Церковь решила покончить с «шумящей суетой слов». Св. Бернардом составлено было формальное обвинение А. в ереси, и дело в 1141 представлено было на суд Сансского собора. А. смело предстал перед судьями и требовал диспута, требовал права защиты. Страх перед его острым «мечом диалектики» заставил собор отказать ему в «милости слова». Он осужден был, не будучи выслушан, «как арианин за учение свое о личности Христа, как несторианин за учение о Св. Троице, как пелагианин за учение о благодати». Он покинул собор до произнесения приговора и отправился в Рим апеллировать к папе. На пути он узнал, что папа санкционировал приговор. Это сломило его мужество. Чувствуя невозможность дальнейшей борьбы, он принял предложение давно расположенного к нему аббата Клюни Петра Достопочтенного укрыться на покой в тихую пристань его монастыря. Здесь навсегда умолкла его смелая речь. «Диктуя, пиша, читая», ведя назидательные беседы с братиею, предаваясь суровым подвигам аскетизма, он дожил здесь последние годы. Старческая слабость и потребность примирения с церковью, сыном которой он хотел остаться, вынудили у него в предсмертных писаниях ряд отречений от прежних положений: он признал наследственность Адамова греха, нисхождение на нас спасительной благодати помимо нашей воли, власть священников — даже недостойных — вязать и решать, «доколе церковь их не отвергла», равное могущество трех ипостасей и т. д. Клюнийскому аббату удалось устроить примирение и личное свидание А. с его величайшим противником, Бернардом Клервоским,— свидание, в котором умирающий лев успел покорить страстного монаха блеском своей речи и неугасшим талантом личного очарования. Но полного мира не было в душе А. и в эти последние месяцы его жизни. Его настроение исполнено горечи и разочарования. «Если зависть,— пишет он незадолго до смерти,— всю жизнь становилась на пути моих творений и мешала моим изысканиям, все же дух мой получит свободу. Последний час мой положит конец ненависти, и в моих сочинениях каждый найдет то, что нужно для познания... Всякое знание есть благо, даже знание зла. Творить зло — грех, но знать его — благо; иначе как может Бог быть свободным от зла?» 2 апреля 1142 А. не стало. Посылая, согласно завещанию А., тело его Элоизе, клюнийский аббат писал: «Он был твоим, тот, чье имя вечно будут называть с уважением — Абеляр!..». Через 13 лет, когда гробницу, хранившую его останки, снова открыли, чтобы положить в нее тело Элоизы, А. — так гласит легенда — «открыл объятия, чтобы принять в них супругу». Останки их после многих странствий в 1817 нашли место на парижском кладбище Пер-Лашез. Роман Руссо «Новая Элоиза» оживил популярность старой любовной драмы. Женщины доныне украшают свежими цветами гробницу Абеляра и Элоизы.
Гаусрат так характеризует роль А.: «Он признал право человеческой мысли на разумную догму, и борьба его с мистиками была борьбой за человеческий разум, правду и свободу... Она была для него тем тяжелее, что он стоял в церкви, признавал ее правила и рамки и потому все время был стеснен в пользовании своим оружием и никогда не мог дойти до последних следствий принятых принципов. Поэтому в его науке, как и в его жизни, есть нечто раздвоенное и противоречивое. Дело для него было бы проще — будь он только философом. Но он хотел служить церкви и потому погиб. Болезнь, которой он болел, была научная теология, или церковная наука, которая была для науки слишком связана, а для церкви слишком свободна. Он хотел дать церкви оружие науки, в котором она не нуждалась, и, стремясь примирить интересы знания с требованиями церкви и иерархии, не удовлетворил ни того, ни другого, и менее всего себя самого... Человеческие недостатки, которые он нашел в Писании, должны были бы заставить его отвергнуть Библию как верховный критерий истины, но он признавал ее как таковой. Из античной философии он вынес тенденцию к естественной религии, но желание построить христианскую науку разрушило фундамент его философского мировоззрения» (Hausrath, Peter Abelard, Lpz., 1893; впоследствии вошло в серию: его же, Die Weltverbesserer im Mittelalter, пер. на рус. яз. под заглавием «Средневековые реформаторы», СПб, 1899).