Почти в это же время новая каменная церковь с тремя приделами сооружается в центре Нижне-Исетского завода, после чего прежняя деревянная церковь стала кладбищенской. В 1849 году Горным ведомством была выстроена каменная часовня в селе Шарташ, который был крупнейшим центром старообрядчества на Урале. В 1862 году была обращена в Свято-Троицкую церковь. В самом Екатеринбурге в первой половине XIX века строительство велось не на казенные деньги, а на частные, купеческие или на монастырские. Но купцы были почти исключительно из старообрядцев, которые особенно разбогатели во время екатеринбургской золотой лихорадки. Поэтому ими в этот период времени были сооружены 4 старообрядческих единоверческих церкви: Спасская (Толстиковская) в 1801-1814 гг., Христорождественская в Верх-Исетском заводе в 1805-1837 гг., Свято-Троицкая (Рязановская) в 1814-1839 гг., Михайловская (Коробковская) кладбищенская на Сибирском тракте в 1865-1888 гг. Каменное строительство было разрешено лишь старообрядцам-единоверцам, согласившимся подчиняться Синоду. В епархии они подчинялись православному архиерею, образуя отдельный единоверческий благочинный округ. Для архитектурного облика храмов первой половины 19 века характерен классицизм. В этом стиле выстроен в Екатеринбурге комплекс трех церквей Ново-Тихвинского монастыря. Александро-Невский собор, построенный по проекту знаменитого уральского архитектора М.П. Малахова и единственный, сохранивший первозданный вид, и поныне поражает своей строгостью и величием.
Вторым крупнейшим строителем церквей в XIX в. стал основанный в 1809 году екатеринбургский Ново-Тихвинский Горно-Уральский женский монастырь, который вырос из женской монашеской общины, образовавшейся около екатеринбургской кладбищенской Успенской церкви и узаконенной в 1792 году. В новообразованной Екатеринбургской епархии имелось 428 церквей (328 каменных и 100 деревянных). Кроме этого имелось 446 часовен (93 каменных и 353 деревянных). Численность духовенства составляла 1125 человек. В епархии имелось два мужских монастыря: Верхотурский Николаевский и Далматовский Успенский; два женских монастыря: Екатеринбургский Ново-Тихвинский и Верх-Теченский Свято-Троицкий. [4].
С образованием Епархии Богоявленский собор стал кафедральным. Именно это здание было выбрано потому, что тёплый храм Богоявленского собора, в котором можно было вести службу круглый год, был просторнее, удобнее и внушительнее, чем тесные тёплые храмы в боковых приделах Екатерининского собора, которые тогда не соединялись с главным храмом. Последний стал удобен лишь после последующих реконструкций, соединивших все приделы в один объём. После образования самостоятельной Екатеринбургской епархии в городе начали выходить «Екатеринбургские епархиальные ведомости», которые, в отличие от многих аналогичных изданий в других епархиях, выросли в серьёзный научный журнал, в котором было опубликовано много исследований по церковной истории Урала, сохраняющих научную ценность и в наши дни. Крупнейшим церковным зданием, выстроенным в Екатеринбурге в XIX веке, была Максимилиановская церковь, представлявшая собой нечасто встречающийся тип храма-колокольни. Она была выстроена как колокольня к церкви Сошествия Святого Духа. Строительство её велось с 1847 по 1876 год, она стала самым высоким сооружением города. Планировалось построить и новое здание самой церкви, но по недостатку средств проект не был реализован, что сохранило тогда от сноса еще в XIX веке старейший каменный храм города. К середине XIX века исчерпались возможности нового екатеринбургского кладбища XVIII века, около которого образовался Ново-Тихвинский монастырь. За городом были выделены места для новых кладбищ. [4]. К этому времени Екатеринбург вновь утратил значение всероссийского, и всесибирского центра горного дела. Золотая лихорадка переместилась с Урала в Сибирь, где екатеринбургских купцов оттеснили сибиряки. За тем было упразднено главное правление заводов Хребта Уральского, после чего город снова стал рядовым уездным городом Пермской губернии. С этого времени основными строителями церквей стали православные купцы (не старообрядцы, как в начале века). С 1846 по 1860 г. на средства екатеринбургского купца Е.А. Телегина. Единственным православным приходским храмом, выстроенным в XIX веке в самом Екатеринбурге, была построенная в 1885-1895 гг., Александро-Невская каменная церковь на Арсеньевском проспекте (ул. Свердлова) в районе Мельковки. В 1886 - 1900 гг. на новом была выстроена Всехсвятская церковь. В 1890 - 1897 гг. на собранные населением деньги была сооружена в память спасения Императора Александра III при крушении поезда на ст. Борки новая приходская каменная Никольская церковь в Верх-Исетске. Однако большинство церквей, выстроенных во второй половине прошлого века, были так называемые «домовые» церкви, то есть церкви учебных, благотворительных и иных учреждений. Большинство из них были встроены в здания тех учреждений, для которых они строились. Реже для них строили отдельно стоящие здания. Все они были построены на средства купцов, чаще всего входивших в состав попечительских советов тех заведений, для которых церкви строились. Для храмовой архитектуры второй половины 19 века характерна эклектика - смешение различных стилей. Вообще 19 век оказался очень плодородным для храмового строительства.
В XIX веке выстроено было мало. В это время казна расходует большие средства на строительство крупных храмов в столичных и губернских городах, а также в сельской местности, где было недостаточно собственных средств. В Екатеринбурге появились две домовые церкви: небольшая Никольская при Александровской богадельне в 1901 год (Картинная галерея) и огромная Екатерининская при женском Епархиальном училище в 191 3 году (Горный институт). [4]. Но кроме чисто церковного строительства церковным ведомством в XIX веке в Екатеринбурге строились ещё здания для административных нужд церкви, учебные и просветительные заведения. С 1833 г. строился и перестраивался Архиерейский дом - резиденция Екатеринбургского архиерея. Появилось здание Духовной консистории. В 1838 г. было открыто Духовное мужское училище, в здании которого в 1916 г. открылась Екатеринбургская семинария. В дальнейшем для последней планировалось строить отдельный комплекс зданий. С 1837 г. в зданиях Ново-Тихвинского монастыря открылась школа для сирот-дочерей духовенства, которая с 1880 г. была преобразована в Епархиальное женское училище. В 1916 г. для него было выстроено самое крупное в Екатеринбурге и во всем Оренбурге ком учебном округе, к которому город относился, учебное здание. Строились церковно-приходские школы, которые были почти при всех церквях города. В 1913-1916 гг. на 1-й Богоявленской улице (ул. Володарского) был выстроен Епархиальный дом, представлявший здание для православного просвещения населения и включавший библиотеку, музей, помещения для епархиальных и православных общественных организаций, с зрительным залом на 900 мест (теперь в нём располагается ДК УВД). [4]. Церкви были центром духовной жизни города. А Крестные ходы, совершавшиеся из них, были наиболее яркими праздничными действиями, нарушавшими монотонность трудовых будней. Наиболее красочными были Крестные ходы на водосвятие к Городскому пруду, из которых самым торжественным было шествие из Богоявленского собора.
Многие священники и архиерей Екатеринбургской епархии, кроме своего непосредственного пастырского служения, вели научные исторические исследования, изучали церковные архивы. Многие их работы публиковались в екатеринбургских епархиальных ведомостях, издавались отдельными книгами. В Екатеринбурге было организовано «Екатеринбургское церковное археологическое общество», при котором был устроен собственный музей. 1916-1917 - годы наибольшего расцвета Екатеринбургской епархии. Структура епархиального управления представляла следующее: во главе стоял епископ. При нем имелось правительственное учреждение - Духовная консистория, которая делилась на присутствие и канцелярию. В екатеринбургской епархии имелось 5 учебных заведений: духовное училище в Камышлове, духовное училище, духовная семинария, епархиальное женское училище и школа псаломщиков в Екатеринбурге. Наиболее величественными храмами Екатеринбурга являлись: Богоявленский Кафедральный, Екатерининский и Александро-Невский соборы. Старейшим на Урале был Верхотурский Николаевский мужской монастырь. Особое место среди женских обителей занимал Ново-Тихвинский монастырь. В 1925 году после смерти Патриарха Тихона и ареста Местоблюстителя Патриаршего Престола Митрополита Петра (Полянского) староцерковное (Тихоновское) направление раскололось. Часть архиереев, во главе с бывшим Екатеринбургским архиепископом Григорием, который только что вышел из тюрьмы, не согласилась с составленным Митрополитом Петр ом в ожидании ареста завещанием, в котором он назначил своим преемником в качестве нового Местоблюстителя Патриаршего Престола Митрополита Нижегородского Сергия (Страгородского) - будущего патриарха. Они считали, что новый Местоблюститель не может быть назначен одним лицом, а должен быть избран Собором епископов. Кроме того, они возражали против кандидатуры митрополита Сергия, поскольку тот около года поддерживал обновленчество.