Методология Бэкона в значительной степени предвосхитила разработку индуктивных методов исследования в последующие века, вплоть до XIX в. Однако Бэкон в своих исследованиях недостаточно подчеркивал роль гипотезы в развитии знания, хотя в его времена уже зарождался гипотетико-дедуктивный метод осмысления опыта, когда выдвигается то или иное предположение, гипотеза и из нее выводятся различные следствия. При этом дедуктивно осуществляемые выводы постоянно соотносятся с опытом. В этом случае большая роль принадлежит математике, который Бэкон не владел в достаточной степени, да и математическое естествознание в то время только формировалось.
В конце своей жизни Бэкон написал книгу об утопическом государстве "Новая Атлантида" (опубликована посмертно в 1627 г.). В этом произведении он изобразил будущее государство, в котором все производительные силы общества преобразованы при помощи науки и техники. В нем Бэкон описывает различные удивительные научно- технические достижения, преображающие жизнь человека: здесь и комнаты чудесного исцеления здоровья, и лодки для плавания под водой, и различные зрительные приспособления, и передача звуков на расстояния, и приспособления по оживлению после смерти, и многое другое. Некоторые из описываемых технических новшеств осуществились на практике, другие остались в области фантазии, но все они свидетельствуют о неукротимой вере Бэкона в силу человеческого разума. На современном языке его можно было бы назвать технократом, так как он полагал, что все проблемы своего времени можно решить на пути научно-технического прогресса.
Несмотря на то что он придавал большое значение науке и технике в жизни человека, Бэкон считал, что успехи науки касаются лишь "вторичных причин", за которыми стоит всемогущий и непознаваемый Бог. При этом Бэкон все время подчеркивал, что прогресс естествознания, хотя и губит суеверия, но укрепляет веру. Он утверждал, что "легкие глотки философий толкают порой к атеизму, более же глубокие возвращают к религии".
Влияние философии Бэкона на современное ему естествознание и последующее развитие философии огромно. Его аналитический научный метод исследования явлений природы, разработка концепции необходимости экспериментального изучения природы сыграли свою положительную роль в достижениях естествознания XVI- XVII веков. Логический метод Бэкон дал толчок развитию индуктивной логики. Классификация наук Бэкона положительно воспринята в истории науки и даже положена в основу разделения наук французскими энциклопедистами. Хотя углубление рационалистической методологии в дальнейшем развитии философии снизило после смерти Бэкона его влияние в XVIII в., в последующие века идеи Бэкона приобрели свое новое звучание. Они не потеряли своего значения вплоть до XX в. Некоторые исследователи (например, Дж. Дьюи) даже рассматривают его как предшественника современной интеллектуальной жизни и пророка прагматической концепции истины. (Имеется в виду его высказывание: "Что в действии полезно наиболее, то и в знании наиболее истинно"