С 1804 и до 1812 г. университетская гимназия существовала благодаря личным усилиям ректора П.И. Страхова, бывшего в течение нескольких лет инспектором гимназии и сознававшего ее значение в жизни университета.
Академическая гимназия просуществовала до Отечественной войны 1812 г. После того как здание гимназии сгорело во время пожара Москвы, ее деятельность уже не возобновляли. Университет не имел средств содержать академическую гимназию, и потому решено было ее закрыть. После смерти П.И. Страхова интерес к академической гимназии у университетского руководства пропал. Многие гимназисты уже не вернулись в Москву. Из оставшихся ее учеников десять человек приняты по экзамену студентами в университет, из прочих сорока некоторые переведены в Московскую губернскую гимназию, а другим, не явившимся, предоставлена свобода искать себе место [16: с. 279]. «Такими судьбами перестала существовать академическая гимназия, день в день 57 лет бывшая самой деятельной и полезнейшей помощницей Московскому университету в священном, великом деле воспитания и просвещения Российских юношей», — пишет историк академической гимназии П.Н. Страхов [13: с. 64].
Кроме гимназии при университете в 1779-1830 гг. существовал Благородный пансион для дворян, куда принимались дети 9-14 лет. Это было закрытое учебное заведение. Имелись в нем и полупансионеры, жившие дома и платившие за обучение и обеденный стол. Учебная программа пансиона была шире гимназической. Кроме основных предметов, изучались правоведение, четыре иностранных языка, военные науки; учащиеся занимались танцами, фехтованием, музыкой. Преподавание в Благородном пансионе вели университетские профессора. До 1812 г. воспитанникам присваивалось звание студента в самом пансионе, без экзамена в университете. Возглавлял пансион бессменно свыше тридцати лет профессор университета А.А. Прокопович-Антонский [11: c. 109-115; 236-329]. Воспитанник пансиона В.И. Сафонович в воспоминаниях характеризовал его как человека, пользовавшегося всеобщим уважением, ловкого, сметливого, избегавшего конфликтов с родителями учащихся, и замечал, что в пансионе и у себя дома он был суров, его даже боялись. При этом В.И. Сафонович признает, что большинство выпускников всегда отзывались о нем с чувством и признательностью: «Редкий из них, проезжая Москву, не заходил в пансион повидаться с Антонским, который встречал приезжего с особенным радушием» [12: с. 117-118].
Благородный пансион выделялся среди учебных заведений как высоким уровнем преподавания, так и методами воспитания, чуждыми формалистики и свободными от излишних стеснений. Телесные наказания не допускались. Самым распространенным наказанием было оставление без чая, без одного или нескольких блюд [12: с. 120]. Условия жизни приближались к домашним. Наряду со знаниями, большое внимание уделялось нравственному воспитанию. Культивировались идеи самосовершенствования, человеколюбия, патриотизма. Поощрялись занятия литературой, особенно отечественной. Русскую словесность в пансионе преподавал А.Ф. Мерзляков [5: с. 148-149; 18: с. 79-81].
2 января 1804 г. на базе Главного народного училища была у Пречистенских ворот открыта Московская губернская гимназия. По рекомендации попечителя Московского учебного округа М.Н. Муравьева ее директором стал П.М. Дружинин. Принятый в том же году «Устав учебных заведений, подведо- мых университетам» был составлен в духе гуманных просветительских идей. Гимназии должны были готовить учеников к университету или к самостоятельной жизни, а тех, кто пожелает, — к профессии учителя в уездном, приходском и других училищах. Гимназия состояла из четырех классов и двухклассного уездного училища, выполнявшего роль ее низшего звена.
Курс уездного училища был гораздо обширнее, чем курс начального обучения «частных» школ. Кроме предметов начального обучения (чтение, письмо, грамматика, арифметика, рисование, священная история) в уездном училище преподавали еще геометрию, всемирную и российскую историю, географию и чтение на латинском, немецком и французском языках. Из старшего класса училища поступали непосредственно в первый класс губернской гимназии [19: с. 31].
Программа первого - третьего классов гимназии была рассчитана на 36 часов (24 урока по 1,5 часа). Гимназическая программа отличалась широтой охвата: энциклопедизм был в духе времени. На первый план выдвигалось знание языков — латинского, немецкого и французского. Преподавались география, история и мифология, статистика, математика (чистая и прикладная), опытная физика, естествознание, рисование. Учащимся предстояло усвоить начальные основы философии и «изящных наук», политической экономии, коммерции, технологии. При возможности рекомендовалось ввести в курс обучения танцы, музыку, гимнастику. С 1815 г. благодаря пожертвованию грека З.П. Зосимы в гимназии наряду с латынью начали преподавать и греческий [3: с. 33, 38].
«Дабы лучше соединить теорию с практикою», учителям предлагалось устраивать прогулки с учениками за город, знакомить их с природой, с мануфактурами и фабриками, устройством мельниц, гидравлических машин, посещать мастерские художников. Закон Божий в этом обширном перечне отсутствовал: предполагалось, что необходимые знания в этой области ученики уже имеют. Декларировалось, что в гимназию принимаются «всякого звания ученики», обладающие знаниями в объеме уездного училища. Специально оговаривалось, что учитель «не должен пренебрегать детей бедных родителей, но всегда иметь в памяти, что он приготовляет членов обществу» (§ 38). От учителей требовалось, чтобы они относились к ученикам как родители, были с ними терпеливыми и ласковыми, заботились об их пользе, а главное — старались «более об образовании и изощрении рассудка их, нежели о наполнении и упражнении памяти» (§ 41). Разумеется, в реальных условиях России начала XIX в. подобные гуманнопросветительные принципы оставались большей частью на бумаге, но само провозглашение их имело положительное значение, воздействуя на общественное сознание.
Преподавателей было немного. По штатам 1804 г. полагалось 4 старших и 4 младших учителя с жалованьем 780 и 480 рублей в год. Директору гимназии присваивался высокий чин VII класса. Ему подчинялись уездные и приходские училища губернии, а также частные пансионы. В первый год существования гимназии в ней насчитывалось 79 учеников, в 1812 г. их было уже 101 [3: с. 38-39].
С открытием губернской гимназии пансион, существовавший при Главном народном училище, был сохранен. Из 65 пансионеров 25 были приняты в гимназию, остальные — в уездное училище при ней [3: с. 41-42]. В 1814 г. при гимназии открылся трехгодичный учебно-воспитательный пансион для дворян. Окончившие его принимались без экзамена во 2-й класс гимназии. Плата здесь была значительно выше, чем в пансионе для разночинцев.
Воспоминания о Московской губернской гимназии 1814-1818 гг. оставил учившийся в ней М.П. Погодин. Курс состоял тогда из четырех классов. В классе имелось по 50 и более учеников. Места в нем распределялись в зависимости от успехов: лучшие сидели на первой скамейке, худшие — сзади, время от времени перемещаясь. Практиковалась популярная в те годы система взаимного обучения. Вот как описывает автор уроки латинского языка: «Время употреблялось на прослушивание уроков младших учеников старшими, сидевшими на первой лавке, и самим учителем; потом в исправлении ошибок и в легких переводах из хрестоматии» [10: с. 606]. Ученики, помогавшие другим, назывались аудиторами (авдиторами). Каждый учитель преподавал несколько предметов: один — латинский, немецкий и французский языки, другой — математику и физику и т. д. Считалось, что математикой способны заниматься лишь немногие, поэтому требования к ученикам были весьма снисходительны. Естественная история включала в себя минералогию, ботанику, зоологию и технологию. Учебников не было. Рассказанное учителем выучивалось наизусть. Так же обстояло дело со статистикой Российской империи. География и история преподавались, по отзыву М.П. Погодина, «гнуснейшим образом». Сведения из истории были отрывочны. Хотя среди учителей гимназии имелись люди с учеными степенями, методика преподавания во многих случаях была несовершенной, а то и просто беспомощной. Так, будущий профессор университета С.М. Ивашковский преподавал русскую словесность, а также логику, грамматику, психологию, нравственность, риторику, пиитику, эстетику, естественное право и политическую экономию. Его преподавание мемуарист назвал уродливым и нелепым. По мнению Погодина, русская словесность и позже преподавалась в гимназии дурно — по непонятным для учеников записям профессорских лекций, сделанных учителями в студенческие годы [10: с. 619-624].
В 1804 г. в гимназии насчитывалось только 79 учеников [3: с. 40]. Дворяне неохотно отдавали своих детей во всесословные гимназии, предпочитая такие учебные заведения, где учились преимущественно отпрыски «благородных родителей». Признанием в этой среде пользовались частные пансионы, руководимые, как правило, учителями гимназий или университетскими преподавателями, нередко из иностранцев. Основное внимание в частных пансионах обращалось на знание западноевропейских языков (особенно французского) и на гуманитарные предметы. В 1811 г. в Москве имелось 24 пансиона (включая университетский). Менее состоятельные родители нанимали для подготовки своих сыновей в университет учителей из студентов или семинаристов. Те, кто побогаче, приглашали нескольких учителей, даже и университетских преподавателей.
Своеобразным учебным заведением было «Армянское господ Лазаревых училище», основанное в 1815 г. богатыми армянами. Первоначально оно предназначалось для бедных армянских детей. Учились в нем и русские. Кроме обычных предметов гимназического курса, там осваивали армянский, арабский, персидский, турецкий языки. Учащихся готовили к государственной службе в качестве переводчиков для Кавказа и Закавказья. Некоторые продолжали свое образование в университете или устраивались учителями [5: с. 148].