Среди многочисленных трудов Удаяны выделяются два. Атмататтвавивека (Различение истинности Атмана) давала развернутое опровержение буддийской философии по основным пунктам учения, каждому из которых посвящен один из семи разделов полемического трактата. Строгий критический анализ применяется к буддийскому учению о всемгновенности (кшаника-вада), отрицанию объективного бытия вещей, представлению о возможности редуцировать субстанции до «пучков» качеств, отвержению буддистами перманентного Я, отрицанию ими Ишвары и авторитета Вед. Другое произведение Удаяны, его magnum opus Ньяя-кусуманджали (Букет ньяи), также является полемическим произведением: здесь демонстрируются все возможности логического вывода в доказательстве бытия Бога через выявление логических ошибок в аргументации главных оппонентов теизма (буддисты, санкхьяики, мимансаки).
Вторая стадия развития ньяя-вайшешики (12–13 вв.) – опыт создания общей даршаны «ньяя-вайшешика». Философы этого времени объединяют в своих трактатах категории вайшешики и категории ньяи. Наиболее заметные величины этого направления – Шивадитья, «канонизировавший» в своей Сапатападартхи (О семи категориях) в дополнение к шести основным категориям вайшешиков также седьмую – небытие, Валлабха (не ведантист), Вадиндра и Кешава Мишра (13 в.), трактат которого Таркабхаша (Обсуждение дискурса), представляющий собой учебник ньяи с включением материала вайшешики (в частности, учения о причинности), стал предметом 20 комментариев.
Третью стадию можно соотнести с начальным становлением т.н. новой ньяи в сочинении логика Гангеша Упадхьяйи (13 в.) Таттва-чинтамани (Волшебный камень истины). Гангеша распределяет свой материал по четырем разделам, посвященным четырем традиционным для ньяи источникам истинного знания: восприятию, логическому выводу, сравнению, слову. Новизна его метода связана с модернизацией самого стиля философского дискурса и принципами компоновки материала. Особое место в его трактате занимают главы, посвященные демонстрации логического вывода (анумити), «проникновения» (вьяпти) как такого соотношения большего и среднего терминов, которое обеспечивает сам механизм получения правильного умозаключения. Гангеша подвергает критике все известные определения вьяпти и предлагает свое. Помимо разработки проблемы вьяпти – предикации, он уделяет значительное внимание и природе отрицательных суждений. Небытие, или отсутствие трактуется им не как простая негация, но как одно из свойств объекта («красный цвет» является одним свойством предмета, а «отсутствие красного цвета» – другим). Отсутствие есть «положительный» объект «отрицательной» мысли (высказывание «На земле нет кувшина» означает «Имеется отсутствие кувшина на земле»). Различаются также типы отсутствия, такие, как нереальное и нереальное (ср. отсутствие рогов у зайца и отсутствие синего цвета у кувшина). К рассматриваемому периоду относится и деятельность сына Гангеши – Вардхамана Упадхьяйи, который, по мнению Д.Инголлса, уступал в популярности только своему отцу. Сочинение Гангеши вызвало к жизни обильную комментаторскую литературу «новой ньяи».
В истории средневековой веданты целесообразно различать не только исторические стадии, но прежде всего соперничающие и частично дополняющие друг друга философские школы. Доктрина Шанкары содержала ряд логических лакун, которые можно было как-то заполнить, не выходя за границы адвайта-веданты, но в то же время порождала существенные проблемы – прежде всего, как примирить тождество Абсолюта и индивидуальной души с потребностями нормального религиозного сознания в их различении? Среди тех, кто предпочитал оставаться в пределах строго монистического учения адвайты, но при этом уяснить некоторые глубинные парадоксы учения Шанкары, выделяются философы, решившие уточнить бытийный статус и «местопребывание» Неведения – мировой мистификации, обусловливающей неведение отдельного индивида, и призванной объяснить, почему единый Абсолют иллюзорно трансформируется во множественный мир и обманывает индивидуальное сознание.
Часть адвайтистов последовала за учеником Шанкары – Сурешварой, считавшим, что источником Неведения является сам Абсолют, а не индивидуальная душа (джива). Такова позиция Сарваджнятмана (10–11 вв.), Вимуктатмана и Пракашатмана (оба писали в 13 в.), возглавившего школу виварана (букв. «разъяснение»). Другие адвайтисты, например диалектик-полемист Шрихарша (12 в.), автор Кхандана-кханда-кхадьи (Усвоение разделов опровержений), считавший все системы одинаково истинными (с точки зрения внутренней логики) и ложными (с внешней точки зрения), а также Читсукха (13 в.), автор Таттвапрадипики (Светильник истины), следуя Вачаспати Мишре, утверждали, что Неведение укоренено не в Абсолюте, но в индивидуальной душе; это направление получило название бимба-пратибимба-вада (букв. «учение об образе и отражении»). В числе других адвайтистов следует упомянуть Анандагири (13 в.), очень известного комментатора и биографа Шанкары, и Мадхаву (14 в.), энциклопедически образованного философа и экзегета (недаром его прозвищем было Видьяранья, «Лес знания»), составившего стихотворный трактат по теоретической и «практической» философии веданты в 15 главах Панчадаши (Пятнадцать глав), которые объединены в три раздела по пять глав в каждом, посвященные трем аспектам Абсолюта-Брахмана – существованию (сат), сознанию (чит) и блаженству (ананда). Другое известное его сочинение – Сарва-даршана-санграха (Компендиум всех даршан). Сама композиция этого учебного произведения, которое позволяет восходить от низших, с точки зрения веданты, школ (материалисты, буддисты, джайны) через «ортодоксальные» к адвайта-веданте, обнаруживает попытку субординации философских учений, что отличает ведантийские компендиумы от джайнских, располагавших даршаны по «горизонтали».
При всех частных расхождениях последователи Шанкары не выходили за границы изначально очерченных принципов, признавая Абсолют неперсонифицированным и бескачественным мировым сознанием, Неведение в качестве источника иллюзорного (хотя и не ирреального) становления и множественности феноменального мира и ноуменальное тождество неперсонифицированного Абсолюта и индивидуальной души. Источник вдохновения реформаторы веданты черпали уже у первого оппонента Шанкары – Бхаскары, допускавшего соотношение Брахмана и души в виде неразличия-с-различием, а также у южноиндийских вишнуитских поэтов-мистиков альваров, с 6 в. активно возрождавших путь бхакти. Разумеется, для создания авторитетных ведантийских систем, альтернативных шанкаровской, необходимо было не просто пересмотреть аксиоматику адвайты, но и представить, по примеру самого Шанкары, новые прочтения всех «трех сокровищ» веданты – Брахма-сутр, Упанишад и Бхагавадгиты.
Наиболее масштабным направлением реформации веданты стало создание системы вишишта-адвайты («недвойственность с дифференциациями»), предтечами которой стали Ядавапракаша и Ямуначарья (11 в.), а подлинным творцом – их последователь Рамануджа (11–12 вв.). Поскольку доктрина адвайты базируется на признании космического Неведения, Рамануджа представил семь тезисов против этого учения. Абсолют отождествляется с Вишну, реально наделенным всей полнотой положительных качеств, а иллюзионистская картина мира трансформируется в панэнтеистическую – души и природные феномены рассматриваются в качестве «тел» активного самораскрывающегося Божества. Последние соотносятся с ним и как качества с субстанцией (которая также не отлична и отлична от них). Соединение с Божеством находит кульминацию в эмоционально насыщенной «самоотдаче» адепта (прапатти). Учение Рамануджи приобрело значительную популярность в южноиндийском вишнуизме, прежде всего благодаря связям с бхакти (Ямуна сам был одним из последних альваров). В 13 в. Пиллаи Локачарья, возглавивший тамильское течение тенгалаи, становится лидером южной тамильской вишишта-адвайты, Венкатанатха в 13–14 вв. – северной; показательно, что обе школы разрабатывают проблемы теории познания.
Очень близка к вишишта-адвайте и двайта-адвайта («недвойственность в двойственности») Нимбарки (13 в.). Брахман у Нимбарки – Шри Кришна, всеведущая и всемогущая причина мира, которая трансформируется в мировые феномены вполне реально, но не растворяется в них, подобно жизненной энергии-пране, сохраняющей свою идентичность при активизации чувств и ума, или пауку, сохраняющему «независимость» от своей паутины.
Третью «редакцию» вишнуитской веданты представил в доктрине двайты («двойственность») Мадхва (13–14 вв.), который комментировал не только «три основания» веданты, но также Ригведу и Махабхарату и написал 10 трактатов по логике и онтологии (Дашапракарана). Мадхва признает три реальных и вечных начала: Абсолют, тождественный Вишну-Нараяне, души и материю. Только первое из них самовластно, другие два зависимы. В соответствии с названием своей системы Мадхва указывает на неидентичность любой логически возможной двоицы: Брахмана и души, Брахмана и материи, души и материи, двух душ, двух фракций материи. На различении Божества и души строится и двайтистская сотериология. Мадхва принимает шесть классических категорий вайшешики, восполняя их категориями, заимствованными из мимансы. Среди ближайших последователей Мадхвы – Джаятиртха (14 в.), наиболее авторитетный комментатор его сочинений.