На думку Г.С. Сковороди, серце є осереддям людського у людині, воно є органом самопізнання і тією силою, що проводить людину шляхом самовдосконалення.
Зазначені вихідні принципи філософії Сковороди визначають характер розробки ним онтологічних, гносеологічних та етичних проблем, що становлять зміст його вчення.
Основними положеннями філософської системи Сковороди є вчення про дві натури та три світи.
З погляду головної проблеми філософії Сковороди, якою є проблема людського щастя, це вчення конкретизує розуміння шляху до досягнення цієї мети.
Вихідним для нього є погляд на світ, що складається з двох натур. «Весь мір, — пише він в діалозі «Наркісс», — состоит из двух натур: одна — видимая, другая — невидима. Видима — называется тварь, а невидима — Бог. Сія невидимая натура, или Бог, всю тварь проницает и содержит, вездъ и всегда был, есть и будет».[4‚ 334]
В основу такого погляду, започаткованого в античній традиції, зокрема в філософії Платона і розвиненого в християнській філософії, покладено антитетичне розуміння дійсного буття як єдності протилежностей. Ідея про «двонатурність» світу проходить червоною ниткою через всі філософські праці мислителя. У цьому розумінні сенс самопізнання полягає в осягненні істини, згідно з якою все у світі складається з двох протилежних натур: видимої і невидимої, зовнішньої і внутрішньої, тілесної і духовної, тлінної і вічної, обману та істини, тварі та Бога, матерії і форми.
Людина, що пізнала себе, тепер всюди і в собі бачить двоє «мір і мір, тіло и тіло, человека и человека — двое в одном и одно во двоих, нероздълно и неслитно же».
Значення цих двох натур, що наче яблуня і тінь співіснують нерозривно, — не однакове.
Основою всіх речей, їх діяльною і рушійною силою є саме невидима натура — Бог. Бог мислиться як безпочаткове начало світу. Він є вічна глава і таємний закон у тварях. Закон же цей є господньою природою, тобто невидимою натурою, що не підлягає тлінню. Вона в усьому є основою, початком, а сама безпочаткова, не обмежена ні часом, ні місцем, ні статтю, ні йменням. Бог, з погляду Сковороди, являє собою розлитий в універсумі дух, космічний розум, добро і красу.
Поняттям, протилежним за своїм змістом поняттю Бог, виступає видима натура, або тварь. Це — видимість, «внешность», «наружность» речей. Вона — минуща, а тому не може бути істинною.
Вже у першому діалозі «Наркісс» видима натура характеризується як «ничто», «гной», «идол», «хвост», «ад», «пепел», «песок», «плоть», «тень», «пята», «ночь», «смерть», «тлень», «желчь», «тма». Вона й є той зовнішній світ, що оточує людину й утворює зовнішнє, тілесне начало в самій людині. Це світ, який, згідно з епітафією Сковороди, «ловив його, але не впіймав».[4]
Протиставленням двох натур, Сковорода постійно підкреслював їх невід'ємний зв'язок. Невидима натура визначає сутність всього сущого і існує лише у видимій натурі. Натура видима є мовби тінню, що невід'ємно пов'язана з тим, відбиттям чого вона є. І оскільки невидима духовна натура не має обмежень, ані в просторі, ані в часі, остільки вічною є й тінь її — матерія.
Існуючи в одному сутому, невидима і видима натури перебувають у постійній взаємній боротьбі. Тіло воює з духом, дух — з тілом.
Антитечним є не лише співвідношення видимої й невидимої натури, а й природа кожної з них зокрема. Зазначене яскраво виявляється у специфіці потрактування Бога. З одного боку, Сковорода у пантеїстичному дусі називає Бога природою, переносить його з неба у світ речей. З іншого ж, він не менш рішуче розмежовує духовне, божествене начало і тілесне. Таке одночасне злиття і відмежування Бога і природи, притаманне філософському баченню Сковороди, дає змогу характеризувати його вчення як іманентний трансценденталізм. Бог, невидима натура, за Сковородою, іманентний природі, речам, всьому сущому і разом з цим не переходить в них, не зливається з ними, залишається в них чимсь, що «завесою сокровенное и дверью затворенное». Щоб досягнути його, необхідно перейти межу, яка виокремлює невидиму натуру від натури видимої.
Вчення про дві натури органічно пов'язане з наступним основоположним для філософії Сковороди вченням про три світи.
Все існуюче, на думку Сковороди, розподіляється на три специфічні види буття («світи») великий (макрокосм), І малий (мікрокосм) і символічний (Біблія).
Вчення це також спирається на давню традицію, що бере свій початок в обгрунтованій античними мислителями ідеї про єдність людини з всесвітньо - космічною субстанцією, згідно з якою людина розглядалась як малий світ, мікрокосм, що відбиває в собі, у менш досконалій формі, всі особливості, притаманні макрокосму.
Погляд на людину — мікрокосм, що є невід'ємною частиною макрокосму, активно розробляється за доби Відродження (М. Кузанський, Д. Бруно та ін.). Аналогічні ідеї, як вже зазначалося, обґрунтовувались у Києво-Могилянській академії. Симеон Полоцький, крім микрокосму та макрокосму, виокремлює і третій світ — світ першообразний (Бог).
На відміну від своїх попередників, Сковорода в окремий світ виокремлює Біблію як сутнісний вияв надприродної реальності, що утворює символічний світ, через який можливим є осягнення невидимої натури (Бога).
Поясненню великого світу порівняно до інших двох світів Сковорода приділяє менше уваги. Й це зрозуміло. Адже в центрі його філософії — проблема людини (мікрокосму), що розглядається у процесі переображення її на шляху до пізнання Бога.
Великий світ — це весь світ речей, Всесвіт. Він нескінченний і безмежний, він складається з безконечної кількості світів. Слідом за античними мислителями, Сковорода вказує, що субстрат тілесного світу утворюють чотири елементи — вогонь, повітря, вода і земля. Великий світ Сковорода називає старим світом, бо його давно й усі знають. На відміну від нього новий світ відкривається лише тим, хто за видимим бачить невидиме. У цьому розумінні старий світ є тінь нового світу. Новий світ — вічний і незмінний, натомість старий світ — мінливий, перебуває в постійному русі. Отже, макрокосм є антиномічним за своєю будовою і складається із видимого і невидимого, старого і нового світів.
Концепція двох натур, що зумовлює антиномічне бачення великого світу, поширюється й на розуміння Сковородою мікрокосму. Не лише у великому світі, а й в малому світі, в людині є два єства, стверджує він: тіло земляне і тіло духовне, таємне, приховане, вічне. Не заперечуючи реальності тілесного в людині, Сковорода рішуче підкреслює, що справжньою людина не зможе стати доти, доки не збагне, що «кров і плоть є ніщо», а істинну людину утворює невидиме, духовне її начало. Суть невидимого начала утворює серце. З огляду на це Г.С. Сковорода осмислює проблему смерті й безсмертя. В поемі «Про святу вечерю, або вічність» він пояснює, що сутністю всього є невидиме. Смерть дає можливість бути невидимими, а тому її не слід боятись. Зникає лише видиме тіло. Внутрішній, духовний світ залишається навіки. [3‚ 158]
Людина, мікрокосм для Г.С.Сковороди це центр, в якому сходяться і набувають свого значення усі символи макрокосму і Біблії. Вчення про малий світ, або людину, є стрижнем усієї філософської системи Г.С. Сковороди. Великий світ є першим лише у логічному плані. Історично ж концепція великого і символічного світу складається у творчості Сковороди на основі розуміння ним сутності людини. Причому, на відміну від домінуючої в тогочасній західноєвропейській думці тенденції до осягнення сутності людини через пізнання природи, Г.С. Сковорода прагне насамперед з'ясувати сутність людини з середини її.
Великий же світ філософ розглядає лише тією мірою, якою він дає змогу зрозуміти проблему людини, її щастя, до пошуків якого спрямовано основний зміст філософії Г.С.Сковороди. Процес самопізнання, спрямований на осягнення невидимої натури в людині, є, по суті, прагненням осягнути в собі Бога. Отже, самопізнання є разом з цим і пізнанням Бога. З цим пов'язане вчення Г.С. Сковороди про третій світ — світ символів, або Біблію.
Завдяки третьому символічному світові невидимий світ перетворюється на видимий і стає досяжним для сприйняття.
Принцип цей, насамперед, передбачає виокремлення його від принципу пізнання, що реалізується у процесі наукового дослідження навколишнього світу. Сковородинське самопізнання, по-перше, принципово різниться об'єктом, на осягнення якого воно спрямоване. Якщо науковий дослід спрямовується на здобуття істини про оточуючу людину дійсність, то самопізнання звернене всередину самої людини й прямує до осягнення Бога в ній. Зрештою, відображенням Бога є й світ навколишньої дійсності, який являє собою ніщо інше, як тінь його. Отже, наукове пізнання світу має сенс, з огляду на кінцеву мету — осягнення людиною Бога, хіба що тим, що воно дає змогу побачити у світі відбиття вищої реальності, пізнати яку законами науки, втім, неможливо. Шкідливим, на думку Г.С. Сковороди, є не наукове пізнання світу як таке, а обмеження пізнавальної діяльності лише цим. [15‚ 198]
Але шлях самопізнання відрізняється від пізнання світу не лише об'єктом. Істотно, що мета самопізнання, з погляду Сковороди, взагалі не може бути реалізована як інтелектуальний акт, вона втрачає гносеологічний характер. Надприродна реальність пізнається тільки в переживанні, а тому самопізнання є насамперед життєвий процес, що концентрує в людині енергію саморозвитку. Тому органом цього процесу є серце, а пізнання людиною себе є акт любові. Діалог Г.Сковороди «Наркісс», присвячений проблемі самопізнання, є розповідь про історію кохання. У міфі про закоханого в себе Нарциса Г.С. Сковорода вбачає найбільш адекватний символ, що передає ідею самопізнання: «Пізнай самого себе!» Самопізнання — справа серця. Серце як сукупність почуттів, бажань, прагнення, Г.С. Сковорода розглядає як духовну субстанцію, що є основою людського буття і джерелом життєдіяльності людини. Оскільки духовну субстанцію і джерело діяльності утворює в людині Бог, Г.Сковорода часто ототожнює серце з Богом або Словом Божим. Це утворює метафізичний аспект розуміння серця.