Благодаря последовавшим строгим мерам торговцам пришлось согласиться на слом лавок. Но принимать проект Растрелли они не торопились, посчитав его слишком дорогим. За поддержкой они обратились к графу И. И. Шувалову, фавориту императрицы. В предоставленном 6 июня 1760 года Шувалову "приговоре" было сказано, что два этажа для Гостиного двора будут лишними, верхние лавки доходу приносить не будут. Предлагалось строить здание Гостинного Двора в один этаж, на что купцы были готовы согласиться.
Проект Франческо Бартоломео Растрелли представлял из себя здание с пышным фасадом в стиле барокко. К тому времени зодчий уже создал свои самые знаменитые постройки, имел окончательно сформировавшиеся взгляды на архитектуру. Потому и предложенный им вариант здания Гостиного Двора оказался очень похож на дворец. Общая концепция совпала с проектом Ринальди, но внешнее оформление стало гораздо богаче. В центре главного двухэтажного корпуса архитектор предлагал устроить башню, возвышаюшуюся над зданием на один ярус. Башня Гостинного Двора должна была быть увенчана скульптурой и иметь часы. Остальные три корпуса предлагалось оставить одноэтажными.
В 1760 году проект Растрелли был отвергнут. 22 мая 1761 года Елизаветой Петровной был издан указ: "Гостиный Двор строить о двух этажах и таким манером, как на сочинённом архитектором Деламотом плане назначено". К этому времени мода в архитектуре сменилась, на место стиля барокко пришёл классицизм, представителем классицизма и был Ж. Б. Валлен-Деламот. По его проекту фасады здания были значительно упрощены, башня не предусмотрена.
В мае 1761 года в Гостином Дворе произошёл пожар. Сенатом было издано распоряжение о строжайшем запрете разведения здесь огня. В июле 1761 года наконец началось строительство нового каменного здания. Но продвигалось оно крайне медленно, многие торговцы до последнего держались за свои старые лавки. Долгое время здесь фактически существовало два торговых здания.
До прихода к власти в 1762 году Екатерины II Валлен-Деламоту приходилось отстаивать своё право на работу над Гостиный Двором. Купцы жаловались Шувалову на промедления в строительстве, подвергалось сомнению авторство проекта. В начале 1762 году Петром III архитектор был отстранён от работ. Возможно, способствовал этому Антонио Ринальди, чей проект ранее был отвергнут. С воцарением же Екатерины положение Валлен-Далемота упрочилось, он пользовался доверием императрицы. 26 марта этого же года зодчим был представлен ещё один проект фасада, который утвердили 28 августа.
В 1767 году была завершена часть здания, выходящая фасадом на Невский проспект. Завершить строительство архитектор не смог, в 1768 году он был отстранён от работ. В 1775-м году Валлен-Деламот уехал из России.
В 1780 году снова произошёл пожар. Сгорели все деревянные лавки, уцелел только корпус на Невском проспекте. В дальнейшем купцам предложили строить лавки в разных кварталах города, дабы будущие возможные пожары не причинили огромного вреда городской торговле. В строящемся Гостином Дворе Екатериной II было запрещено применять деревянные конструкции. Даже двери предполагалось делать только из железа, а печи устраивать только по схеме инженера Амосова. Впоследствии о запрете использования в строительстве дерева забыли. Завершено строительство каменного Гостиного Двора было в 1785 году. Оно стало самой ранней постройкой в Санкт-Петербурге в стиле классицизма.
Здание отошло от красной линии Невского проспекта, здесь главная улица Санкт-Петербурга стала иметь наибольшую ширину - 58 метров. Сделано это было для возможности останавливать у лавок экипажи и повозки не занимая место на проспекте. Вдоль Невского проспекта длина фасада составила 230 метров, а общий периметр здания - больше километра. Весь наружный фасад стал двухэтажным, внутренний же имеет три этажа. Новый Гостиный Двор сразу же был назван Большим.
Рядом с основным зданием Гостинного Двора со стороны Думской улицы было построено специальное здание, где торговали женщины. Это здание стало именоваться Перинными рядами, им управляли купцы Гостиного Двора.
Вдоль Невского проспекта образовалась Суконная линия. Здесь продавали галантерейные, канцелярские и парфюмерные товары. На Большой и Малой Суровских линиях (вдоль Перинных рядов и улицы Ломоносова) торговали женскими товарами. На Зеркальной линии (вдоль Садовой улицы велась торговля изделиями из золота, серебра и бронзы. Разделение по видам торговли не оказалось устойчивым. Вскоре оно перестало действовать, хотя названия линий оставались прежними.
В конце XVIII века в Гостином Дворе началась торговля книгами. Несмотря на небольшой спрос на книжную продукцию, здесь насчитывалось до пятнадцати книжных лавок. В числе первых книготорговцев оказались Глазуновы, Заикин, Сопиков, Зотов и Свешников. В лавке №16, принадлежащей Герасиму Зотову, в 1790 году оказалась в продаже книга А. Н. Радищева "Путешествие из Петербурга в Москву".
У русских купцов в Гостином Дворе были свои принципы торговли. Как правило, у входа в лавку стояли зазывалы, приглашающие покупателей. Внутри начиналась торговля, причём никаких ценников на товарах не было. О цене продавец и покупатель договаривались устно. С приходом в Гостиный Двор иностранных торговцев, такие обычаи постепенно стали забыты. Голландцами была введена система твёрдых цен, что помогло им приобрести популярность у клиентов.
Жечь свечи в Гостином Дворе было запрещено. Во дворе был вырыт пруд, чтобы в случае пожара была возможность воспользоваться водой из него.
В январе 1824 года купцы обратились к санкт-петербургскому генерал-губернатору М. А. Милорадовичу с просьбой "об исходотайствовании всемилостивейшего дозволения на устройство лавок Гостиного двора удобными к отоплению и освещению... особенно во время длинных и жёстких наших зим". Милорадовичем был организован конкурс на проведение соответствующих работ. Однако, генерал-губернатором задача ставилась гораздо шире, предлагалось коренным образом перестроить здание. В архитектурном конкурсе участвовали архитекторы Михайловы 1-й и 2-й, К. Росси, В. П. Стасов и А. И. Мельников. Проекту последнего по ходатайству президента Академии художеств Оленина было отдано предпочтение. Купцы же не приняли планы перестройки Гостиного Двора, для них главной оставалась проблема отсутствия здесь отопления и освещения.
В 1837 году в Гостином Дворе была устроена пневматическая топка, освещение осуществлялось масляными фонарями. В ноябре 1842 года встал вопрос о устройстве газового освещения, к концу года вопрос был решён. Но купцы и здесь проявили консерватизм, затянув устройство в своих лавках газового освещения на несколько лет.
В январе 1843 года статским советником Александром Павловичем Башуцким был представлен план постройки нового торгового корпуса на участке Невского проспекта перед Гостиным Двором. Фасад старого здания предлагалось сломать, оба корпуса соединить чугунными перекрытиями, образовав таким образом современную торговую галерею. В качестве причин проведения таких строительных работ Башуцким были названы изменение характера торговли, возможность устройства новых больших витрин, неудобство в зимнее время открытых аркад.
Весь год велись переговоры между Башуцким, городскими властями и купцами. Торговцы вновь оказались против представленного плана, сославшись на возможную тесноту в старых лавках и затруднённый к ним подвоз товаров. К тому же между организованным Башуцким товариществом на паях и купеческим товариществом начали возникать споры о владении новым корпусом. В итоге 11 января 1844 года правительством перестройка Гостиного Двора была отменена.
В 1853 году идея застройки пространства перед Гостиным Двором вновь возродилась. На этот раз её стал продвигать отставной подпоручик Иван Аркадьевич Нелидов. Он вообще отказался от переговоров с купцами, решив построить здесь отдельное здание. Император Николай I, рассмотрев прошение Нелидова на строительство, отослал его за разрешением к купцам Гостиного Двора. Естественно, ими оно не было дано.
Разговоры о перестройке Гостиного Двора не прекращались. До капитальной реконструкции дело так и не дошло, хотя мода конца XIX века на изменение фасадов мимо главного торгового центра Санкт-Петербурга не прошла. Проект перестройки фасада был составлен архитекторами А. Н. Бенуа и Ивановым. И вновь начались длинные переговоры с купцами, в которых участвовал и Александр III. В конце концов императором была дана резолюция "мне всё равно, как они хотят, пусть так и делают". 8 августа 1885 года проект изменения фасада Гостиного Двора был утверждён. В результате на фасаде здания появилась лепнина и скульптура. Над главным корпусом появился купол, на углах также разместились вазы и фигуры, державшие щиты с гербом Санкт-Петербурга.
С Гостиным Двором связан ряд петербургских легенд и анекдотов. Одна из историй рассказывает о великом князе Николае Николаевиче, когда тот был страстно влюблён в дочь купца, содержавшего лавку в Гостином Дворе. По обычаям того времени он пошёл просить разрешение на брак у императора. Александром III был дан следующий ответ: "Я состою в родственных связях со многими дворами Европы, но с Гостиным не состоял не буду".
Гостиный Двор живо реагировал на важные политические события в столице. "Кровавое воскресенье" 1905 года торговый центр встретил закрытым, с заколоченными досками витринами. Такую же картину он представлял собой и в 1917 году. Многие купцы не расчитывали на долгую жизнь советской власти, потому прятали свои сбережения прямо в лавках. Так, 26 октября 1965 года при ремонте одного из помещений был найден клад - восемь слитков золота.