Декарт же, розбудовуючи свою філософську систему, поклав у її підґрунтя "не просто принцип мислення як об'єктивного процесу, яким був античний Логос, а саме такий процес мислення, який суб'єктивно переживається і усвідомлюється і який неможливо відокремити від суб'єкта мислення..." и. Водночас відоме картезіанське судження "cogito, ergo sum" ("мислю, отже, існую") веде свій початок від Августина, на якого посилається також могилянський картезіанець Г. Щербацький, обґрунтовуючи у своєму філософському курсі цю тезу Декарта. Тут простежується спільність у середньовічному як західному, так і українському розумінні онтологічної значущості "внутрішньої людини", що набула відображення у самосвідомості. Імпонувала могилянцям у вченні Декарта його переконаність у відкритості людської свідомості щодо Бога, його положення про те, що запорукою об'єктивної значущості людського мислення є Божа всемогутність та її суб'єктивний корелят — принцип очевидності и.
Отже, незважаючи на цей свідомий чи неусвідомлений зв'язок з традицією, висновки, зроблені з її переосмислення, засвідчили появу або абсолютно нової філософії (у Декарта), або становлення засад раціоналістичної філософії в межах збереженого схоластичного викладу в інтелектуальному середовищі Києво-Могилянської академії. Адже апеляція до самосвідомості демонструвала прагнення тогочасної української філософії до набуття автономії, а обґрунтовуваний нею принцип очевидності як найвагоміший критерій істинного знання відсував у кращому випадку на задній план таке традиційно безсумнівне джерело істини, як переказ і об'явлення. Водночас принцип очевидності було покладено в основу нового і єдиного методу, який, на думку філософів-могилянців, забезпечував людині можливості здобути істинне знання, проникнути в таємниці природи і зрештою посилити її здатність впливати на природу.
Творче переосмислення ідей Декарта філософами Києво-Могилянської академії істотно змінювало створену бароковою схоластикою картину світу. Зокрема, Г. Щербацький у філософському курсі докладно подав картезіанську гіпотезу еволюції світу від хаосу до космосу, здійснюваної завдяки вихровому рухові. Докорінно змінилося розуміння матерії. Хоча остання ще поділялася, як раніше, на першу і другу, проте вже не тіло, що складається з матерії і форми, а саме матерія визначалася як субстанція і ототожнювалася з тілом. Першо-матерія розумілася як нечуттєве тіло, на кшталт трьох елементів Декарта, а другою матерією вважалося саме чуттєве тіло. Водночас матерія характеризувалася як протяжна, щільна, непроникна й однорідна субстанція. Імпонував могилянцям XVIII ст. і континуальний характер фізики Декарта. Телеологічне витлумачення різноманітних видів природних рухів змінилося розумінням руху як механічного переміщення.
Однак основним і найважливішим здобутком розроблюваних філософією Києво-Могилянської академії ранньопросвітницьких ідей було формування нового розуміння людини. Покладаючись до певної міри на Божественне провидіння, людина раннього Просвітництва збагнула, що, керуючись принципами власного розуму і з допомогою істинного методу, вона зможе не лише осягнути таємниці природи, а й свідомо впливати на неї, не тільки підпорядковувати собі природу, а й контролювати суспільний розвиток.