Таким чином спеціальними митними зонами є частини території України, на яких запроваджено митний режим спеціальної митної зони. Для цілей оподаткування товари, ввезені на території спеціальних митних зон, розглядаються як такі, що знаходяться за межами митної території України.
Митний орган, у зоні діяльності якого знаходиться спеціальна митна зона, з метою належної організації митного контролю може вимагати від органів управління цієї зони вжиття таких заходів: спорудження огорожі по периметру зони; встановлення обмежень щодо порядку доступу в зону у певні години роботи; застосування інших заходів, що не перешкоджають нормальному функціонуванню зони відповідно до закону про таку зону. Забороняється будь-яке будівництво в межах спеціальних митних зон без попереднього погодження з митним органом, у зоні діяльності якого знаходиться спеціальна митна зона.
З метою забезпечення належного митного контролю у спеціальних митних зонах митні органи мають право:
• здійснювати постійний контроль та нагляд за кордонами спеціальних митних зон, а також за доступом до них;
• вимагати від осіб, які переміщують товари через кордон спеціальної митної зони, ведення обліку руху таких товарів з метою їх контролю;
• проводити перевірку товарів, що переміщуються через кордон спеціальної митної зони, з метою забезпечення здійснення передбачених цим Кодексом операцій та недопущення переміщення заборонених товарів;
• здійснювати перевірки товарів, що знаходяться у спеціальних митних зонах;
• здійснювати інші передбачені законом заходи, спрямовані на забезпечення надійності митного контролю.
Особи, які здійснюють операції з товарами у спеціальних митних зонах, ведуть облік товарів, що ввозяться, вивозяться, зберігаються, виробляються, переробляються, закуповуються та реалізуються, і подають митним органам звітність про такі операції у порядку, що встановлюється спеціально уповноваженим центральним органом виконавчої влади в галузі митної справи. Будь-які зміни, що відбуваються з товарами в межах спеціальних митних зон, мають відображатися в облікових документах.
Режим спеціальної митної зони застосовується до товарів, що розміщуються та використовуються у межах територій спеціальних економічних зон, і законодавчі акти встановлюють вимоги щодо створення режиму вільної митної зони, визначають види товарів, дозволених до ввезення до такої зони, та характер операцій, що здійснюються з товарами у межах зон.
Як правило, у межах спеціальних митних зон допускається здійснення виробничих та інших комерційних операцій з товарами, інколи забороняються створення казино, ігровий бізнес, торгівля у роздріб. Такі заборони та обмеження стосовно спеціальних митних зон встановлюються законодавством України. При цьому Кабінет Міністрів України може обмежувати або забороняти ввезення окремих товарів у спеціальні митні зони. Тому конкретний перелік видів товарів та операцій, що з ними здійснюються, визначається у Законі про конкретну спеціальну економічну зону.
З метою забезпечення дотримання законодавства та з урахуванням характеру товарів можуть запроваджуватися окремі заборони та обмеження щодо здійснення операцій з товарами у спеціальній митній зоні. Наприклад, митні органи можуть заборонити окремим особам здійснення операцій з товарами у вільних митних зонах, якщо такі особи порушують відповідне законодавство, а також відмовити таким особам у доступі до вільних митних зон. Строк перебування товарів та інших предметів на території спеціальних митних зон не обмежується, крім випадків перебування товарів та інших предметів з обмеженим строком зберігання. При цьому дозволяється передача права власності на товари, що знаходяться у вільних митних зонах.
Механізм оподаткування товарів у спеціальних митних зонах має свої особливості. Якщо товари, що походять з інших країн, ввозяться до такої зони з-за меж митної території України для кінцевого споживання, то мито та інші податки при імпорті не стягуються, і до таких товарів не застосовуються заходи нетарифного регулювання. Товари, що ввозяться до спеціальних митних зон з митної території України, вивозяться з цієї території у режимі експорту із застосуванням відповідних заходів тарифного і нетарифного регулювання. У разі ввезення таких товарів до вільної митної зони мито та податки, встановлені на імпорт не стягуються, і до них не застосовуються заходи нетарифного регулювання.
З товарів, що вивозяться з спеціальних митних зон на митну територію України і походять з інших країн, стягуються мито, податки та збори, що встановлені для митного режиму, "імпорт". Якщо такі товари походять з цих зон, то у разі ввезення на митну територію України мито та податки, встановлені на імпорт товарів, з них не стягуються. Тому у випадку ввозу товарів та інших предметів, що повністю або достатньо перероблені у вільній митній зоні, на митну територію України податок на додану вартість і акцизний збір стягуються як з товарів для внутрішнього споживання в Україні.
У ралі вивозу товарів та інших предметів, що повністю вироблені або достатньо перероблені у спеціальних митних зонах, з території даних зон за межі митної території України вивізне мито і акцизний збір з цих товарів не стягуються.
Якщо вивозяться товари або інші предмети, попередньо ввезені з-за меж митної території України на територію спеціальної економічної зони, за межі даної зони, експортне мито, податок на додану вартість і акцизний збір не стягуються.
При ввезенні товарів на територію вільної митної зони з метою транзиту оподаткування здійснюється відповідно до законодавства України, тобто нараховуються тільки митні збори.
Повністю виробленими або достатньо переробленими у спеціальних митних зонах вважаються товари, які відповідають критеріям, викладеним у ст.18. Закону України "Про Єдиний митний тариф". При цьому, до митної вартості товарів та інших предметів не включається вартість послуг на зберігання товарів, їх доопрацювання, сортування, пакування та ін., що здійснюються на території вільних митних зон. Вказані послуги не обкладаються податком на додану вартість. Разом з тим розглянутий механізм оподаткування не поширюється на товарообмінні операції.
Митний контроль за переміщенням товарів та інших предметів через кордони спеціальних економічних зон здійснюється з метою забезпечення державними органами, підприємствами, організаціями та іншими службовими особами, а також громадянами порядку переміщення товарів через митну територію України. Для попередження несанкціонованого і неконтрольованого проникнення на територію спеціальної митної зони або за її межі територія облаштовується по периметру зони.
Територія зон митного контролю для кожної спеціальної економічної зони, їх кордони і режим переміщення товарів, транспортних засобів, громадян встановлюються Державною митною службою України. Режим спеціальних митних зон вводиться після затвердження Державною митною службою України акта здачі-приймання в експлуатацію об'єктів митної інфраструктури.
Крім загальних засад митного регулювання господарської діяльності у спеціальних митних зонах можуть існувати і свої особливості відносно комплексної зони.
Як було зазначено вище, вперше в Україні даний вид територіальних формувань почав функціонувати з 1996p. коли було створено
Північнокримську експериментальну економічну зону "Сиваш". Серед пільг, які були надані суб'єктам, що бажали працювати на даній територій, були й конкретні митні пільги. При ввезенні до економічної зони сировина, матеріали та обладнання для потреб власного виробництва підприємств ГІЕЕЗ "Сиваш" не оподатковувались митом та податком на додану вартість.
Підставою для звільнення сировини, матеріалів, устаткування та обладнання, крім підакцизних товарів, що ввозяться в Україну суб'єктами господарювання зони для потреб власного виробництва, від обкладання ввізним митом і податком на додану вартість, є письмове декларування їх на митниці, тобто здійснюється їх митне оформлення як таких, що ввозяться виключно для потреб власного виробництва з метою реалізації у межах цієї зони затвердженого в установленому порядку інвестиційного проекту. Цільове призначення вантажів, що ввозяться суб'єктами зони "Сиваш", має бути письмово підтверджене адміністрацією цієї зони.
Крім даної митної пільги, існує й інша. Режим ліцензування і квотування стосовно експорту товарів власного виробництва, перелік яктіх затверджений Кабінетом Міністрів України, не застосовується.
Оскільки зони "Донецьк" та "Азов" мають статус спеціальних режимів інвестиційної діяльності, то митний контроль за переміщенням товарів та інших предметів через дані зони здійснюється у порядку, передбаченому для вантажів, що перетинають митний кордон України. Особливості оподаткування товарів і предметів через дані зони наведено в табл.9.5.1, при цьому слід зауважити, що імпорт товарів для власного виробництва, а також експорт товарів повністю вироблених, достатньо перероблених не підпадають під режим ліцензування чи квотування.
Додатковою пільгою в спеціальній економічній зоні "Закарпаття" є те, що при ввезенні звільняються від обкладання митом товари, що призначені для потреб власного виробництва, пов'язаного з реалізацією інвестиційного проект) '. Кабінет Міністрів України має право на встановлення обмежень щодо ввезення чи вивезення окремих видів товарів.
Специфікою спеціальної економічної зони "Яворів" є те, що структурно зона складається з автопорту "Краловець" та комплексної виробничої зони, до якої входить технопарк. Технопарк та автопорт працюватимуть у режимі спеціальної митної зони. Тому обкладення митними платежами товарів, що переміщуються на територію технопарку та автопорту, провадиться, виходячи з особливостей їхнього статусу, а від сплати мита та податку на додану вартість звільнено операції щодо ввезення устаткування, обладнання, деталей та комплектуючих, які переміщуються на територію зони з метою реалізації інвестиційного проекту.