (1912) он описывает связь между переносом и сопротивлением, позитивный и негативный перенос и амбивалентность реакций переноса. Часть одного раздела заслуживает быть процитированной, так как в ней отчетливо видна новая терапевтическая ориентация Фрейда. «Борьба между врачом и пациентом, между интеллектом и инстинктивной жизнью, между пониманием и стремлением действовать проявляется почти исключительно в явлении переноса. На этом поле битвы должна быть победа — победа, чье выражение — перманентное излечение невроза. Не подлежит сомнению, что контроль за явлениями переноса связан для психоаналитика с большими трудностями. Но не следует забывать, что такой контроль оказывает неоценимую услугу, делая скрытые и забытые эротические побуждения непосредственными и явными. К счастью, в то время, когда все это было сделано и сказано, уже невозможно было судить заочно и сжигать портреты».
С 1912 года и далее последовательный анализ переноса и сопротивления стал центральным элементом терапевтического процесса. В своей работе «Воспоминание, повторение и тщательная проработка» (1914), Фрейд описывает особо, как вести себя по отношению к переносу и сопротивлению, и связывает это с навязчивым повторением. Он использует термин «невроз переноса» для обозначения того, что во время психоанализа пациент замещает свой обычный невроз этим неврозом, вовлекая аналитика.
Кое-что новое было добавлено к дискуссии по терапевтическим процессам в той части, где Фрейд отмечает, что перестройка Я становится возможной при анализировании переноса. Он утверждал, что при интерпретации неосознанное переходит в осознанное и увеличивает Я за счет подсознательного. В работе «Я и Оно» Фрейд выразил эту мысль очень сжато. «Психоанализ — инструмент, дающий возможность Я достичь, добиваться прогрессирующей победы над Оно». В 1933 г., Фрейд писал, что в психоанализе основные усилия направлены на то, чтобы «усилить Я, сделать его более независимым от Сверх-Я, расширить сферу действия перцепции и укрепить его организацию так, чтобы оно могло присвоить свежую порцию Оно. Где было Оно, там будет Я». И снова в работе «Анализ конечный и бесконечный» Фрейд утверждает: «Дело анализа — обеспечивать, насколько это возможно, хорошие условия для функционирования Я, только в этом случае он выполнит свою задачу».