Пізнання цього істинного буття, яке він уважав вищою метою філософії, а також пізнання сутностей речей матеріального світу інтелект повинен був здобути від себе самого, позаяк вони були його вмістом, знаходилися у ньому, а онтологічні аналоги цих понять містилися у речах довколишнього світу. Виходячи з цього, Гізель стверджував, що інтелект лише в тому сенсі є чистою дошкою, на якій ще нічого не написано, що він ще не визначився стосовно об'єкта свого пізнання з допомогою інтелігібельних образів. У процесі пізнання пріоритетного значення він надавав не дії зовнішніх об'єктів, а самовизначеності інтелекту щодо цих об'єктів.
У філософських курсах професорів Києво-Могилянської академії об'єкт, з одного боку, виступає як перешкода, що зупиняє спрямовану назовні пізнавальну потенцію і зосереджує на собі її дію. З іншого ж боку, для вибору цього об'єкта необхідна активність, дієвість інтелекту. На думку С. Яворського, інтелект повинен заволодіти об'єктом подібно до того, як рука бере якусь річ. А Прокопович стверджував, що лише ту річ можна вважати об'єктом пізнання, на яку спрямовані пізнавальні зусилля інтелекту 86. Отже, самовизначеність інтелекту відіграє провідну роль у процесі пізнання світу. Якщо ми звернемося до філософського курсу Г. Щербацького, то побачимо, що він також визнавав необхідність чуттєвих даних для пізнання багатьох, за його словами, речей – фізичних, моральних чи політичних. Проте він, як і Декарт 87, не надавав особливої ваги свідченням відчуттів, пов'язуючи з ними радше виникнення помилок. У зв'язку з цим Г. Щербацький ще з більшою мірою критичності, ніж І. Гізель, ставиться до поширеної у схоластиці тези, що в інтелекті немає нічого, чого раніше не було б у відчутті. Вважаючи це твердження хибним, Г. Щербацький був переконаний, що у пізнанні істини треба спиратися на надійнішу основу, ніж свідчення відчуттів. Такою основою є природне світло розуму.
На думку І. Гізеля, досягти ясного й виразного знання природи, а це для Гізеля означало насамперед осягти сутності речей (Бог вважався неосяжним), людський розум спроможний лише завдяки своїй відкритості щодо Бога, зв'язку, що існує між розумом окремої людини і супернатуральним Розумом – Богом. Адже останній, за висловом Гізеля, переповнює інтелект світлом.
Загалом київські вчені розрізняли розум, який мислить поняттями, пов'язаними із сприйняттями, і розум споглядальний, або спекулятивний. Перевагу вони надавали останньому, як і були переконані у перевазі світу умоосяжного над чуттєвим. Цей спекулятивний розум оперує такими поняттями, що є, так би мовити, поняттями про поняття, тобто поняттями, що утворюються внаслідок спрямованості думки не на предмет, а на саму думку, яка осягає цей предмет.
Отже, спекулятивний розум уявлявся саморефлектуючим мисленням. Так, Ф. Прокопович стверджував, що «в нас самих особенная некоторая сила и могущество есть, духовные вещи, которые никакому чувству не подлежат познавати, наипаче, что всего удивительнее, то же самое познание обратным ума действием представляти». Ця рефлексія «самого ума всеглубочайшее о себе самом и действии своем упражнение знаменует, однако же толь нам оно достоверно и известно есть, что ежели бы кто о том похотел сомнитися и требовать доводов… вместо довода прочувственнейшего сам и бытия его будет довольный аргумент» 90. Спекулятивний розум пізнає метафізичні істини, дискурсивний, або розмисел, – логічні істини. Під логічною істинністю могилянці розуміли відповідність логічних операцій об'єктам, світу речей, природі, тим онтологічним аналогам понять людського розуму, що становлять сутності речей. Під метафізичною істинністю вони розуміли відповідність не пізнання об'єктові, а об'єкта буття – пізнанню. Тут йшлося про істинність буття залежно від того, відповідає чи не відповідає воно божественним поняттям й ідеям. «Метафізична істинність… – це відповідність речі своєму зразкові, тобто божественній ідеї» 91, – стверджував Г. Кониський.
Як уже зазначалося, процес осягнення істини в академічних філософських курсах мислився здійснюваним на двох рівнях – на рівні чуттєвого пізнання і на рівні розкриття істини з допомогою Божого осяяння. Без останнього неможливим є передусім метафізичне пізнання.
Важливого значення могилянці надавали методові пізнання. Під методом вони розуміли спосіб знайдення невідомого через відоме. Таким способом дослідження, що застосовується усіма іншими науками, органом, інструментом вони загалом вважали логіку, в якій найбільша увага приділялася силогістичному дедуктивному виводу. Адже їхнє розуміння методу грунтувалося на арістотелівському вченні. Крім цього, як методи дослідження і як способи викладу матеріалу професори Києво-Могилянської академії використовували аналіз і синтез. «Метод або прийом, – стверджував Стефан Калиновський, – буває подвійним… перший прийом від принципів (a principiis), а другий – до принципів (ad principia). Перший – це такий, коли ми досліджуємо якусь річ, починаючи від принципів. Цього методу дотримувався Філософ (Арістотель. – Авт.) у спекулятивних науках, тобто в фізиці, і він називається синтетичним, або конструктивним, позаяк веде від елементів, від окремих частин до цілого. Другий метод аналітичний, або деструктивний, при його застосуванні йдуть від цілого до частини або від наслідку до причини. Цей метод Філософ застосовує в «Етиці», щоб дійти до суті. Він вживається в практичних науках» п. Про ці ж методи йдеться і в Г. Кониського, коли він розмірковує про послідовність і порядок, у яких повинен викладатися матеріал у науці. «Синтетичним порядком, який узгоджується з природним, – говорив він, – відзначаються споглядальні науки, про що свідчить, наприклад, фізика й математика, бо у фізиці починають від першооснов, у математиці – від точки й лінії. Активним же або практичним наукам більше відповідає аналіз.
Що стосується Ф. Прокоповича, то він найвище оцінював математичні методи, які у його час щораз більше проникали у природознавство. Усі ці методи, на переконання професорів Києво-Могилянської академії, повинні були забезпечити здобуття істинного знання, що характеризувалося ними як виразне й очевидне. Так, І. Гізель і С. Яворський вважали, що виразність і очевидність пізнання досягаються через розкриття причин. Очевидність пізнання визначалася як «певна якість і світло пізнання, в якому інтелект так виразно уявляє об'єкт, що жодним способом не може схибити, оскільки є його вираженням». На думку ж Прокоповича, виразність і очевидність притаманні людському пізнанню як природному процесу, в якому безпосереднє сприйняття предмета (через самого себе) спонукає природне світло розуму узгоджувати з ним логічні операції.
Отже, це природне світло розуму осяює інтелект під час дискурсу. Первинним і найважливішим у розкритті істини був, на думку могилянців, момент інтуїтивного осяяння, наповнення чи переповнення інтелекту світлом, що здійснюється у момент зв'язку людського і надприродного розуму і уможливлює для людини осягнення закладеної у ній істини. Таким чином, згадані два пізнавальних потоки, а точніше сказати, три – чуттєвий, дискурсивний та інтуїтивний – поєднуються у процесі пізнання істини, і наслідки останнього коригують результати двох перших. Саме у цьому пункті теорії пізнання, де наголошується на пріоритетному значенні осяяння у розкритті істини, контакту людського мислення і вищого буття, проглядається спадкоємний зв'язок між філософськими орієнтаціями професорів Києво-Могилянської академії та їх духовними попередниками в Україні. Щоправда, діячі братств та Острозького культурно-освітнього осередку йшли до цього осяяння через самопізнання и подолання свого власного «я» та злиття з надособистістю об'єктивного Бога у суб'єктивному його переживанні, а могилянці підходили до осягнення прихованої у людській душі нествореної істини насамперед раціоналістичним дискурсивним шляхом.
У цьому зв'язку необхідно також звернути увагу на розуміння проблеми методу пізнання у філософському курсі Г. Щербацького. Дослідницький інтерес філософії, на переконання Щербацького, спрямований на пізнання насамперед довколишнього світу і людини за умов опертя на людський розум, керований єдиним методом. Цей метод повинен спиратися на самосвідомість, сутність якої виражена у нього картезіанською формулою «мислю, отже існую» (cogito ergo sum) 97. Обґрунтовуючи незаперечну очевидність і вірогідність наведеного судження, Щербацький, як і Декарт, ідеї якого він викладав, спираючись на підручник професора Сорбонни Пурхоція, посилався на полеміку Августина із скептиками, де Августин звертав увагу на неможливість піддати сумніву існування принаймні того, який цей сумнів висловлює 98.
Прийнятність для Г. Щербацького визнати вслід за Декартом це судження вихідним положенням філософії, як і метод пізнання цього філософа, пояснюється насамперед наскрізною для картезіанської концепції пізнання і органічною для української філософської думки ідеєю переваги умоосяжного світу над чуттєвим і згадуваним уже усвідомленням онтологічної значущості внутрішньої людини, що дістало вираз у самосвідомості.
Певний, продуманий шлях або метод, вважав Г. Щербацький, потрібний для того, щоб з його допомогою так організувати наше мислення, щоб не підтвердити нічого напівістинного, щоб будь-що було з'ясоване нами не поспіхом, а ретельно. Проте неможливо опанувати цей метод, застерігав професор академії, якщо наново не взятися до розгляду того, що уявлялося вірогідним. Адже тільки новий і вичерпний аналіз дасть змогу відокремити істинне і певне від хибного й сумнівного.