Иссык-Кульскую область можно назвать солнечной. Принято считать погоду ясной, полуясной, пасмурной. Здесь число пасмурных дней колеблется от 10 до 20 дней в году. Число ясных дней велико - 150-190 дней в году. Очень мягкие температурные условия наблюдаются по всей Иссык-Кульской котловине за счет отепляющего влияния незамерзающего озера зимой. При этом нет заметных различий в её частях.
В Прииссыккулье относительная влажность воздуха круглый год находится в основном в пределах комфортных значений (45-60%). В западной части летом возможны в среднем 10 дней, когда влажность составляет 30%, однако в центральной и восточной частях таких дней только 10-15. В западной части в зимний период осадков выпадает около 120 мм в год, к востоку их количество увеличивается до 400-500 мм. Осадки в основном выпадают в тёплый период из конвективных облаков и могут сопровождаться грозами, число дней которых в среднем 35-50 в году. Число дней со снеговым покровом, выпадающим не каждый год, в западной части котловины менее 10. При движении па восток оно увеличивается до 30-50, а в восточной части оно достигает 100-150 дней в год. От подножий хребтов, обрамляющих Иссык-Кульскую котловину, годовое количество осадков 600-800мм. а на отдельных гребнях до 900мм. Однако, в высокогорных сыртовых зонах количество осадков составляет 300мм. увеличиваясь на отдельных хребтах до 400-500мм.
Режим ветра, вследствие определяющего влияния на него горной орфографии, чрезвычайно сложен. В обрамляющих Иссык-Кульскую котловину высоких хребтах - барьерах имеются 2 понижения - перемычки с высотой около 2км; на западе - это стык Кыргызского хребта и Кунгей Алатоо, а на востоке перевал Санташ. При потоках холодных воздушных масс на север Кыргызстана и на юг Казахстана они задерживаются хребтами - барьерами. Вторжение в их котловину происходит в виде оврага холодного воздуха через понижение перемычки. В результате в её западных и восточных частях образуются местные штормовые ветры - Улан и Санташ. В западной части котловины возникает Улан со скоростями 10 м/с - 30 м/с, имеющий западное направление, наблюдающийся 40-60 раз в году и длящийся от нескольких часов до 1-3 суток. Зона его распространения - ущелье Боом до посёлка Чырпыкты. Реже чем Улан (20 раз в году) в восточной части возникает Сан-Таш с более слабыми скоростями (10 м/с-20 м/с) и длится он от нескольких часов и до 1-2 суток. Санташ захватывает всю восточную часть котловины от перевала Санташ примерно до села Покровка.
Климат является определяющим фактором для развития туризма в Иссык-Кульской области. Сочетание горного и морского климата значительно повышает рекреационную популярность региона в развитии лечебно-оздоровительного вида туризма. Именно климат привлекает туристов на Исыккуль.
Водные ресурсы. Из водных ресурсов в области особое место занимают поверхностные воды, представленные более 5400 реками, речками и ручьями, около 600 озёр и более 3290 ледниками. Реки области, имеющие снежно-ледниковые питания относятся к бассейнам озера Иссыккуль, озера Балхаш, рек Сырдарьи и Тарим, Чуй и верховья реки Нарын. На формирование речной сети и речного стока области большое влияние оказывают орфографическое строение, климатические условия, оледенение. Самую восточную высокую часть территории занимает бассейн реки Сарыжаз, весь сток который уходит в КНР и в систему реки Тарим. С запада к этому- бассейн) примыкают верховья реки Нарын-водосборы двух её главных составляющих: Чон-Нарын и Кичи-Нарын. Стоки реки Каркыра. Сарыжаз, Чон-Нарын и Кичи-Нарын в пределах области в настоящее время не используются, хотя являются весьма перспективными для развития гидроэнегетических систем и водного туризма. Особое место в хозяйственной жизни области принадлежит рекам Иссык-Кульского бассейна, являющимися источником орошения, бытового водоснабжения, объектами рекреации и малой гидроэнергетики. Их водность хорошо согласуется с распределением атмосферных осадков по территории бассейна, увеличиваясь с запада на восток и снизу вверх.
Самой крупной в Иссык-Кульском бассейне являются река Жыргалан. основная часть стока которого формируется в тёплый период года, максимальный месячный сток приходится на август. Вторая по водосборности -река Тюп, она берёт начало на северных склонах Тескей Алатоо. В Иссык-Кульском бассейне относительно крупными являются реки Чон-Кызылсуу, Барскоон, Турасуу. Аксай, Кичи-Аксуу, Жонжаргылчак. Чон-Аксуу и Кичи-Аксуу стекают с южных склонов Кунгей Алатоо. Для этих рек характерно весеннее-летнее половодье. Преобладание весеннего стока над летним наблюдается на реках Торуайгыр, Чонорукту, Ойтал,Кудургу,Тюпе, верховьях Жыргалана.
Озера Иссык-Кульской области разнообразны по происхождению и размерам. Многие озёра располагаются высоко в горах в субальпийском и альпийском поясах, в труднодоступных, обрамлённых скалистых склонах. Озёра эти или запрудного происхождения, образовавшиеся в результате обвала крутых склонов, или ледниковые, образованные в тросовых долинах под ледниками.
Самое крупное озеро – Иссык-куль, которое также называется «кыргызским морем», оно занимает второе место среди высокогорных озёр мира (после Титикака в Южной Америке). Расположено в межгорной тектонической впадине 1608 м над уровнем моря. Площадь зеркала озера 6236 км2, максимальная глубина 668 м. Длина с запада на восток 177 км, максимальная ширина 60 км. Незамерзающие зимой объёмы воды 1738 км3, минерализация 5%, но минерализации вода озера сульфатно-натриево-магниевая. Температурный режим озера зависит от его глубины и солености. Поэтому летом Иссыккуль делится на разные температурные уровни, а зимой ему свойственно гомотермическое деление (распространение однородной температуры по всей глубине). Зимой температура воды +4,2,+5,0 С. летом поднимается до +22 С, а в 2003 году даже до +24 С, что является рекордом столетия. Уровень воды имеет тенденцию к понижению и повышению. В 2003 году из-за частых и обильных осадков озеро Иссыккуль поднялось до рекордной отметки за всю историю горного озера. Оно также вероятно связано с Великим противостоянием Марса, которое наблюдали земляне впервые за 68 тысяч лет Планеты по имени Земля. И это также отметили астрономы КР. В осеннее-зимний период обычно наблюдается понижение уровня озера и расходной части водного баланса.
Остальные озёра области относительно очень малы и лишь некоторые из них превышают 1 км2. В основном они расположены на высоте более 3000м и привязаны к ледникам.
Среди озера бассейна реки Сарыжаз особое место занимает озеро Мерцбахера, расположенное на высоте 3304м над уровнем моря на поверхности ледника Энилчек. Площадь зеркала 4,5км2, объём 160млн.м3. Длина -2-3км, ширина - 1,1км. Глубина - 60-70м. Озеро ограждено ледником и их сломанные вершины (айсберги) плавают на озере. Это красивое место природы привлекает туристов и альпинистов со всего мира. Уникален режим и природа наполнения прорыва этого озера. К концу лета в тёплой воде от дна озера отрываются и всплывают на поверхность огромные глыбы льда, открывая огромную воронку в туннель под тело запруды - ледник южный Энилчек и вода из озера мощным потоком устремляется по реке Энилчек в Сарыжаз,затем в Китай. Глыбы льда, опускаясь, замерзают на дне и закрывают воронку, сток прекращается, озеро начинает медленно наполняется. Весной озеро вновь наполняется талой водой, летом температура её повышается, и снова ледяная пробка, отмерзая ото льда, открывает канал прорыва.
Второе после озера Мерцбахера по величине озеро Балтырбешик расположено в верховьях реки между хребтами Акшыйрак и Борколдой. Зеркало лежит на высоте 3700 м над уровнем моря. Длина - 700м, ширина - 200-220м, площадь - 0,12км2, глубина 4м, зимой замерзает.
Более 80 озёр верховий реки Нарын сосредоточено в бассейне реки Арабельсуу. Среди них самое крупное в регионе - озеро Жуукучак. Оно расположено на высоте 3766м. над уровнем моря, площадь 1.5км", объём воды оценивается в 8 млн.м3. В бассейне озера Иссыккуль насчитывается 279 мелких озёр. Самое крупное из них - Алакуль. Находится в северной части Тескей Алатоо, на высоте 3532м над уровнем моря. Относительно крупными является озеро Долон в долине реки Тюп, в его нижнем течении. Озеро Чокулуукол находится в верховьях реки Джууку.
Ледники - один из важнейших факторов формирующих сток горных рек. Наибольшим развитием современного оледенения отличается приподнятая восточная часть области в пределах бассейна реки Сарыжаз. что в районе пиков Победы и Хантенгри. Здесь учтено 760 ледников общей площадью 1572.0км2. Самый большой ледник Энилчек, занимает второе место в Центральной Азии после ледника Федченко.
Озёра - Иссыккуль, Алакуль, Мерцбахера. ледникиЭнилчек, Сарыжаз - главные рекреационные ресурсы, составляющие ключевой природно-рекреационный потенциал области.
Флора и фауна. Экосистема Иссыккуля представляет собой природный комплекс всех живых организмов (флоры и фауны), присущих этой территории. Большая вертикальная расчленённость, сложность рельефа, высокое положение территории над уровнем моря и другие экологические факторы обусловили формирование разнообразной растительности и животного мира.
Флористический состав представлен около 1500 видами растений, образующих более 50 растительных сообществ.
Лесной фонд Иссык-кульской области составляет 344,3 тыс. га, что составляет 24% республиканского фонда, из них 25,4 тыс. га. - 50% лесных земель занимают ель Шренка, арчовые и другие кустарники.