Вместе с тем постепенно творческие и созидательные силы революции начинали брать верх над темными и разрушительными ее сторонами. Налаживалась, входила в привычное мирное русло и жизнь 2-го МГУ. Для организации нормальной работы во 2-го МГУ была назначена комиссаром Анна Георгиевна Познер, многое сделавшая в деле становления новой политики советской власти в области народного просвещения. Следующим шагом в этом направлении становится формирование регулярным органов управления университетом. В конце октября 1918 г. было сформировано временное Правление Университета и его Совет, занявшиеся обустройством повседневной научной и преподавательской деятельности. 31 октября 1918 г С.А. Чаплыгин проинформировал преподавательский коллектив университета, что революционные власти постановили "впредь до избрания ректора и деканов для организуемого II-го Московского Государственного университета просить директора и деканов Высших Женских Курсов исполнять должности ректора и деканов во II Университете и образовать из своего состава Правление". На этом же заседании, ставшем первым заседанием Правления 2-го МГУ, новое Правление Университета признало себя сформированным и приступило к очередным занятиям. В его состав вошли видные ученые Ф.А. Рейн, В.М. Хвостов, М.Н. Шатерников. Председателем его становится руководивший вузом с 1905 г. Сергей Алексеевич Чаплыгин. Секретарем Правления по рекомендации Чаплыгина был избран Виктор Михайлович Терентьев.
Формируются и основные вспомогательные службы университета. Утверждается канцелярия по студенческим делам. На заседании Правления 2-го МГУ от 11 ноября 1918 г. единогласно избираются казначей университета (М.Е. Беккер), архитектор (А.Ф. Кретов), состав библиотечных работников, экзекутор (О.И. Заремба), архивариус (О.Г. Дедова) смотрителя здания (М.Н. Белогуров) и др.
Как и в других вузах, во 2-ом МГУ развивалось студенческое самоуправление. В 1918 г. здесь был создан орган самоорганизации и самоуправления студентов — совет старост курсов. Совет старост был вызван к жизни революционными настроениями студенчества и постановлением Народного комиссара по просвещению от 18 ноября 1918 года. В нем, в частности, говорилось, что заведование студенческими делами каждого высшего учебного заведения осуществляется органами студенческого самоуправления, к которым Постановление относило общие собрания студентов и советы старост. Ведению совета старост подлежал широкий круг вопросов: организация представительства студентов во всех органах управления высшей школы; представительство и защита интересов студентов; регулирование взаимоотношений студентов с другими группами коллектива высшего учебного заведения; финансовые вопросы. Вновь образованный старостат получал право направлять студентов в Состав Советов Вуза и любые другие органы управления университета в количестве четверти от их состава.
В рамках укрепления начал новой школы и вузовской самостоятельности, а так же для поднятия авторитета руководства 2-го МГУ весной 1919 г. проводится конкурсное занятие административных должностей. Ректором вновь избирается С.А. Чаплыгин. Тогда же проректором становится проф. А.А. Волков, деканом историко-филологического факультета — проф. Н.Д. Виноградов, секретарем — проф. Д.Г. Коновалов, деканом физико-математического факультета — проф. Б.К. Млодзиевский, секретарем — проф. С.С. Наметкин, деканом медицинского факультета был избран проф. Ф.А. Рейн, секретарем — проф. Э.В. Готье.
В дальнейшем, в связи с переходом некоторых ученых на другую работу, персональный состав руководства университета претерпевал определенные изменения. Важнейшим из них становится назначение 16 октября 1919 г. на должность исполняющего обязанности ректора 2-го МГУ крупного ученого-химика Сергея Семеновича Наметкина, заменившего перешедшего на работу в 1-й МГУ С.А. Чаплыгина. С.С. Наметкин начал свою преподавательскую деятельность в МВЖК еще в 1910 г. в качестве ассистента на кафедре органической химии, а в 1912 г. по рекомендации Н.Д. Зелинского занимает должность профессора. После революции, когда многие преподаватели курсов переходили на работу в другие вузы, Наметкин принимает решение сосредоточиться на работе во 2-ом МГУ. Став во главе университета, он многое сделал для его развития и превращения в один из престижнейших вузов столицы (6).
Первейшей задачей 2-го МГУ и его руководства становится борьба за повышение качества преподавания, а так же забота о сохранении преподавательских кадров, налаживание нормальных условий работы, материальная поддержка ученых, работающих в университете. Уже на первом же заседании Временного Правления 2-го МГУ С.А. Чаплыгин проинформировал, "что, так как нормы оплаты труда профессорам и преподавателям еще не выяснены, то из суммы отпущенной (выданной Советским правительством вперед) на содержание Университета, он уплатил в виде аванса по 500 рублей профессорам и преподавателям, имеющим не более двух часов в неделю преподавательских занятий, всем же, имеющим более двух часов в неделю преподавательских занятий, уплачено по 1000 рублей".
Кроме вопросов, связанных с организацией учебного процесса, налаживания научной деятельности университета, Правлению приходилось решать бытовые вопросы, но именно от их решения в период гражданской войны, голода и разрухи зависело, состоятся завтра занятия или они будут сорваны, смогут студенты продолжать обучение или им придется бросить работу. Так, в тот момент очень остро в университете как и во всей Москве, стоял вопрос продовольствия и топлива. В результате гражданской войны Москва оказалась отрезана от продовольственных и топливных регионов страны. Поэтому часто Правлению 2-го МГУ приходилось решать этот вопрос самостоятельно.
"Относительно того, что положение дела с отоплением занимаемых университетом в доме бывшего Титова (на Поварской улице) помещений остается по-прежнему тяжелым" говорилось, в частности, на заседаниях Правления 18 и 25 декабря 1918 года. На заседании в последний день уходящего 1918 года, ставшего таким важным в истории бывших Московских Высших Женских Курсов, обсуждались совсем не предпраздничные вопросы, проблема с топливом рассматривалась на этом заседании самым принципиальным образом. В своем заявлении Председатель правления отмечал, "что, в виду действительного запаса дров и возможности их приобретения лишь при условии немедленной расплаты или выдачи известного аванса, необходимо уполномочить Ректора Университета произвести из сумм Университета потребный в зависимости от обстоятельств расход, дабы из-за промедления не упустить возможности" закупить необходимое для университета топливо. Правление в своем решении постановило "уполномочить Ректора Университета произвести указанные в заявлении Председателя Правления расходы".
По мере стабилизации положения, 2-ой МГУ постепенно становится одним из ведущих вузов республики, развитию которого постоянное внимание уделяло и советское правительство. Со 2-го февраля 1921 г. 2-ой МГУ переходил в ведение Отдела высших учебных заведений Главного Комитета профессионально-технического образования, что позволяло отныне более успешно и оперативно координировать работу с центральными учреждениями нового государства и получать более ощутимую поддержку с их стороны. О том повышенном внимании, которое большевистское руководство проявляло к Московским высшим женским курсам, а позже к 2-му МГУ говорит уже тот факт, что именно МВЖК принял участников I Всероссийского съезда по просвещению. Работа съезда проходила с 26 августа по 4 сентября 1918 г. в корпусе МВЖК на Малой Пироговке. Работники МВЖК приняли самое активное участие в его подготовке и проведении. Многие из них, такие как профессора В.Н. Шульгин, Д.И. Азбукин, П.И. Попов, стали участниками съезда. Всего же на съезд собралось более 700 делегатов из тех губерний России, которые признали Советскую власть и были под властью большевистского правительства. Одним из ключевых стало решение съезда о создании целой сети педагогических учебных заведений, единого типа педагогических вузов. В очень скором времени это решение самым кардинальным образом повлияет на всю дальнейшую судьбу университета.
Традиции и новаторство
Заканчивалась гражданская война, в жизни 2-го МГУ и всей высшей школы начиналась новая эпоха — эпоха созидания и развития. Высвобождавшиеся средства республики шли теперь не на содержание армии, а на социальные нужды, прежде всего на развитие системы народного образования. Основой этой политической линии большевистского руководства становится борьба за ликвидацию безграмотности. Соответствующий декрет был подписан Лениным еще раньше, уже 26 января 1919 г., а к 1 сентября 1920 г. только в РСФСР действовало 24 650 пунктов ликбеза. Однако их работа затруднялась из-за нехватки квалифицированных учительских кадров. В этих условиях закономерным становится решение об организации подготовки квалифицированных кадров учительства в системе университетского образования. Этому вопросу было посвящено первое партийное совещание по народному образованию, состоявшееся в декабре 1920 года. В его резолюции "О реформе высшей школы" признавалось необходимым открыть на базе существовавших в стране университетов целого ряда педагогических факультетов. В 1921 г. Главпрофобром на основе этих решений было разработано специальное "Положение о педагогических учебных заведениях".