Естественно, что в этих условиях на волне политического либерализма у ученых не могла не проснуться дремавшая до сего времени потребность осмыслить положение науки в стране и публично выразить свое мнение по поводу сложившейся системы организации науки и возможностей ее оптимизации [23]. Критика прежнего механизма научной деятельности стала высказываться открыто, а глубина ее возрастала, хотя нужно подчеркнуть, что апелляции к зарубежному опыту по-прежнему оставались непопулярными. Еще более значимым был тот факт, что, выходя за рамки советских традиций, эта критика временами приобрела конструктивный характер. В известном смысле сама концепция регионального научного центра, реализованная при создании СО АН СССР, стала следствием конструктивности подобной критики. Ученые, их наиболее мобильная и деятельная часть, которая в конечном итоге оказалась в Академгородке, стремились принять непосредственное участие в формировании новой социальной конструкции отечественной науки, избавленной, по их мнению, от многих недостатков прежней системы. Впрочем, этот энтузиазм имел и оборотные стороны: многое из "нового" поддерживалось некритично, априори, как противовес "старому", последствия чего начали проявляться спустя уже несколько лет.
Долгое время опыт новосибирского Академгородка рассматривался лишь как реализация принципиально нового подхода к организации и управлению наукой в стране. Однако даже поверхностное знакомство с мировыми тенденциями в научном строительстве позволяет сделать вывод, что в концепции регионального научного центра в Сибири воплотились некоторые организационно-управленческие решения, уже апробированные при создании научных комплексов в ряде ведущих стран мира, прежде всего — США. Наличие предшественников ни в коей мере не может рассматриваться как фактор, снижающий значимость проведенного в Сибири научно-организационного эксперимента. Это была как раз та ситуация, когда в отечественной практике были практически воплощены универсальные научно-организационные интенции и алгоритмы, что происходило далеко не всегда.
Отношение властей к сообществу ученых в процессе организации научного комплекса отличалось сдержанностью и известной осторожностью. Конечно, базовые принципы отношения власти к науке не менялись. Они всегда были весьма противоречивыми, амбивалентными. С одной стороны, власть рассматривала науку как необходимый фактор социально-экономической модернизации страны — задачи, поставленной эпохой формирования информационного общества и уже вполне осознаваемой государством. С другой стороны, власть не доверяла науке. Дело было не только и не столько в склонности ученых к диссидентству. Власть не доверяла науке из-за свойственного научному мышлению критического отношения к авторитетам, релятивистской интерпретации всего происходящего в природе и обществе, стремления к поиску рациональных объяснений. Противоречивость в отношениях авторитарной власти и научного сообщества имела объективный характер, принимая время от времени весьма острые формы. Были, однако, и периоды ремиссии.
На этапе создания ННЦ центральная власть демонстрировала свою лояльность, что в конечном итоге и следует рассматривать как основной фактор успеха при создании научного центра. Эта лояльность распространялась и на его "человеческое наполнение" — формирующееся научное сообщество. В результате в институтах Академгородка и в университете нашло пристанище довольно значительное число исследователей и преподавателей, фактически объявленных persona non grata в столичных научных и учебных институтах. В этом смысле судьба известного физика Ю.Б. Румера, репрессированного и лишенного возможности работать в столичных научных учреждениях, но принятого на работу и успешно продолжавшего свои исследования в новом научном центре, была достаточно типичной. Поскольку при этом чрезвычайных происшествий не происходило, центральные власти не проявляли особого беспокойства. Поддержка со стороны власть предержащих имела, по сути дела, априорную основу, а детали никого в центре особенно не интересовали. Впрочем, из этого правила бывали и исключения, когда дело касалось отдельных личностей и личных амбиций. Наиболее ярким примером подобных коллизий, закончившихся для научного центра относительной неудачей, стала история с академиком Н.П. Дубининым, лишь короткое время проработавшим в качестве директора Института цитологии и генетики. Он был снят с должности М.А. Лаврентьевым по личному распоряжению Н.С. Хрущева и под непосредственным влиянием Т.Д. Лысенко. Данное решение стало определенным компромиссом — сам институт, занимавшийся столь непопулярными в то время исследованиями, удалось отстоять. Отголоски этих событий, однако, сохранялись еще в течение длительного времени. В частности, в феврале 1961 г. работу партийной организации Сибирского отделения АН СССР проверяли сотрудники Отдела науки, школ и культуры ЦК КПСС по РСФСР. В ходе проверки был сделан вывод о том, что "в институте цитологии и генетики часть руководящих кадров добиралась Дубининым. После освобождения т. Дубинина в институте остались ранее подобранные им кадры, некоторые из них до сих пор поддерживают с ним научную связь (Шкварников, Керкис). Партком не принял мер по разъяснению молодежи ошибочных взглядов т. Дубинина, в силу чего часть молодых сотрудников института сожалеет об уходе его из института…" [24, ф. 5, оп. 37, д. 87, л. 1–5].
Было бы заблуждением считать, что центральная власть в лице высших партийных структур не знала, что происходило в новом научным центре. В ЦК КПСС и КГБ было известно даже об относительно незначительных по масштабу событиях в отдельных институтах Академгородка. В этом смысле весьма показателен следующий документ. 24 мая 1960 г. в бюро ЦК КПСС по РСФСР от инструктора ЦК Н.А. Дикарева, находящегося в командировке в Новосибирске, поступило сообщение следующего содержания: "20 мая в институте неорганической химии Сибирского отделения АН СССР проходило собрание сотрудников, посвященное осуждению американской агрессии против СССР и поддержке заявления Советского правительства. На собрании выступил научный сотрудник Бреусов О.Н., который пытался обосновать неправильность внешней политики нашего правительства. Он говорил о том, что нам важно, чтобы совещание в верхах состоялось, несмотря на сложившуюся обстановку. Эйзенхауэр пошел на уступки, надо было и нам пойти на уступки. В силу срыва совещания обстановка сейчас будет накаляться, и это может привести к нежелательным результатам. Бреусов внес на собрание предложение: "Выразить сомнение о срыве совещания в верхах. Срыв совещания произошел не по вине американских империалистов". Это предложение никто, кроме самого Бреусова, не поддержал. Собрание строго осудило выступление Бреусова О.Н. и приняло решение, полностью поддерживающее политику нашего правительства, и с гневом протестовало против американской агрессии. Бреусов О.Н. в Сибирское отделение АН СССР прибыл на работу по окончанию аспирантуры МГУ в 1959 г. Будучи студентом и аспирантом МГУ, т. Бреусов допускал неправильные выступления, пытался быть оригинальным и высказывать свою точку зрения. Зам. секретаря парткома Сибирского отделения АН СССР т. Стародубцев на следующий день после собрания имел беседу с Бреусовым О.Н. В беседе выяснилось, что он не разбирается во многих политических вопросах. Новосибирский обком КПСС с этим фактом тщательно разбирается и о результатах доложит" [24, ф. 5, оп. 37, д. 73, л. 71].
Несмотря на провозглашенные принципы научной этики, базирующиеся на свободе мнений и дискуссий, использование институтов власти для отстаивания личных интересов было делом обычным. Отличались этим и "отцы-основатели" научного центра. Риторика и аргументация имели вполне советский характер, что не очень сочеталось с принципами профессиональной научной этики. В частности, в сообщении в бюро ЦК КПСС по РСФСР о предполагаемом переизбрании членов бюро президиума Сибирского отделения АН СССР в мае 1961 г. М.А. Лаврентьев еще раз обосновал, почему С.А. Христианович не может войти в его состав: "Христианович своим неправильным поведением скомпрометировал себя перед коллективом ученых, он оставил прежнюю семью и стал жить со своим референтом". ЦК КПСС поручил Новосибирскому обкому провести заседание партгруппы отделения, обсудить предложение М.А. Лаврентьева и решить вопрос об избрании С.А. Христиановича в состав бюро президиума СО АН СССР. Результат конфликта был предопределен. В конце документа имеется помета, сделанная инструктором ЦК А. Маховым: "На выборах бюро президиума Сибирского отделения АН СССР в его состав прошли ученые, рекомендованные т. Лаврентьевым. 9 апреля 1961 г." [24, ф. 5, оп. 37, д. 87, л. 43].
Местные власти проявляли еще большую настороженность в отношении всего того, что происходило в Академгородке: они как раз видели "детали" жизни научного сообщества, которые с точки зрения традиционных норм и представлений советского, а кое в чем еще и сталинского времени не вполне вписывались в пределы допустимого. Но покончить с дискуссиями в то время не удавалось: этому препятствовали общая поддержка, оказываемая научному центру из столицы, "оттепель" с ее духом реформаторства (более ощутимым в Москве, чем в Новосибирске) и отсутствие прецедента. Власть позволяла ученым играть в свои игры, надеясь, что любая игра когда-нибудь закончится сама собой. Сказывалась и географическая удаленность Академгородка от Москвы, и определенная автономия в рамках Новосибирска. Как вспоминает Т.И. Заславская, "одна из заслуг академика Лаврентьева, что когда он выбирал место для Академгородка, не последним соображением было — подальше от обкома партии. В Иркутске такой городок на окраине города, в Красноярске — вообще часть города. Лаврентьев же хотел самостоятельности в этом плане — и он ее добился. Мы тоже имели неприятности с обкомом партии, но все-таки они не сидели у нас безвылазно, а лишь наезжали, и то нечасто. Конечно, были доносчики, "стукачи"" [17, с. 146].