Орлай предложил Белоусову преподавать естественное и гражданское право, которым раньше занимался Билевич. Билевич затаил на Белоусова злобу и стал ждать удобного повода, чтобы подсидеть молодого профессора. Тем более что ситуация тому благоприятствовала: в декабре 1825 года произошли известные события на Сенатской площади, а характер уроков Белоусова, его методы преподавания и отношения с учениками позволяли выставить профессора вольнодумцем, растлителем юношества и чуть ли не сообщником декабристов. В августе 1826 года Орлай ушел в отставку. Период его директорства стали считать временем беспорядков. Но именно из-за этих «беспорядков», из-за свободы общения профессоров с директором, а учащихся с профессорами и родился дух лицея, который не так-то легко было вытравить. Однако желающих искоренить его оказалось предостаточно. Через четыре месяца после ухода Орлая в конференцию гимназии поступило прошение, вернее, донос от Билевича, в котором тот сообщал (как о выведанной им новости) о создании театра, где «воспитанники пансиона будут представлять разные театральные пьесы без особого дозволения высшего учебного начальства). Таким стал первый выпад против Шапалинского, занявшего место Орлая, и Белоусова, которому покровительствовал новый директор, назначивший его на должность инспектора. Билевичу конечно, было известно, что разрешение на создание театра дал Орлай. Но при Иване Семеновиче он молчал, зная о связях того при дворе.
Новый донос поступил в конференцию гимназии 16 апреля 1827 года. Это был рапорт профессора Никольского о недозволенных чтениях, которым предаются воспитанники. Речь шла о театре, за который придется отвечать «в случае каких-либо по одному предмету востребований правительства». Белоусов вынужден был произвести осмотр личного имущества пансионеров и отобрать у них запрещенные сочинения. Среди них оказались поэмы Пушкина «Кавказский пленник», «Бахчисарайский фонтан», «Цыган», «Братья разбойники», а так же «Горе от ума» Грибоедова, «Исповедь Наливайки» и «Войнаровский» Рылеева. Книги и рукописи Белоусов, однако, не сдал администрации гимназии, а оставил у себя.
Но не успела конференция обсудить рапорт Никольского, как пришла новая бумага от Билевича. Поминался среди них и пансионер Гоголь-Яновский. Билевич писал: «Приметил у некоторых учеников некоторые основания вольнодумства, а сие, полагаю, может происходить от заблуждения в основаниях права естественного, которое, хотя, и предписано преподавать здесь по системе г-на Демартина, он, г-н младший профессор Белоусов, проходит оное естественное право посвоим запискам, следуя в основаниях философии Канта и Шада». Так начало фигурировать словечко «вольнодумство», которое переросло в конце в «Дело о вольнодумстве».
Белоусов читал лекции по своим записям, а не по учебнику. Но «преступление» состояло даже не в том, а в самой трактовке естественного права, которую давал Белоусов. Осенью 1827 года начались допросы гимназистов о характере лекций крамольного педагога. Большинство показаний было в пользу профессора. Гоголь тоже говорил, что Белоусов на уроках «давал объяснения по книге», то есть по учебнику. Билевич не унимался, пошли слухи о существовании какого-то общества, «Братьев Шапалинского». Звучали имена других «вольнодумцев» - Зингера и Ландражина, первый из которых жил за границей и читал в подлиннике Канта, а второй воевал в армии Наполеона против русских и вообще мог оказаться французским агентом. «Дело о вольнодумстве» завершилось увольнением виновных в 1829 году, уже после отъезда гоголя из Нежина.
Стремясь не допустить распространения революционных идей среди молодежи, власти решили изменить профиль гимназии. В 1832 году ее реорганизовали в физико-математический лицей, а в 1840 году – в юридический лицей. Их выпускниками являлись известный украинский баснописец Л.И. Глибов, украинский и русский писатель и этнограф А.С. Афанасьев (Чужбинский), основатель новой белорусской реалистической литературы Ф.К. Богушевич, поэт и переводчик Н.В. Гербель, известные инженеры, основоположники русской школы мостостроения Д.И. Журавский и П.И. Собко.
Распорядок дня в Нежинской гимназии был такой, что в пору действительно, было сбежать. Вставали в полшестого утра. Умывались и строем шли в церковь, чтоб перед уроками отслужить молебен. Потом, скорее, в столовую попить чайку и на уроки – с девяти до пяти часов вечера. Обед, разумеется, был. Ужин в восемь, а в девять, после вечерней молитвы, сразу спать. В теплое время года можно было еще побыть в парке, а вот куда денешься зимой? И когда учить уроки? А предметов было очень много: Закон Божий, литература, русский, латынь, греческий, немецкий, французский, физика, математика, политические дисциплины, география, история, военное искусство, рисование, танцы.
В Нежинской гимназии высших наук существовала тайная «библиотека свободного чтения». Это были произведения авторов, запрещенных имперской цензурой; Дж. Байрона, Ф. Вольтера, Ш. Монтеське, Ж. Ж. Руссо и т.д. Хранил эти произведения гимназист Н. Гоголь, будущий писатель. В гимназии тайно издавались и распространялись рукописные журналы, в которых гимназисты писали свои произведения с критикой имперских порядков. Большой популярностью в их среде пользовались идеалы Французской революции конца 18 века. Гимназисты часто пели гимн революционной Франции «Марсельезу», а иногда и насмешливую народную песню – пародию на царский гимн, в котором подчеркивалась необходимость уничтожения императорской династии Романовых. Возглавляемое И. Орлаем руководство гимназии относилось к увлечениям своих учеников достаточно спокойно, не каралось их и «не замечало» их занятий.
На свободолюбие гимназистов влияли передовые идеи, которые распространялись среди них некоторыми профессорами гимназии. В частности, профессор М. Белоусов, выпускник Харьковского университета, неоднократно критиковал самодержавно–крепостнические порядки в империи, выступал за переустройство общества на принципах свободы, равенства и братства. Профессор Ф. Зингер обсуждал с учениками на своих занятиях революционные события в Европе.
В 1875 году на базе юридического лицея был создан Нежинский историко-филологический институт, который готовил учителей классических языков, русского языка и истории для средних учебных заведений.
Сюда разрешили поступать крестьянам, мещанам и представителям других сословий. Из стен института вышли известные ученые Е.Ф. Карский, Н.С. Державин, Н.Н. Петровский, И.Н. Кириченко, В.И. Резанов, художник Н.С. Самокиш, педагог П.К. Волынский и другие. В 1920 году учебное заведение реорганизовали в Нежинский институт народного образования, в 1934 году – в Нежинский педагогический институт. Сегодня это Нежинский государственный университет имени Николая Гоголя. Он находится в том же здании с «белым лебедем» и девизом laboreetzelo. Здесь же расположены музей великого русского писателя и коллекция картин русских и западно-европейских художников 16 – 18 веков. На стене здания в 1909 году установлена мемориальная доска: «Здесь учился Гоголь с мая 1821 по июнь 1828 года».