Основними положеннями філософської системи Сковороди є вчення про дві натури та три світи.
З погляду головної проблеми філософії Сковороди, якою є проблема людського щастя, це вчення конкретизує розуміння шляху до досягнення цієї мети.
Вихідним для нього є погляд на світ, що складається з двох натур. «Весь мір, — пише він в діалозі «Наркісс», — состоит из двух натур: одна — видимая, другая — невидима. Видима — называется тварь, а невидима — Бог. Сія невидимая натура, или Бог, всю тварь проницает и содержит, вездъ и всегда был, есть и будет».
В основу такого погляду, започаткованого в античній традиції, зокрема в філософії Платона і розвиненого в християнській філософії, покладено антитетичне розуміння дійсного буття як єдності протилежностей. Ідея про «двонатурність» світу проходить червоною ниткою через всі філософські праці мислителя. У цьому розумінні сенс самопізнання полягає в осягненні істини, згідно з якою все у світі складається з двох протилежних натур: видимої і невидимої, зовнішньої і внутрішньої, тілесної і духовної, тлінної і вічної, обману та істини, тварі та Бога, матерії і форми.
Людина, що пізнала себе, тепер всюди і в собі бачить двоє «мір і мір, тіло и тіло, человека и человека — двое в одном и одно во двоих, нероздълно и неслитно же».
Значення цих двох натур, що наче яблуня і тінь співіснують нерозривно, — не однакове.
Основою всіх речей, їх діяльною і рушійною силою є саме невидима натура — Бог. Бог мислиться як безпочаткове начало світу. Він є вічна глава і таємний закон у тварях. Закон же цей є господньою природою, тобто невидимою натурою, що не підлягає тлінню. Вона в усьому є основою, початком, а сама безпочаткова, не обмежена ні часом, ні місцем, ні статтю, ні йменням. Бог, з погляду Сковороди, являє собою розлитий в універсумі дух, космічний розум, добро і красу.
Поняттям, протилежним за своїм змістом поняттю Бог, виступає видима натура, або тварь. Це — видимість, «внешность», «наружность» речей. Вона — минуща, а тому не може бути істинною.
Вже у першому діалозі «Наркісс» видима натура характеризується як «ничто», «гной», «идол», «хвост», «ад», «пепел», «песок», «плоть», «тень», «пята», «ночь», «смерть», «тлень», «желчь», «тма». Вона й є той зовнішній світ, що оточує людину й утворює зовнішнє, тілесне начало в самій людині. Це світ, який, згідно з епітафією Сковороди, «ловив його, але не впіймав».
Протиставленням двох натур, Сковорода постійно підкреслював їх невід'ємний зв'язок. Невидима натура визначає сутність всього сущого і існує лише у видимій натурі. Натура видима є мовби тінню, що невід'ємно пов'язана з тим, відбиттям чого вона є. І оскільки невидима духовна натура не має обмежень, ані в просторі, ані в часі, остільки вічною є й тінь її — матерія.
Існуючи в одному сутому, невидима і видима натури перебувають у постійній взаємній боротьбі. Тіло воює з духом, дух — з тілом.
Антитечним є не лише співвідношення видимої й невидимої натури, а й природа кожної з них зокрема. Зазначене яскраво виявляється у специфіці потрактування Бога. З одного боку, Сковорода у пантеїстичному дусі називає Бога природою, переносить його з неба у світ речей. З іншого ж, він не менш рішуче розмежовує духовне, божествене начало і тілесне. Таке одночасне злиття і відмежування Бога і природи, притаманне філософському баченню Сковороди, дає змогу характеризувати його вчення як іманентний трансценденталізм. Бог, невидима натура, за Сковородою, іманентний природі, речам, всьому сущому і разом з цим не переходить в них, не зливається з ними, залишається в них чимсь, що «завесою сокровенное и дверью затворенное». Щоб досягнути його, необхідно перейти межу, яка виокремлює невидиму натуру від натури видимої.
Вчення про дві натури органічно пов'язане з наступним основоположним для філософії Сковороди вченням про три світи.
Все існуюче, на думку Сковороди, розподіляється на три специфічні види буття («світи») великий (макрокосм), І малий (мікрокосм) і символічний (Біблія).
Вчення це також спирається на давню традицію, що бере свій початок в обгрунтованій античними мислителями ідеї про єдність людини з всесвітньо - космічною субстанцією, згідно з якою людина розглядалась як малий світ, мікрокосм, що відбиває в собі, у менш досконалій формі, всі особливості, притаманні макрокосму.
Погляд на людину — мікрокосм, що є невід'ємною частиною макрокосму, активно розробляється за доби Відродження (М. Кузанський, Д. Бруно та ін.). Аналогічні ідеї, як вже зазначалося, обґрунтовувались у Києво-Могилянській академії. Симеон Полоцький, крім микрокосму та макрокосму, виокремлює і третій світ — світ першообразний (Бог).
На відміну від своїх попередників, Сковорода в окремий світ виокремлює Біблію як сутнісний вияв надприродної реальності, що утворює символічний світ, через який можливим є осягнення невидимої натури (Бога).
Поясненню великого світу порівняно до інших двох світів Сковорода приділяє менше уваги. Й це зрозуміло. Адже в центрі його філософії — проблема людини (мікрокосму), що розглядається у процесі переображення її на шляху до пізнання Бога.
Великий світ — це весь світ речей, Всесвіт. Він нескінченний і безмежний, він складається з безконечної кількості світів. Слідом за античними мислителями, Сковорода вказує, що субстрат тілесного світу утворюють чотири елементи — вогонь, повітря, вода і земля. Великий світ Сковорода називає старим світом, бо його давно й усі знають. На відміну від нього новий світ відкривається лише тим, хто за видимим бачить невидиме. У цьому розумінні старий світ є тінь нового світу. Новий світ — вічний і незмінний, натомість старий світ — мінливий, перебуває в постійному русі. Отже, макрокосм є антиномічним за своєю будовою і складається із видимого і невидимого, старого і нового світів.
Концепція двох натур, що зумовлює антиномічне бачення великого світу, поширюється й на розуміння Сковородою мікрокосму. Не лише у великому світі, а й в малому світі, в людині є два єства, стверджує він: тіло земляне і тіло духовне, таємне, приховане, вічне. Не заперечуючи реальності тілесного в людині, Сковорода рішуче підкреслює, що справжньою людина не зможе стати доти, доки не збагне, що «кров і плоть є ніщо», а істинну людину утворює невидиме, духовне її начало. Суть невидимого начала утворює серце. З огляду на це Г.С. Сковорода осмислює проблему смерті й безсмертя. В поемі «Про святу вечерю, або вічність» він пояснює, що сутністю всього є невидиме. Смерть дає можливість бути невидимими, а тому її не слід боятись. Зникає лише видиме тіло. Внутрішній, духовний світ залишається навіки.
Людина, мікрокосм для Г.С.Сковороди це центр, в якому сходяться і набувають свого значення усі символи макрокосму і Біблії. Вчення про малий світ, або людину, є стрижнем усієї філософської системи Г.С. Сковороди. Великий світ є першим лише у логічному плані. Історично ж концепція великого і символічного світу складається у творчості Сковороди на основі розуміння ним сутності людини. Причому, на відміну від домінуючої в тогочасній західноєвропейській думці тенденції до осягнення сутності людини через пізнання природи, Г.С. Сковорода прагне насамперед з'ясувати сутність людини з середини її.
Великий же світ філософ розглядає лише тією мірою, якою він дає змогу зрозуміти проблему людини, її щастя, до пошуків якого спрямовано основний зміст філософії Г.С.Сковороди. Процес самопізнання, спрямований на осягнення невидимої натури в людині, є, посуті, прагненням осягнути в собі Бога. Отже, самопізнання є разом з цим і пізнанням Бога. З цим пов'язане вчення Г.С. Сковороди про третій світ — світ символів, або Біблію.
Світ символів, відповідно до вчення Г.С. Сковороди, забезпечує людині можливість осягнення Бога. Через цей світ Бог являється людині. Особливу роль у цьому сенсі Сковорода відводить Біблії, спираючись при цьому на вельми тривалу традицію символічного тлумачення її, започаткованого ще в Александрійській школі, зокрема у творах Філона. Спираючись на сформульоване Сковородою вчення про дві натури, останній обстоює погляд на Біблію як особливий світ символів, для осягнення якого треба вміти побачити за словесним знаком, який має тілесну, матеріальну природу, втаємничений духовний, невидимий зміст. Основним символом у Біблії, на думку Сковороди, виступає Сонце, що символізує вічну натуру, або Бога. Його копії, або «віцефігури» — це ті, що заступають головну. Ними є темниця і Йосиф, коробочка і Мойсей, рів і Даниїл. Мета кожного символу Біблії полягає в тому, щоб вести розум людини до пізнання начала, невидимості. Справжній, прихований зміст Біблії Г.С. Сковорода відрізняє від буквального, який є «вздором нотаріальним». Лише перед тим, хто спрямовується до осягнення прихованого змісту, «фігуральна завіса» спадає і перед ним відкривається вічність, начало.
Завдяки третьому символічному світові невидимий світ перетворюється на видимий і стає досяжним для сприйняття.
Вчення про дві натури та три світи не є самодостатнім у філософії Г.С.Сковороди.
Основним об'єктом уваги мислителя є духовний світ людини, з'ясування умов, за яких стає можливим досягнення правди і справедливості, щастя і волі.
Це зумовлює, згідно з давньою традицією, що склалась ще на початку історії філософської думки в Україні, етизацію його вчення. Проблеми етики не лише посідають чільне місце в колі питань, що розробляються Г.С. Сковородою. Вони надають виразного етико-гуманістичного спрямування всій філософії Г.С. Сковороди. Вчення Г.С. Сковороди спрямоване на інтенсифікацію внутрішнього життя людини, яка не має опори в навколишній дійсності.
Тому шлях до щастя пролягає, на його думку, через моральне вдосконалення людини. Цим зумовлюється підкреслений персоналізм, притаманний філософії Г.С.Сковороди, в центрі якої жива людська особистість і динамізм, завдяки якому буття особистості змальовується як безперестанне творіння людиною себе.