Особенно велики три средних портала, центральный повышен еще больше. Эта группировка вызывала у средневековых авторов сравнение с Троицей, и правомочность такого сравнения доказывается небольшим рельефом, изображающим Евангелие на троне с нисходящим на него в виде голубя Святым Духом. На раскрытых страницах помещена надпись из Евангелия от Иоанна: "Я есмь дверь; кто войдет мною, тот и спасется, и войдет, и выйдет, и пажить найдет".
Еще выше, над порталом, на рубеже IX - Х веков появилась мозаика с изображением величественной фигуры Христа на троне (олицетворение Премудрости Божией) с Богоматерью и ангелом в медальонах по сторонам. К подножию трона склонилась коленопреклоненная фигура императора, вероятно - Льва VI: здесь отразился реальный обряд входа императора в церковь. Стены, колонны, своды храма отделаны драгоценно. Бронзовые обрамления порталов были позолочены, деревянные полотнища дверей (в трех центральных, по преданию, - из дерева Ноева ковчега) обиты бронзовыми или серебряными пластинами. Промежутки между арками над колоннами, карнизы, капители покрыты инкрустацией или резьбой с позолотой по синему фону. Многие капители украшали кресты или монограммы Юстиниана.
Колоннады образованы 104 колоннами - зелеными из фессалийского мрамора, белыми из проконесского; замечательны восемь колонн из египетского порфира в нижних тройных аркадах западных и восточных экседр (полукружий). Ближе к востоку некогда возвышался крестообразный амвон для чтения Евангелия и произнесения проповедей, его золотые колонны несли золотой купол, в качестве украшения использовались слоновая кость, полудрагоценные камни. Алтарную преграду покрывали серебряные пластины, а престол из сплава драгоценных металлов осенял серебряный шатровый киворий. На престоле находились драгоценные сосуды, кресты, над ними подвешивались короны, число которых достигало нескольких десятков. Своды собора в VI веке покрывали орнаментальные мозаики, в куполе был выложен огромный крест.
Сюжетные мозаики на сводах и стенах храма возникли позже, часть из них дошла до нашего времени. К IX веку относятся мозаики апсиды - "Богородица с Христом" в конце и "Архангел Гавриил" в своде перед ней, сохраняющие еще многие приемы живой позднеантичной манеры, редкостные по спокойной величавости и благородству. Необыкновенной глубиной духовных состояний, сказочной красотой синих, золотых, лиловых цветов, фантастическим мастерством рисунка и моделировки отличается мозаика "Деисус" в южной части хор (Христос с Богоматерью и Иоанном Предтечей). Огромные хоры (второй этаж) окружают с трех сторон центральное пространство; северная их сторона предназначалась для императрицы, южная - для императора и их приближенных, к юго-восточному углу собора примыкала резиденция патриарха. Роскошные хоры Софии вызывали подражание в соборах, возводимых для правителей соседних, получавших христианство из Византии стран; так было и на Руси в XI веке. Софийский собор пережил долгую и сложную историю. Трижды страдал от землетрясений - в 557, 989 и 1346 годах; после первого был перестроен купол, получивший более высокое и устойчивое очертание; после второго с западной стороны армянский архитектор Трдат поставил мощные контрфорсы. После захвата Константинополя турки переоборудовали собор в мечеть. В 1930-х годах декретом Ататюрка он превращен в музей. Со временем собор оказался, к сожалению, частично закрыт пристройками, исчезла мраморная облицовка фасадов, не сохранились блиставшие позолотой медные кровли. Пораженные его красотой завоеватели возвели прямо подражающие ему размерами и формами мечети, но ни одна из них не отняла у оригинала первенство. И до сих пор легко понять слова наших предков, посланные тысячу лет назад великим князем киевским Владимиром Святославичем для испытания христианской веры в Константинополь: "...не знаем, на небе или на земле были; нет ведь на земле такого вида и красоты той... знаем только, там Бог с человеками пребывает... мы не можем забыть красоты той". "Соломон, я превзошел тебя!" - такие слова произнес, по преданию, Юстиниан, войдя в построенный собор и имея в виду легендарный иерусалимский храм. За 15 веков, минувших с 537 года, никто пока не осмелился повторить эти слова в адрес Юстиниана и созданного им собора.