Имея довольно широкое знакомство с основными социологическими течениями своего времени, Мечников пошел своим собственным, оригинальным путем. Он выдвинул два методологических условия, при выполнении которых социология, по его мнению, может стать точной наукой: 1) установление специфических законов социальной жизни и 2) определение критерия прогресса с естественнонаучной достоверностью, подобно тому как это делают биологи в своей области. Мечников полагал, что выполнить поставленные условия возможно с помощью позитивизма, который он толковал материалистически. Он широко обращался к биологическим принципам исследования, особенно в подходе к понятию социального прогресса, ценя в них прежде всего объективность критерия. Однако Мечников настоятельно подчеркивал невозможность разрешить сложные социальные проблемы исключительно одними законами биологии. В связи с этим он часто писал, что прежде всего необходимо понять принципиальное отличие природы от созданного людьми общества. Такая установка имела следствием важные и плодотворные идеи. Но вся сложность и противоречивость его позиции заключается в крайне расширительном понимании общественности и общества, к тому же часто эти два понятия выступали у него как синонимы. Общественность, по мнению Мечникова, существует уже на первых ранних ступенях органической жизни, постепенно она все более развивается и усложняется. Общество начинается там, где не сколько живых существ собрались вместе для достижения совместными усилиями общих целей.
Суть социологической концепции Мечникова сводится к следующему. В органической жизни борьба и сотрудничество составляют две равно необходимые силы. В обществе же, по мнению Мечникова, стремление к кооперации становится ведущим, именно в этом он видел критерий деления на биологическое и социальное. «Биология изучает в области растительного и животного мира явления борьбы за существование, социология же интересуется только проявлениями солидарности и объединения сил, т.е. факторами кооперации в природе».
Из такого разделения природы и общества проистекало и мечниковское определение социологии как науки, включающей все явления солидарности — от связи в мире многоклеточных до производственной кооперации людей. И здесь он впадал в противоречие. Мечников считал, что социологические законы несводимы к законам природы, с помощью последних нельзя внести ясность в сложный мир социальных взаимоотношений людей. «Законы биологии, — писал он, — так же неспособны объяснить нам явления общественности, как законы механические... неспособны объяснить органическую жизнь». В то же время Мечников не отрицал полезности некоторых аналогий общества с биологическим организмом.
Сама постановка проблемы соотношения природы и общества содержала много глубоких и плодотворных моментов, поскольку требовала от автора исследовать сложные вопросы взаимовлияния общества и естественной среды. В то же время с позиций натурализма и географического детерминизма Мечников был не в состоянии преодолеть противоречия, которые существовали между материалистическими тенденциями в его социологии и идеалистическими взглядами на критерий и цели социального развития.
Как и большинство теоретиков своего времени, Мечников рассматривал две узловые проблемы: социальный прогресс и его критерий, механизм социального прогресса. Изложение своей социологической теории Мечников начал с раскрытия понятия прогресса в качестве ее узловой проблемы. Без идеи прогресса, писал Мечников, человеческая история «представляет лишь бессмысленный склад событий». Гражданская история, изучающая события и деяния народов исключительно в их «хронологическом беспорядке», дает только сырой материал для теории прогресса, а не саму идею прогресса, которая, подобно ариадниной нити, способна руководить в запутанных лабиринтах исторических фактов. Выработать подобную теорию в состоянии «более абстрактная наука» — социология. Задача ее — определить, в чем состоит прогресс и по какому точно определенному признаку можно узнать, прогрессирует ли данное общество».
В общественной жизни, по его словам, мерилом прогресса становится солидарность, которая в ходе эволюции постепенно все более вытесняет первичную борьбу за существование, господствующую в природе.
Солидарность может быть различной — люди могут помогать друг другу по принуждению и могут это делать добровольно. Вот почему, по мысли Мечникова, степень свободы при образовании кооперации является главным показателем социального прогресса. Различие типов кооперации, в которых воплощается солидарность, по словам Мечникова, зависит от сознания людьми необходимости объединения. При таком подходе критерий прогресса оказывался в самом сознании человека. Мечников не увидел основного различия общества и природы, не понял главного критерия общественного прогресса — развития производительных сил. Но вместе с тем у него заметен настоятельный поиск материалистического подхода в раскрытии причин социального прогресса, о чем будет сказано ниже. Его поиск имел прогрессивный характер.
Согласно Мечникову, социальный прогресс в основном проходит те же ступени солидарности, что и в органическом мире. Он совершенно искусственно пытался дать основные этапы социального развития в соответствии со своей схемой эволюции живых организмов. В истории, пишет он, начальный период характеризуется преобладанием подневольных союзов, держащихся внешней принудительной силой, подобно тому как на низшей ступени органической жизни колонии клеток объединены внешней механической связью. В переходный период в обществе господствуют подчиненные союзы, создаваемые под воздействием социальной дифференциации: объединение в этот период группировок происходит благодаря разделению труда, доводимого до узкой специализации, при которой одно объединение людей не в состоянии прожить без помощи другого. Также и в природе на более высокой ступени биологической лестницы каждая отдельная особь или член организма не может существовать без сотрудничества с другим.
В высший период истории принуждение и подчинение заменяет свободный и добровольный союз людей, соединивший отдельные индивиды «в силу общности интересов, личных наклонностей и сознательного стремления к солидарности». Аналогичные процессы, хотя и в зачаточной форме, Мечников усматривал и на высшей ступени животного мира, когда, по его мнению, совершается переход от бессознательных механических и физических форм кооперации к сознательному, психологическому проявлению сотрудничества.
Понятие прогресса как роста свободы и уменьшения принуждения дает, по мнению Мечникова, лишь перспективу развития общества, его основное направление, намечает главные этапы движения, оставляя в стороне причины движения на каждом из этих этапов не раскрывая, почему принудительное объединение людей сменяется подчиненными, а затем и свободными союзами. «Задача, к которой я стремлюсь, — писал Мечников, — может быть сформулирована в следующих словах: какая таинственная сила налагает на некоторые народы то ярмо истории, которое остается совершенно неизвестным для значительного количества племен? Какие естественные причины неравного распределения благодеяний и тягостей цивилизации?».
Ответы Мечников ищет в географическом детерминизме, но вотличие от Ш. Монтескье, Г. Бокля, К. Риттера и многих других, которые ограничивались признанием влияния природы на человека, русский социолог впервые в немарксистской общественной мысли исследовал не только непосредственное воздействие географической обстановки на социальные отношения людей, но и прослеживал обратный ход — влияние общества на природу, изучал взаимодействие среды и общества, изменчивый характер последнего во времени. «По моему мнению, — писал Мечников, — причину возникновения и характер первобытных учреждений и их последующей эволюции следует искать не в самой среде, а в тех соотношениях между средой и способностью населяющих данную среду людей к кооперации и солидарности».
Механизм действия окружающей среды представлялся Мечникову как приспособление общества к среде, которое происходит посредством образования различных коопераций людей (принудительное объединение, подчиненное и свободное). Под географической же средой, Мечников справедливо понимал не вообще окружающую природу, а лишь природу, вовлеченную в процесс труда и изменяемую под его воздействием.
Проблему соотношения природы и общества Мечников представлял себе следующим образом. Среди компонентов географической среды он выделял гидрологический фактор, который, по его мнению, является главным двигателем цивилизации, т.е. реки, моря и океаны. Влияние «воды» на социальные судьбы людей происходит не нeпocpeдcтвеннo, а через кооперацию, необходимость создания которой и ее формы определяются различной географической средой. Гидрологический фактор в его глазах крайне важный, но не единственный, прямо определяющий поступательный ход истории. Другая причина изменений в обществе связана со способностью населения выполнять работы в соответствии с требованиями окружающей среды. Оба начала являются, по словам Мечникова, «элементами изменчивыми, откуда неопровержимо вытекает, что исторические судьбы народов, живущих в каких бы то ни было странах, должны постоянно меняться». Таким путем социолог пробовал избежать географического фатализма, обрекавшего большинство народа под «палку деспотизма» на том лишь основании, что остались почти неизменными природные условия, при которых когда-то сложилась восточная деспотия.