Учащиеся в академии освобождались от гражданского суда по всем преступлениям, кроме "убийственных и иных великих дел", и судились у блюстителя академии с учителями. Учителя и сам блюститель в случаях подозрения в чистоте веры, твердости церковных преданий или в каком-либо другом преступлении судятся академическим судом, состоящим из учителей и блюстителя, в присутствии присланных от царя и патриарха людей (так судится блюститель) или по установленному царем и патриархом порядку (так судятся учителя 1, положения 7 и 8). Учащиеся по окончании курса жаловались в приличные их разуму чины, в стольники, стряпчие и в другие; а неучившихся, кроме благородных и оказавших особенные заслуги, в таковые чины повелевалось "не допускати" (положение 10). До сих пор все прекрасно, а дальше пойдет не совсем хорошо.
От блюстителя и учителей требовалось прежде всего, чтобы они были русские, рождены благочестивыми родителями и воспитаны в православной вере. Из греков в учителя допускались лишь те, которые представят от православных патриархов достоверные свидетельства о "крепком утверждении" их в вере, да и те должны быть подвергнуты в России новому основательному испытанию. Новообращенные в православие от римской веры, лютерской и кальвинской и других ересей в академию не допускались. Православные, жившие в Малороссии и Литве, могли быть избираемы на должность учителя и блюстителя академии, если только представляли достоверное свидетельство о своем православии, о том, что они рождены от благочестивых родителей и воспитаны в православной вере. Если кто из них известен как сочинитель полемической книги против католичества или протестантства, то это не считалось верным свидетельством православия автора, потому что сочинение могло быть написано с хитрою целью приобресть доверие, а после такие люди могли мало-помалу всевать семена лжемудрия и вредить чистоте веры. А чтобы накрепко утвердить чистоту православной веры в учителях и блюстителях, то с них полагалось брать присягу с крестным целованием, и уж если после этого кто своей клятвы не сдержит и начнет кривотолки о вере, начнет чужую веру хвалить, а нашу православную укорять, таковой "от чина своего учительского да извержется", "а за хуление Православновосточныя веры, аще он в таком хулительстве пребудет, без всякого милосердия да сожжется" (положения 3 и 4).
С учреждением академии запрещалось учиться дома, без разрешения блюстителя и учителей академии, языкам греческому, польскому и латинскому и другим иностранным языкам, повелевалось домовых учителей не держать и детей, кроме как в академии, не учить из опасения, как бы домашние учителя, особенно иностранные и иноверные, не внесли какой-либо противности вере нашей православной, чтобы не было разногласия. Виновные в нарушении этого приказа подвергались конфискации имущества (положение 6).
Таким оброзом, академии были даны большие права и преимущества, но зато на нее были возложены и многие трудные обязанности по охранению православия в русском народе и чистоты веры. Ученые-иностранцы разных вер и ересей, приезжавшие в Россию и желавшие по каким-либо причинам жить в ней, испытывались в вере блюстителем академии и учителями, и если, по их свидетельству, оказывались достойными, то ходатайства их удовлетворялись; а те, в которых усмотрено будет направление, противное духу православия, высылались "из царствующего града за пределы Нашего царствия" (положение 11).
Блюститель и учителя академии обязывались крепко наблюдать, чтобы от всякого чина людей, мудрствующих противно святой православной вере, не было каких-либо распрей и раздоров. Такие лица должны подлежать самому строгому суду (положение 12). Иноверцев, принимающих православную веру, следовало записывать в особые книги, которые должны были храниться у блюстителя и учителей академии, они должны были наблюдать за образом мыслей и жизни записанных в книги лиц, "кто из них како житие свое препровождает, и крепко ли и цело ону (т. е. веру) и церковные предания содержит". Если окажется, что они не в целости держат православие, то их "в дальные наши грады, на Терек и в Сибирь ссылати"; а кто окажется придерживающимся своей прежней веры или ереси, "таковый да сожжется без всякаго милосердия" (положение 13). Блюстителю и учителям академии вменялось в обязанность наблюдать, чтобы ни у духовных, ни у мирян не было в домах от церкви возбраняемых богохульных книг, "волшебных, чародейных и гадательных", а равно чтобы неученые люди не держали в домах польских, латинских, немецких, лютерских, кальвинских и прочих еретических книг. Их следовало сжигать или представлять блюстителю и учителям академии. За держание волшебных и чародейных книг полагалось виновным без всякого милосердия сожжение, а за хранение польских и иных "предаяти казни, смотря по вине, нещано" (положение 14). Учителей магии естественной и подобных наук вместе с учениками, если где таковые учителя обрящутся, как чародеев, постановлялось без всякого милосердия сжигать (положение 5). Всякий русский или иностранец, на пиршестве или в каком бы то ни было месте хуливший и порицавший православную веру или церковные предания, отдается на суд блюстителю и учителю училища, и если обвинение подтвердится или обвиняемый окажется отрицающим призывание святых, поклонение иконам, почитание мощей, "без всякого милосердия сожжен да будет" (положение 15). Прибывший в Россию из другой страны православный в случае перемены веры подлежал сожжению, а если был католиком, да перешел в лютеранство, подвергался ссылке (положение 6).
Таким образом духовная и светская власть хотела создать из академии твердый оплот православию не только путем просвещения и серьезного обучения юношества богословию и светским наукам, но одновременно и превращением ее в своеобразный трибунал, который должен был блюсти за православным настроением умов и улавливать нечестивцев для предания установленным карам. Академия являлась сторожевой башней православия, на которой постоянно сидел строгий дозор, наблюдавший за каждой православной душой, подстерегавший все ее движения и в случае отклонения от правой веры предававший ее жестокой каре. Оберегать православную веру как зеницу ока — вот задача академии 4. За такие разнообразные труды царь обещался со всем усердием заботиться о благосостоянии академии и защищать ее от притеснений.
Вследствие такого характера академии ее начальству и преподавателям приходилось помимо своих прямых обязанностей исполнять еще много поручений цензурно-обличительного и наставительного свойства. Так, в 1722 году ректору Гедеону Вишневскому поручено было рассмотреть "писанные уставом и скорописью подозрительные тетради и письма", взятые в лавках на Спасском мосту. Такого рода поручения повторялись довольно часто, ректору приходилось просматривать не только "подозрительные", но и прямо "волшебные тетради" и давать о них отзыв. На ректоре же лежала обязанность наставлять в православной вере и присоединять к церкви обращавшихся из иноверия, увещевать раскольников, отступников, богохульников и т. п. В 1743 году указом Св. синода предписано было ректору Порфирию и учителям академии написать для обращающихся "на каждую религию собственный чин, начав с срацин, идолопоклонников и прочих еретиков, восточной церкви противостоящих, с оглавлением или с изображением над каждым чином всякого еретического заблуждения в крепких доказательствах". В 1744 году новокрещеный из татар казанского уезда Адлагун Алашев отступил от веры христианской. Его поселили под надзор старцев в богоявленский монастырь и приказали ежедневно водить в заиконоспасский монастырь к ректору Порфирию, которому предписано: "трактовать отступнику о событии пророчеств с довольным объяснением", а если останется непреклонен, угрожать ему судом гражданским. В 1720 году объявился какой-то вологодский крестьянин, прекративший ходить в церковь и не принимавший увещеваний. Приказ церковных дел предписал ректору "держать его скована в монастырских трудех месяц и ежедневно увещевать".
К лицам, требовавшим увещевания, относили и таких, которые впадали в задумчивость и в расстройство сил душевных. В 1744 году к ректору Порфирию был прислан студент Академии наук Яков Несмеянов, впавший в "меланхолию". В бумаге предписано: "Определяя его к кому из учителей, велел разговаривать и увещевать и притом усматривать, не имеет ли он в законе Божии какого сумнения".
В разных необычных случаях, имеющих какую-либо связь с православной верой или даже не имеющих никакой связи, обращались к академии. В 1785 году архиепископу Платону было предписано смотреть книги, напечатанные в типографии Новикова и в других вольных типографиях. В комиссию по этому делу были назначены бывший проповедник в академии архимандрит Серапион и тогдашний проповедник игумен Моисей. Когда в Москве стали открываться частные училища, то надзор за ними поручен был академии. В январе 1786 года иностранка Ульяна Бракель вознамерилась открыть пансион для девиц. По предписанию архиепископа Платона, префект Афанасий должен был рассмотреть аттестаты содержательницы пансиона и учителей, наблюдать за исправлением ими должности и представить о том рапорты. В том же году такого же рода поручения даны Афанасию при открытии мужского пансиона Христофора Раппе и девичьего докторши Елисаветы Лукки 5.