Очевидно, что важным "сдерживающим фактором" для обкома в отношении Академгородка долгое время оставался сам М.А. Лаврентьев. Его достаточно близкие отношения с лидером страны, ни для кого не являвшиеся секретом, а также прямой пропуск в Кремль заставляли тщательно осмысливать возможные последствия любой недружественной акции в отношении научного центра или его основателя и руководителя. Такое положение вещей сохранялось вплоть до отставки Н.С. Хрущева в 1964 г. и, по инерции, еще некоторое время после.
Немаловажную роль в том, что контроль со стороны партийных институтов некоторое время носил относительно мягкий и ограниченный характер, сыграл особый статус руководящих органов партийной организации Академгородка. В ННЦ с 1958 г. действовал собственный партком, который еще более усиливал автономию научного центра [25, с. 45–47]. Партком состоял из ученых, сотрудников научно-исследовательских институтов, его возглавляли выходцы из научного мира (одним из них в течение длительного времени был хорошо известный в научных кругах Академгородка профессор Г.С. Мигиренко), не чуждые принципам научной этики и хорошо понимавшие настроения и интересы своих коллег. Вплоть до 1965 г., когда партком ННЦ был ликвидирован и частично слит с Советским райкомом КПСС, он оставался своеобразным буфером между учеными и властными институтами, занимаясь преимущественно инфраструктурными вопросами и избегая прямого вмешательства в проблемы, связанные с содержанием научной деятельности. Впрочем, нельзя сказать, что отношения парткома с вышестоящими инстанциями и в первые годы формирования научного центра имели исключительно мирный характер. Деятельность парткома неоднократно оказывалась под огнем критики. В частности, в мае 1961 г. вопрос о работе партийной организации СО АН СССР рассматривался на бюро ЦК КПСС по РСФСР. Наряду с положительными сторонами деятельности отмечались существенные недостатки в подборе и воспитании кадров: "Мероприятия по идейно-политическому воспитанию сотрудников не всегда увязываются с насущными задачами Сибирского отделения, с воспитанием у молодежи чувства понимания важности выполняемой работы. Большими недостатками страдает лекционная пропаганда. Среди сотрудников имеют место факты нарушения трудовой дисциплины и аморального поведения". Партийному комитету СО АН СССР поручалось "улучшить работу по идейно-политическому воспитанию научных работников, особенно молодежи, обеспечить глубокое изучение марксистско-ленинской теории и понимание политики нашей партии" [24, ф. 5, оп. 37, д. 87, л. 6–10]. Выводы же до поры до времени носили достаточно мягкий и рекомендательный характер.
В демократические игры в Академгородке, однако, играли с увлечением. Находилось все больше и больше сценариев, способных не только тренировать интеллект, будоражить воображение и чувства, но и влиять на конкретную жизнь научного центра. В "Республике Соан" (по выражению братьев Стругацких) постепенно, шаг за шагом, совершалось продвижение от интеллектуальной гимнастики и политического резонерства клуба "Под интегралом" к попыткам экономических экспериментов более прагматичного "Факела", успешно занимавшегося незаконной, по мнению властей, хозяйственной деятельностью.
История возникновения и существования клуба-кафе "Под интегралом" стала сплавом неформальной инициативы и своеобразно понимаемой в Академгородке комсомольской работы. Как отмечает Ж.А. Бадалян, идея молодежного клуба-кафе появилась в начале 60-х годов, когда в стране, в основном в Москве, разворачивалось клубное движение. В новосибирском Академгородке проблемы досуга молодежи стояли не менее остро, чем в Москве или Ленинграде, к тому же требовался центр для общения, проведения культурных мероприятий. Во главе группы энтузиастов стояли А.И. Бурштейн (сотрудник Института химической кинетики и горения), а также Василий Димитров, Григорий Яблонский (аспирант Института катализа) и некоторые другие молодые ученые. Начало встреч "Под интегралом" относится к декабрю 1963 г., но широкую известность клуб приобрел только с 1965 г., когда ему удалось при поддержке М.А. Лаврентьева получить собственное помещение. С 1965 г. в сибирской и даже в центральной прессе стали появляться заметки об академгородковском начинании. Деятельность объединенных под крышей "Интеграла" клубов способствовала регулярному общению научной молодежи. Клуб задавал настроение в Академгородке, и посетить его приезжали из многих городов. Работа клуба проходила под покровительством районной комсомольской организации [22, с. 32–36].
Научно-реализационное объединение "Факел" было организацией другого рода. Если клуб "Под интегралом" воздействовал на настроение людей, то "Факел" позволял нормально зарабатывать и одновременно заставлял задумываться о принципах, на которых должны строиться нормальные экономические отношения в обществе. "Факел" был создан в 1966 г. по инициативе инженера ВЦ СО АН СССР Александра Казанцева. Цель НРО состояла в обеспечении финансирования перспективных научных проектов, для которых не было места в планах работы академических институтов. Зарабатывая посредством хоздоговорных сделок с предприятиями деньги, фирма получала значительную прибыль, которую вкладывала не только в актуальные разработки, но и в социально-значимые акции: финансирование ряда строительных проектов, картинной галереи, ремонт школы, спасение жителей в затопленной долине реки Каменки и многое другое. В рамках заключенных хоздоговоров (к 1969 г. на 1 млн. руб.) разрабатывались новые научные проекты, в том числе и по таким перспективным направлениям, как плазмохимия и автоматизация научного производства. Здесь "Факел" имел научный приоритет перед многими академическими институтами [21, ф. П308, оп. 1, д. 216, л. 18–19]. Удивительным образом "Факел" сумел найти свою законодательную нишу: его деятельность не была официально разрешена, но и не подпадала ни под какие запретительные инструкции. Многочисленные проверки и ревизии не смогли выявить никаких злоупотреблений. И клуб "Под интегралом", и "Факел" были звеньями одной цепи, но "Факел по своим последствиям был намного опаснее для политического режима. Создавая пусть даже ограниченное пространство для проявления экономической инициативы, он подрывал основу основ коммунистической экономики – принцип всеобщей уравниловки. А такие вольности режим терпеть уже не мог.
К концу 60-х годов доминировавший в обществе сциентизм начинает понемногу увядать. Точнее, он принимает все более выраженную иррациональную окраску, поскольку явно возрастает степень его идеологизации. Последнее, конечно же, происходит не случайно. Власть сознательно торпедирует релятивистское и рациональное отношение ученых к природе и обществу, начиная осознавать опасность дрейфа интеллектуалов в сторону популярных на Западе теорий конвергенции, также имевших отчетливо выраженную сциентистскую основу. В результате в советской идеологии формируется идея научно-технической революции и утверждается тезис о "соединении НТР с преимуществами социализма", ставший официальной доктриной коммунистического режима с начала 70-х годов.
Самооценка ученых пока еще остается достаточно высокой, однако выясняется, что многие обещания, данные обществу самими учеными или от имени ученых (последние в этом случае выступили в положении "заложников"), выполнить не удалось. В их числе — управляемый термоядерный синтез и, соответственно, решение энергетической проблемы, резкое повышение продуктивности сельского хозяйства за счет его химизации и насыщения техникой и т. п. К тому же в Академгородке происходит ряд неудач локального характера, заставивший задуматься об универсальности столь популярной математической методологии, в частности, конфуз с якобы имевшей место "расшифровкой" древних рукописей майя. Убежденность в эвристических возможностях математического моделирования социально-экономических процессов также начинает таять.
Профессия ученого все еще считается весьма привлекательной, конкурсы в исследовательские университеты, в том числе и в недавно созданный Новосибирский, держатся на высоком уровне. Однако в условиях экспоненциального роста научных кадров количество начинает размывать качество, что не может не сказаться на престиже ученых. Сциентистская ориентация в обществе окончательно уступит место антисциентизму лишь в 80-е годы, но некоторые проявления этой тенденции уже налицо. В частности, ко второй половине 60-х годов ученых уже не зовут во власть. Политический истеблишмент прекрасно обходится и без представителей научного сообщества (администраторы и политики от науки, увенчанные высокими должностями и академическими званиями, здесь, конечно же, не в счет).
Определенные изменения происходят и в том, что касается критики учеными организации научной деятельности в стране. Поле подобной критики вновь сужается, открытые формы все чаще заменяются латентными. В то же время происходит отработка направлений, по которым критиковать систему организации науки становится не только желательно, но и необходимо. Ведущее место среди созданного набора штампов занимает критика недостаточно эффективной связи науки с производством и, соответственно, призывы к укреплению взаимодействия этих двух отраслей, поскольку наука de facto рассматривается как одна из отраслей народного хозяйства. Что же касается научного сообщества ННЦ, то здесь происходят любопытные изменения. Начинает переосмысливаться, не только на уровне теории, но и актуальной практики, опыт создания самого научного комплекса. Эксперимент с созданием научно-реализационного объединения "Факел" как раз и стал одним из проявлений подобной критики — формировалось звено, призванное компенсировать появляющиеся в академгородковской практике элементы научного консерватизма и монополизма сложившихся научных школ, а также преодолевать дисциплинарные и институциональные границы между отдельными учреждениями научного центра.