Епископы, в свою очередь, в середине 11 в. передали оборону Андорры в руки феодального рода Кабоэ, которые получали права собственности и привилегии в долинах в обмен на присягу верности по отношению к епископам. В 1185 году представительница рода Кабоэ Арнауа вышла замуж за Арно, наследника виконта де Кастельбон. Арно и его дочь – наследница Эрмессенда были приверженцами альбигойства. Отряды виконта и графа Фуа разрушили собор в Уржеле и множество других церквей в Андорре и ее окрестностях. В 1201 году епископ Берна де Виламур вынужден был признать за виконтом и его дочерью права на долины Андорры. В 1208 году Эрмессенда вышла замуж за Роже Бернара II, графа Фуа. В 1257 граф Роже Бернар III путем династического брака присоединил к своим владениям Беарн и превратился в самого могущественного феодального правителя Южной Франции. Графы отказались повиноваться Уржельским епископам, и между ними завязалась упорная борьба, сопровождавшаяся кровавыми столкновениями. На стороне епископа Педро де Кастробоно выступил правитель Арагона Педро III Великий (1276–1285 гг.), а его брат Хайме II Мальоркский, женатый на сестре Роже Бернара III, поддерживал графа Фуа. Наконец, Педро III принудил графа и епископа придти к соглашению. 8 сентября 1278 в Лериде был подписан «акт-пареаж», который устанавливал совместное правление в Андорре епископа Уржеля и графа Фуа. Оба они становились князьями Андорры. 6 декабря 1288 последовал второй «акт-пареаж».
Оба князя-соправителя жили вне территории Андорры, но назначали в нее своих представителей – викариев, или «вигье». Каждый из них ежегодно поочередно управлял страной. Андоррцы обязались уплачивать регулярную дать князьям – по четным годам епископу, по нечетным – графу Фуа.
В 1419 году представитель Долин Андорры Андреу д'Алас добился от епископа Франциска де Товиа и графа Жана I разрешения на создание в стране выборного органа – «Совета земли», который впоследствии превратился в Генеральный совет. Главы наиболее влиятельных семей получили право избирать своих представителей в этот орган.
Благодаря своему особому положению, страна смогла в последующие века сохранить свою независимость от мощных государств, складывавшихся по обе стороны Пиренейских гор. Ее жители пользовались привилегиями граждан нейтрального государства, не служили в армии, не вносили военных податей и извлекали немалую выгоду из свободной перевозки товаров через Пиренеи.
Арагонско-каталонская корона неоднократно пыталась завладеть землями графства Фуа: при королях Педро III в 1280–1283, Альфонсе II в 1333–1334 годах и Мартине в 1396–1400 годах. Но история распорядилась иначе. В 1479 году граф Гастон IV Фуа унаследовал трон королевства Наварра. Хотя в 1512 году король Арагона и Каталонии Фердинанд II завоевал южную часть Наварры и долины Андорры, которые он подарил в 1513 году своей второй жене Жермине де Фуа, андоррцы сохранили лояльность в отношении королей Наварры и графов Фуа и продолжали уплачивать им дань. В 1589 году король Наварры Генрих III стал французским королем Генрихом IV, а его преемник Людовик XIII официально присоединил Фуа к французской короне. Князем-соправителем Андорры становился, таким образом, король Франции. С испанской стороны Пиренейских гор сюзеренами Андорры оставались Уржельские епископы.
В начале 18 века Андорра сохранила свой нейтралитет в ходе войны за Испанское наследство, от которого сильно пострадала территория Каталонии. В 1715 году епископ Уржельский Симеон де Гинда-и-Апестеги официально предписал консулам Долин не повиноваться ничьим распоряжениям, за исключением тех, которые исходили от него и короля Франции.
Революция во Франции свергла монархию, и после казни Людовика XVI в 1793 году андоррцы остались без своего князя-соправителя. Французские революционеры отменили дань, вносимую Андоррой, как феодальную повинность, и республика отказалась от суверенитета над долинами. Однако жители маленькой страны опасались теперь, что она будет поглощена могущественными соседями. В 1794 году, в ходе войны с Испанией, французские войска вступили на территорию Андорры и дошли до Сольдеу, стремясь захватить Сео-де-Уржель. Представители долин встретились с французским генералом Шабре и смогли убедить его отказаться от проведения операции.
В 1806 году французский император Наполеон в специальном декрете объявил, по просьбе андоррцев, о восстановлении действия «акта-пареажа». Князьями-соправителями вновь признавались глава государства Франции и епископ Уржельский. Это положение ненадолго прекратилось в 1812–1813, когда Андорра была аннексирована Францией и включена в состав территории. В 19 веке страна начинает постепенно открываться миру. Андорру посещают европейские путешественники, которые с восторгом отзываются о красоте ее природы. В 1848 парижская опера поставила спектакль Галеви «Долина Андорры», а в 1852 в Мадриде исполнялась одноименная сарсуэла Гастамбиде.
Серьезную угрозу для нейтралитета Андорры представляли гражданские войны в Испании. В 1866 году по инициативе богатого землевладельца Гильена де Пландолит-и-д'Арено в стране развернулось движение «Новая реформа», и 14 апреля 1866 епископ Жозеп Кайшаль-и-Эстраде (1853–1879) утвердил положения андоррской конституции. В 1869 ее ратифицировал и император Франции Наполеон III (1852–1870). Генеральный совет – высший законодательный орган – состоял из 24 членов, которые избирались «синдиками», главами местной власти. Ограничивалась светская власть епископа. Его влияние, по существу, свелось к церковным делам. В конце 19 века экономические трудности привели к росту эмиграции из Андорры. Расширение связей с заграницей способствовало развитию средств коммуникаций. Были проведены первые телеграфные и телефонные линии. Однако Андорра оставалась еще мало известной и изолированной страной. Лишь путешественники время от времени посещали ее.
В 1914 году Папа Пий X провозгласил Святую Деву Меричелльскую «патронессой Долин Андорры». 8 сентября 1921 года архиепископ Таррагоны и Уржельский епископ Жусти Гитарт-и-Вилардебо (1920–1940) короновали ее икону. В ходе церемонии был впервые исполнен национальный гимн Андорры. В нем поется: «Я одна являюсь единственной дочерью императора Карла Великого, верующей и свободной вот уже одиннадцать столетий. Верующей и свободной останусь я всегда». День 8 сентября стал национальным праздником княжества. Только после 1914 года Андорра стала выходить из своей традиционной изоляции: была построена первая дорога, связывающая ее с городом Сео-де-Уржель в Испании. В 1933 дорога была продлена до Пас-де-ла-Каса на французской границе. До ее постройки даже членам Генерального совета приходилось съезжаться на заседания верхом на мулах по горным тропам.
В 1928 году правительство Испании организовало почтовую связь с Андоррой и выпустило почтовые марки, посвященные андоррским сюжетам. Через три года то же самое сделала Франция. В 1929 году в стране была сооружена первая крупная электростанция (до тех пор ток давали небольшие электрогенераторы, принадлежавшие отдельным общинам). В 1930-х годах в Андорре развернулась борьба за введение всеобщего избирательного права.
Социально-политические потрясения 1933 года получили название «андоррской революции». 10 июня судебные власти распустили Генеральный совет и викарии князей назначили проведение новых выборов. 17 июля была проведена реформа избирательной системы: право голоса получили все мужчины старше 25 лет. Андоррцы добились также отмены ряда феодальных законов, получив льготы в пользовании общинными землями, лугами, лесами и водами.
В 1934 году русский эмигрант Борис Скосырев, именовавший себя «графом Оранским», предложил Генеральному совету провозгласить его «королем Андорры», пообещав осуществить реформы и модернизацию страны. Когда епископ Уржельский отверг его притязания, Скосырев объявил ему войну, провозгласил себя «суверенным князем» Борисом I и назначил проведение всеобщих выборов. Однако отряд испанской гражданской гвардии, посланный епископом, арестовал претендента и доставил его в Барселону, где он был отдан под суд, а затем выслан из Испании. Но усилия по модернизации страны продолжались.
В ходе гражданской войны в Испании в 1936–1939 годах и Второй мировой войны 1939–1945 годов Андорра оставалась нейтральной. Трудности страны усугубились разрушительным наводнением 1937 года. В 1940 году дело чуть было не дошло до вторжения германских войск из Южной Франции и испанских из Сео-де-Уржеля, но вмешательство папского нунция предотвратило конфликт. Тем не менее, реакция военных лет сказалась в Андорре. В 1941 году всеобщее избирательное право для мужчин было вновь отменено. В 1944 году германские части и отряд испанской гражданской гвардии вступили в Андорру, но уже в 1945 они были выведены.
После Второй мировой войны избирательные права населения были восстановлены. Пост первого синдика (главы андоррской власти) в 1937–1960 бессменно занимал Франсеск Кейрат Франшес, в 1961 году его заменил Хулиа Реиг Рибо. В 1964–1972 первым синдиком являлся Франсеск Эскуде Ферреро, в 1972–1978 на смену ему вновь пришел Х.Реиг Рибо.
В 1950-х годах страна быстро развивалась. Население Андорры за 1952–1964 удвоилось и достигло 12200 человек; повысился уровень жизни. Начался коммерческий подъем и рост туризма, прежде всего связанного с лыжным спортом, объявленным национальным видом спорта в Андорре. Новое поколение андоррцев стало получать образование за границей. В 1966 было введено социальное законодательство, в 1968 году основана «Андоррская страховая касса», организована автоматическая телефонная и телексная служба. В 1967 Андорру посетил ее князь с французской стороны – президент Франции Шарль де Голль (1959–1969). А в 1973 произошла первая с 13 века встреча обоих князей – епископа Жоана Марти Аланиса (1 971–2003) и президента Франции Жоржа Помпиду (1969–1974).