У 1887 році Еміль Дюркгейм отримав запрошення прочитати курс лекцій соціальних наук, який був організований спеціально для нього, в університеті Бордо. Тут його призначають професором педагогіки та соціології на філологічному факультеті. З 1896 року у цьому ж університеті він очолює кафедру «соціальної науки» – першу кафедру соціології у Франції.
Навколо Дюркгейма згуртувалась група його учнів та послідовників: Марсель Гране, Селестин Бугле, Франсуа Симіан, Поль Фоконне, Моріс Хальбвакс, Марсель Мосс та інші. У тісній співпраці з ними учений у 1896 році почав видавати журнал «Соціологічний щорічник». Цей журнал мав забезпечити контакт між соціальними науками і таким чином вплинути на зміну їх методів, організацію досліджень та їх структуру, показати, що усі ці науки є єдиним цілим. Другим завданням журналу було привернення уваги читачів до спеціальних соціальних досліджень. Соціолог, також, вважав, що наука за своєю природою є кумуляцією систематичного знання і вимагає зусиль та співпраці багатьох осіб і тому «Соціологічний щорічник» повинен був стати прикладом об’єднаної групи дослідників, єдиним науковим колективом, який втілював спільні принципи та завдання. Прихильники ідей Дюркгейма, які брали участь у заснуванні журналу, стали таким колективом і утворили наукову школу, яка дістала назву Французька соціологічна школа. Вона стала одним із провідних напрямків французької соціології XIXст.-1пол. XXст.
У 90-х роках XIXст., у час бордоського періоду діяльності, вченим було опубліковано перші три найвідоміших його праці. Першою з них є докторська дисертація «Про розподіл суспільної праці», яку Дюркгейм успішно захистив у1893 році. Пізніше дисертація була визнана однією з соціологічних праць соціолога. У цій роботі були викладені теоретичні та соціально-політичні ідеї автора і продемонстроване його розуміння основних проблем соціології. Основна мета праці: довести,що всупереч деяким теоріям розподіл суспільної праці забезпечує соціальну солідарність, виконує моральну функцію. Теорія розподілу праці Еміля Дюркгейма формувалась під впливом відповідних ідей Герберта Спенсера. Цей вплив був неоднозначним: одночасно і позитивним, і негативним. З одного боку Дюркгейм розвивав своє вчення полемізуючи зі Спенсером, тобто тут може йти мова про негативне ставлення Дюркгейма до нього. Наприклад, індивідуалізму Спенсера протиставлявся колективізм Дюркгейма. З іншого боку був виявлений і позитивний вплив Спенсера у дослідженнях Дюркгейма. Це стосується структурно-функціональної сторони соціології вченого, тобто аналізу суспільства як органічного цілого. Також Дюркгейм, як і Спенсер розглядав складні типи суспільств як комбінації простих. Взагалі схильність використовувати «елементарні форми» як модель для вивчення розвинутих форм стимулювалась роботами Спенсера, який як і Дюркгейм будував свою соціологію на великому етнографічному матеріалі.
Наступна праця «Правила соціологічного методу» спочатку була опублікована у 1894 році у вигляді серії статей, а у 1885 році з невеликими змінами та передмовою була видана окремою книгою. Праця присвячена обґрунтуванню теоретико-методологічної концепції «соціологізму» і була фундаментом формування соціології як самостійної науки. За рішучістю, стислістю та чіткістю стилю «Правила соціологічного методу» можна віднести до жанру маніфесту. Ця робота Дюркгейма, в певній мірі, співзвучна з роботою Декарта «Міркування про метод». Автори обох праць намагались віднайти раціональні прийоми та принципи, які б дозволили відшукати істинну незалежно від загальноприйнятих думок та ідей. У Декарта зустрічається поняття «правила методу», якому присвячена друга частина «Міркування про метод». Можливо, співзвучність робіт двох авторів обґрунтовується тим, що Дюркгейм був переконаним та безкомпромісним прихильником раціоналізму – французької раціональної традиції, яка починається з Рене Декарта. Окрім Декарта, Дюркгейм найбільшими авторитетами виділив для себе Ш.Монтеск’є Ж.Руссо. Ш. Монтеск’є соціолог вважав попередником своєї наукової соціології, оскільки саме він обґрунтував можливість існування соціальної науки, зокрема, ідеї детермінізму та законоподібності у розвитку соціальних явищ, а також, поєднання опису та раціонального пояснення цих явищ. З Ж.Руссо Дюркгейма пов’язує спільне використання понять загальної волі та суспільного договору. Руссо з його поняттями загальної волі та громадянської релігії Еміль Дюркгейм розглядав в якості попередника соціології, який сприяв розвиткові уявлень про природу соціальної реальності.
Третьою роботою Дюркгейма є його соціологічне дослідження «Самогубство» (1897). На відміну від інших його досліджень ця праця ґрунтується на аналізі статистичного матеріалу, який характеризував динаміку самогубств у різних європейських країнах. Дюркгейм спробував об’єднати теоретичний підхід до аналізу цього явища з аналізом емпіричних даних, які слугували для перевірки його гіпотези.
Взагалі, творча спадщина Еміля Дюркгейма є багатою та різноманітною. Він виявився тією людиною, саме тим мислителем, хто осмислив великий масив нових ідей і створив нову чітку парадигму соціології. Тому ідеї К.Маркса, теж, не могли залишитись поза увагою французького вченого. Адже на рубежі XIX.ст-XXст. популярність цих ідей була такою великою,що до них звертались усі відомі мислителі. Дюркгейм був ознайомлений з роботами Маркса, але заперечував його вплив на свою діяльність. Вчений інтерпретував погляди Маркса у дусі економічного редукціонізму, що зводив всю життєдіяльність суспільства до економічного фактору. Своє відношення до теорії марксизму Дюркгейм чітко виклав у рецензії на книгу відомого італійського марксиста А.Лабріоли «Нариси матеріалістичного розуміння історії». Аналізуючи цю роботу, вчений відзначив плідною ідею про те, що соціальне життя не пояснюється теорією, яку створюють ті, хто бере безпосередню участь у ньому. Соціальне життя повинно пояснюватись глибокими причинами, які незалежні від людської свідомості.
Також, вчений не погоджується з марксистською оцінкою значної ролі економічного фактору в соціально-історичному розвитку. Еміль Дюркгейм критикував концепцію Маркса не за першоджерелами, а через її критичний аналіз іншими авторами. Тому у творчості відомого соціолога прослідковується вульгаризація марксистських положень: він ототожнював «індустріальну техніку» та «економічний фактор», чого Маркс ніколи не робив.
Зокрема, Еміль Дюркгейм критикував загальну концепцію марксизму, яка з ролі економічного фактору в житті суспільства виводить теорію класової боротьби та неминучість соціалістичної революції. Дюркгейм зазначав, що немає ніяких підстав пов’язувати роль економічного фактору в історії з соціалістичним рухом. Він вважає, що між доктриною економічного матеріалізму та соціалізмом немає ніякого взаємозв’язку.
Розглядаючи марксизм, Еміль Дюркгейм проявив свою цікавість до соціалізму і почав вивчати його історію. Вчений вважав, що соціалізм не пов'язаний з класовою боротьбою. Дюркгейм не вірить у плідність насильницьких мір і відмовляється розглядати класову боротьбу, особливо, конфлікти між робітниками, як важливу рису сучасного суспільства. Для Дюркгейма конфлікти між робітниками та підприємцями слугують доказом неправильної організації або ж часткової аномалії сучасного суспільства, яка повинна бути усунута. Соціальна проблема для Дюркгейма не стільки економічна, скільки моральна і в цьому питанні він дуже далеко від Маркса. Сутність соціалізму Дюркгейм вбачає не у відношенні до власності, а у організації та моралізації. Отож, концепція соціалізму Дюркгейма формувалась у протиставленні до ідей марксизму.
Після публікації своїх трьох основних робіт Еміль Дюркгейм у 1902 році став професором кафедри науки про виховання у Сорбонні, через деякий час очолював цю кафедру. Викладацька діяльність вченого була дуже плідною. З лекційних курсів, які користувались великою популярністю народилося багато наукових робіт Дюркгейма.
Після переїзду в Париж Дюркгейм протягом останніх 15 років свого життя був захоплений викладанням, розробкою соціологічних проблем моралі, виховання та освіти, науковими та філософськими дискусіями, а також роботою у «Соціологічному щорічнику», який виходив друком до 1913 року. Протягом періоду існування видання було видано 12 томів журналу. Про послідовний розвиток творчої думки Дюркгейма свідчить написання таких важливих статей , як «Про деякі примітивні форми класифікації»(написана у співавторстві із М.Моссом) та «Визначення морального факту».
У 1909 році Дюркгейм у Коледжі де Франс читав курс «Видатні педагогічні вчення у Франції з початку XVIIIст.»
У 1911 році соціолог виступив на філософському конгресі в Болоньї на тему «Судження про реальність та ціннісне судження».
У 1912 році була опублікована праця «Елементарні форми релігійного життя» - продукт багаторічної роботи Дюркгейма над осмисленням проблем релігії як соціального явища, створений на матеріалах спостереження за австралійським тотемізмом.
У 1914 році роботі соціолога завадила Перша Світова Війна. Дюркгейм відгукнувся на воєнні події і взяв участь у громадській діяльності, на що його спровокувало «моральне натхнення» народу. Дюркгейм відчував кризу буржуазного суспільства і намагався боротися з цією кризою за допомогою соціологічного обґрунтування планів суспільної перебудови. Він хотів створити нову, наукового характеру, ідеологію буржуазії. Відповідно до ідей автора саме наукова соціологія мала стати ідеологією і, навіть, релігією сучасного йому суспільства.