В 1660-х годах поновлялась живопись наружных стен: над алтарями, над северными и западными дверьми. В 1673 году под руководством Симона Ушакова были написаны вновь находившиеся над южными дверьми образа Спаса Нерукотворного и Пречистой Богородицы со святыми.
В 1653 году были предприняты обширные работы по капитальному ремонту иконостаса. Возобновлена живопись, сделаны серебряные оклады на иконы и серебряные подсвечники.
Ремонтными работами 1620-х годов не удалось полностью исправить положение. Из-за неравномерной осадки фундаментов на протяжении всего XVII века западная стена собора находилась в аварийном состоянии. В 1683 году, после очередного большого пожара (к этому времени уже окончательно погибло в пламени белокаменное убранство барабанов, карнизы барабанов почти полностью осыпались) собор еще раз капитально ремонтируется. В нем заново "пробираются" стрелки сводов, а барабаны укрепляются связями "накрепко" и вычиниваются.
Собор был свидетелем многих событий, особенно во время бурного начала XVII века.
На Соборной площади Кремля с севера от Успенского собора был воздвигнут трехглавый собор Богоявленского монастыря, выполненный в духе традиций московского зодчества XIV в.
Также вскоре на юго-западной стороне площади было сооружено существующее доныне здание Благовещенского собора(1484-1489), являвшегося частью великокняжеского дворцового комплекса. Этот собор строили псковские мастера, и здесь снова очень ярко проявился творческий синтез различных архитектурных школ – владимиро-суздальской и псковско-новгородской. Как и раннемосковские соборы, Благовещенский собор был вначале трехглавым, но уже в XVI в. стал пятиглавым. Приемы внешнего убранства заимствованы и от московских традиций (аркатурные пояски) и от псковских (узоры верхней части куполов). Тогда же псковские мастера построили с западной стороны от Успенского собора небольшую церковь Ризположения(1485-1486).
В Кремле был построен также великокняжеский дворец и некоторые другие каменные палаты, в том числе и на митрополичьем дворе. Затем в 1505 – 1508 гг., уже при Василии III, еще один итальянский мастер - Алевиз Новый - построил усыпальницу великих князей – Архангельский собор. В противовес строгому виду Успенского собора Архангельский собор внешне очень наряден и декоративен и даже мало походит на храм. Во внешнем облике Архангельского собора многое взято от приемов зодчества итальянского Возрождения, но внутренняя основа собора сохранена в духе традиций русского зодчества (куб, увенчанный пятиглавием, и т.п. особенности).
В самом начале XVI в. был воздвигнут еще один собор в Кремле – собор Чудова монастыря, в котором ярко проявились особенности новой московской архитектуры – сочетание строгости и величественности с декоративными приемами внешнего украшения здания. Некоторые исследователи считают, что в строительстве собора Чудова монастыря и ряда других усадебных церквей, условно датируемых 1500-х гг. (Св. Троицы в Чашникове и Рождества Христова в Юркине), принимали участие итальянские мастера[2,с.134].
Этот новый московский стиль явился результатом творческого обобщения всего того яркого и разнообразного художественного богатства, которое было применено разными мастерами, представителями разных школ, во время застройки Кремля. В своеобразном творческом соревновании традиций Владимиро-Суздальской Руси и итальянского Возрождения, раннемосковской школы и новгородско-псковской складывалась и формировалась новая, общерусская архитектурная школа, характеризуемая большим богатством и разнообразием форм.
В целом приезд итальянских мастеров в Россию того времени можно оценивать как начало нового периода в архитектуре Московской Руси. Первая четверть XVI столетия - это скорее не период активной адаптации и усвоения архитектуры итальянского Ренессанса в России, а период адаптации итальянских архитекторов к условиям русского заказа, к русской архитектурной, а точнее, культурной традиции. Вероятно, активное участие итальянских мастеров в церковном строительстве начинается уже с конца XV в. и, несомненно, его расцвет приходится на 1500-1510-е гг.
Таким образом, можно говорить о довольно сложном процессе формирования общерусской школы зодчества. Дальнейшее развитие русского зодчества в первой половине XVI в. привело к заметному изживанию местных особенностей в архитектуре. Русское средневековое зодчество, как и в других феодальных странах, было очень тесно связано потребностями церкви и направлено в значительной степени на обслуживание ее интересов. Это обстоятельство не могло не отразиться на характере сооружений. Творческий подход зодчего к решению поставленных перед ним задач ограничивался определенными канонами. И, тем не менее, в развитии русского зодчества в XVI в. можно заметить постепенное проникновение чисто светских элементов в культовые сооружения, прогрессирующее развитие творческой мысли русских архитекторов того времени.
Строительство культовых зданий развивалось в основном по двум направлениям:
- создание монументальных мемориальных храмов;
- создание небольших посадских или монастырских церквей.
В последнем случае, особенно при создании посадских церквей, светские элементы выступали все более отчетливо. Принявшее довольно значительные масштабы строительство небольших посадских и сельских храмов с начала XVI в. поставило новые технические и художественные задачи. Во многом был использован опыт сооружения небольших новгородских посадских церквей, но появились и новые моменты. В технике сооружения – возведение бесстолпных с единым нерасчлененным пространством храмов. Это достигалось совершенствованием системы сводчатых перекрытий. Небольшой храм становился от этого просторнее. При лаконичности и простоте внешних форм наблюдается стремление к некоторой декоративности, в которой многое шло от народного «узоречья».
Другое направление развивалось под влиянием Успенского и Архангельского соборов Московского Кремля. После перерыва в несколько столетий в России опять стали возводить грандиозные величественные сооружения-храмы. В начале XVI в. по распоряжению московских светских и духовных властей были возведены большие храмы во вновь присоединенных землях, причем для образца было приказано взять Успенский собор в Москве. Тем самым хотели подчеркнуть и закрепить идеологически власть Москвы над этими землями. Так возникли большие соборы в Хутынском монастыре под Новгородом, в Тихвине, в Ростове Великом. Все они носят следы подражания Успенскому собору в Москве, но вносят и нечто новое в этот тип зданий, преимущественно за счет усиления декоративности внешнего оформления, сближающего их порой с Архангельским собором. Подмосковные постройки испытали довольно сильное влияние внешнего облика Архангельского собора с его пышным убранством. Это сказалось, например, в соборах Дмитрова, Лужецкого монастыря под Можайском, Владычнего монастыря под Серпуховом. В отдаленных от Москвы районах продолжали возводиться здания другого типа. Огромный массив собора Прилуцкого монастыря под Вологдой почти лишен всяких украшений, кроме новгородского кирпичного орнамента.
Наряду с этими типами монументальных сооружений продолжали строить и в духе раннемосковских традиций XVI в. Их характерная особенность – трехглавое завершение, восходящее к Коломенскому собору 1382 г. Кроме того, и Благовещенский собор Московского Кремля тоже еще стоял в первой половине XVI в. трехглавым. В этом отношении очень характерен собор Покровского монастыря в Суздале, построенный в 1518 г. Сильное смещение тяжелых глав к мощной алтарной части придает асимметричный, несколько напряженный вид зданию и нисходящими по ярусам частями храма. Собор выглядел величественно и строго, убранство его было скупо, ограниченное плоскими лопатками и аркатурно-колончатым поясом.
Вместе с тем, в монументальных постройках первой половины XVI в. заметна и более серьезная модификация ставшего каноническим образца Успенского собора. Она заключается во все более усиливающемся стремлении вверх, более свойственном русской архитектуре, чем спокойная плавность широких форм Успенского собора. Четырехчастное деление северной и южной стен уступает место более узкой трехчастной организации, купола сдвигаются теснее, здания приобретают более устремленное движение вверх. Если в Успенском соборе соотношение ширины и высоты одного стенного деления составляло 2 : 5, то в соборе московского Новодевичьего монастыря, построенном в 1524 г., это соотношение выглядело уже как 1 : 7.
Развитие вертикализма в русском зодчестве было вообще характерным явлением XVI в. Еще ранее, в XIV столетии, была поставлена в Московском Кремле столпообразная церковь Иоанна Лествичника "иже под колоколы" (то есть с колокольней, что для тех времен было редкостью). Если учесть, что весь город тогда деревянным, то станет ясно, почему такое скопление белокаменных церквей создало чрезвычайно выгодно выделявшийся на самой высокой точке города архитектурный ансамбль. Ближе к мысу, к западу от дворца, была возведена еще одна белокаменная церковь - Спаса-на-Бору. Остатки большинства этих церквей обнаружены археологами в культурном слое Кремля[3.c.133].