Згідно зі ст.5 Закону України від 25 січня 1991 р. «Про митну справу в Україні»систему митних органів України складають:
- Державна митна служба України (далі — Держмитслужба);
- регіональні митниці;
- митниці;
- спеціалізовані митні управління та організації;
- установи і навчальні заклади.
З точки зору масштабів територіальної діяльності система митних органів підрозділяється на два рівні. До першого належить Держмитслужба. Вона здійснює свою діяльність на всій території України. Другий рівень складають усі інші митні органи, які здійснюють свою діяльність на території підвідомчого регіону. Кордони діяльності регіональних митних органів можуть як збігатися, так і не збігатися з кордонами адміністративно-територіальних одиниць.
Центральним органом виконавчої влади, який безпосередньо здійснює керівництво митною справою, є Держмитслужба, котру як центральний орган виконавчої влади України було створено Указом Президента України від 29 листопада 1996 p. № 1145 «Про Державну митну службу України». Держмитслужба стала правонаступником ліквідованого Державного митного комітету України.
Правовий статус Держмитслужби закріплено у Положенні про неї, затвердженому Указом Президента України від 24 серпня 2000р. № 1022. Держмитслужба, здійснюючи безпосереднє керівництво митною справою в Україні, захищає економічні інтереси України, сприяє розвитку зовнішньоекономічних зв'язків, забезпечує додержання законодавства про митну справу, здійснює заходи щодо запобігання контрабанді та порушенням митних правил, веде разом з іншими уповноваженими органами виконавчої влади Українську класифікацію товарів зовнішньоекономічної діяльності, здійснює верифікацію (встановлення достовірності) сертифікатів про походження товарів з України, співпрацює відповідно до міжнародних договорів і законодавства України з митними та іншими органами іноземних держав, міжнародними організаціями у митній сфері, керує діяльністю органів митної служби, створює, реорганізує та ліквідує у встановленому порядку регіональні митниці, митниці, спеціалізовані митні управління та організації, установи та навчальні заклади, реалізує у межах своєї компетенції державну кадрову політику.
Держмитслужба під час виконання покладених на неї завдань взаємодіє з іншими центральними та місцевими органами виконавчої влади, органами місцевого самоврядування, а також з відповідними органами іноземних держав.
Держмитслужба у межах своїх повноважень на основі та на виконання актів законодавства видає накази, організовує і контролює їх виконання. У випадках, передбачених законодавством України, її рішення є обов'язковими для виконання центральними та місцевими органами виконавчої влади, органами місцевого самоврядування, підприємствами, установами і організаціями всіх форм власності та громадянами.
Держмитслужбу очолює Голова, якого призначає Президент України. Голова має своїх заступників, розподіляє між ними обов'язки, визначає ступінь відповідальності заступників Голови та керівників підрозділів центрального апарату Держмитслужби.
Голова Держмитслужби в установленому порядку призначає на посади та звільняє з посад працівників центрального апарату Держмитслужби, керівників регіональних митниць та їх структурних підрозділів, митниць, спеціалізованих митних управлінь і організацій, установ та навчальних закладів.
Для погодженого вирішення питань, що належать до компетенції Держмитслужби, обговорення найважливіших напрямків її діяльності у Держмитслужбі утворюється дорадчий орган - колегія. До складу колегії входять Голова (голова колегії), заступники голови за посадою, інші працівники Держмитслужби.
Складовою частиною системи митних органів є регіональні митниці. Вони є державними установами і у встановленому порядку безпосередньо здійснюють митну справу, координують та контролюють діяльність підпорядкованих їм митниць і спеціалізованих митних організацій.
Кількість, зона діяльності, місця дислокації, компетенція регіональних митниць, підпорядкованих їм митних установ (у тому числі спеціалізованих митних організацій), а також митних постів визначаються Держмитслужбою. Головними завданнями регіональної митниці є: контроль за виконанням митного законодавства; організація ефективного застосування засобів тарифного та нетарифного регулювання зовнішньоекономічної діяльності; забезпечення справляння митних платежів; створення сприятливих умов для розвитку зовнішньоекономічної діяльності; боротьба з контрабандою та порушеннями митних правил; ведення митної статистики тощо.
Наступною ланкою митної системи є митниці. Митниця є державним органом, який здійснює захист економічних інтересів України, забезпечує виконання законодавства з митних питань, а також справляння мита, податку на додану вартість, акцизного збору, інших митних платежів та зборів. Митниця підпорядкована регіональній митниці,
З точки зору місцезнаходження регіону діяльності митниці України умовно поділяються на прикордонні і внутрішні. Прикордонні митниці розташовуються на митному кордоні, що, як правило, збігається з державним кордоном, і зв'язані з транспортними вузлами (аеропортами, прикордонними залізничними станціями, портами).
Митний контроль і митне оформлення товарів та інших предметів, що переміщуються через митний кордон України, безпосередньо здійснюють митні пости. Митний пост не є самостійним структурним елементом митної системи і не має статусу юридичної особи. Він знаходиться в зоні діяльності митниці, якій підпорядкований. Митні пости розташовуються з урахуванням таких факторів, як наявність автомобільних і залізничних магістралей, авіаційних, морських та річкових портів, а також залежно від потреб практики зовнішньоекономічної діяльності. У зоні своєї діяльності митний пост практично повністю виконує функції митниці.
До системи митних органів України належать спеціалізовані митні управління та організації Держмитслужби, які забезпечують ефективну діяльність митних органів: організації, що спеціалізуються на митних операціях з вантажами, автотранспортні митні господарства, постачальні митні господарства, митні лабораторії, кінологічні служби, обчислювальні центри.
Відповідно до МК митний контроль проводиться посадовими особами митних органів України шляхом перевірки документів, митного огляду, огляду транспортних засобів, товарів та інших предметів, особистого огляду, переогляду, обліку предметів, які переміщуються через митний кордон України, а також в інших формах, що не суперечать законам України. Митні пільги щодо проходження митного контролю надаються юридичним та фізичним особам виключно законами України. Звільняються від митного огляду військові транспортні засоби та військова техніка.
У порядку, який визначає Держмитслужба України за погодженням з прикордонними військами, впродовж митного кордону України, у місцях митного оформлення і знаходження митних органів, а також інших місцях створюється зони митного контролю.
Зонами митного контролю є території митних складів, складів тимчасового зберігання, магазинів безмитної торгівлі та інші території, на яких діє низка спеціальних митних режимів. У зонах митного контролю розміщуються тільки споруди та об'єкти прикордонних і митних органів, які необхідні для технологічного процесу.
Режим зони митного контролю відрізняється більш суворою регламентацією обігу та переміщення вантажів, наданням додаткових повноважень посадовим особам митних органів на здійснення митного контролю. Порушення режиму зони митного контролю тягне за собою адміністративну відповідальність.
Юридичні та фізичні особи, які переміщують через митний кордон України товари та інші предмети, зобов'язані у належних випадках надавати митниці необхідні для митного контролю документи згідно з переліком, визначеним Держмитслужбою України.
За загальним правилом, товари та транспортні засоби перебувають під митним контролем з моменту його початку і до завершення відповідно до обраного митного режиму. Початком митного контролю при ввезенні товарів та транспортних засобів є момент перетинання ними митного кордону України. Митний контроль за товарами та транспортними засобами, що ввозяться, починається з моменту прийняття митної декларації, а завершується в момент випуску товарів та транспортних засобів (при вивезенні за межі митної території України — в момент перетинання її митного кордону).
Митні органи мають право застосовувати особистий огляд — виключну форму митного контролю. Особистий огляд здійснюється за письмовим рішенням начальника митниці чи особи, яка заміщує його, при наявності достатніх підстав вважати, що громадянин, який прямує через митний кордон України, чи перебуває в зоні митного контролю або в транзитній зоні міжнародного аеропорту, приховує при собі предмети контрабанди чи предмети, які є безпосередніми об'єктами порушення митних правил або заборонені для транзиту через територію України. Застосування особистого огляду регламентоване ст. 32 МК.
Перед проведенням особистого огляду фізичній особі повинно бути пред'явлене письмове рішення про його проведення і запропоновано добровільно видати приховувані предмети. Одночасно вона має бути ознайомлена зі своїми правами та обов'язками при проведенні такого огляду.
Особистий огляд провадиться посадовими особами митного органу однієї статі з особою, яка проходить огляд, у присутності двох понятих тієї ж статі в ізольованому приміщенні, що відповідає санітарно-гігієнічним вимогам. Обстеження органів тіла особи, яку оглядають, має здійснюватися лише медичним працівником.