У Декарта субстанції бувають двох видів – духовні і матеріальні. Головним визначенням духовної субстанції є її неподільність, основною ознакою ж матеріальної – подільність до нескінченності. Таким чином Декарт виявляє античне розуміння духовного та матеріального начал. Субстанції визначаються через протилежність: розум – як неподільна, виявляється предметом метафізики, тіло – предметом фізики, тобто механіки. Для того, аби послідовно провести цей поділ всього сутнього на дві субстанції, Декарту було потрібно відсторонитись від тієї реальності, яка давала можливість подолання розриву між розумом і тілом – душу. Адже і в античності, і в середньовіччі (томісти), душа виступала як "середня ланка" між духом і плоттю. При цьому душі надавались такі здібності, як уява, почуття, прагнення (бажання), які властиві і людині, і тварині.
Основні атрибути субстанцій – це мислення і протяжність, усе інше – це атрибути цих двох особливостей:
1. Від мислення - модуси уяви, почуття, бажання. Цим самим підкреслюється, що немає потреби дозволяти в людській істоті жодних субстанцій, окрім розуму і тіла.
2. Від протяжності – модуси фігури, розміщення і руху.
Нематеріальна субстанція має в собі ідеї, які властиві їй першопочатково (a priori), а не набуті в результаті досвіду (a posteriori). До таких вроджених ідей Декарт відносить ідею Бога, як сутності все створеного, потім – ідею числе і фігур, а також деякі загальні поняття, наприклад, аксіоми (типу, "якщо до рівних величин додати рівні, то отримані наслідки будуть рівні між собою", або "із нічого нічого не відбувається"). Ці ідеї і істини розглядаються Декартом як втілення природного світла розуму.
Щодо характеру, способу формування, існування, джерел цих вроджених ідей суперечки тривали не лише в рефлексіях вченого, це була проблема, поставлена самою епохою. Вроджені ідеї розглядались раціоналістами XVII ст. в якості умови можливості всезагального і необхідного знання, тобто науки і наукової філософії.
Що ж стосується матеріальної субстанції, головним атрибутом якої є протяжність, то її Декарт ототожнює з природою, і через це наголошує на тому, що усе в природі підпорядковується виключно механічним законам, які можуть бути відкриті за допомогою математичної науки – механіки. У природи відсутнє поняття цілі (Аристотель), поняття душі і життя (властиві епосі Ренесансу). Так формувалась механістична картина світу, яка була основою природознавства і філософії аж до початку ХІХ ст. Декарт виявився одним із творців класичної механіки. Ототожнивши природу з протяжністю, він створив теоретичний фундамент для тих ідеалізацій, якими користувався Галілей, не зумівши сам пояснити, як можна застосовувати математику для вивчення природних явищ. До Декарта ніхто не наважувався ототожнювати природу з протяжністю, тобто з чистою кількістю. Не випадково, саме Декарт створив у найбільш чистому виді уявлення про природу як про гігантську механічну систему, яка приводиться до руху деяким поштовхом Бога.
Основним положенням натурфілософії Декарта є ототожнення матерії і простору. Таке ототожнення є принципово новим і важливим для подальшого розвитку науки. Простір відрізняється від тілесної субстанції лише в нашому мисленні. Насправді субстанція заключна в простір. Протяжність в довжину, ширину і глибину, яке створює простір, складає і тіло. Весь простір Декарт вважає нескінченним (космос), тому він легко відкидає аристотелівське поняття місця. Воно у вченого лише умовність, через розміщення по відношенню до інших тіл. Аби визначити це положення, необхідно помітити деякі інші тіла, які вважаються непорушними; але відносність цієї характеристики [непорушності] у незамкнутій системі не дозволить зробити абсолютний замір. Це є підтвердженням умовності поняття місця.
Дуже важливу роль відіграє поняття, яке серйозно виявилося в науці саме завдяки Декарту, це поняття функції, точніше функціональної залежності. Це поняття він вперше ставить в центр тієї математики, яку він сам розробляв. Такий крок відіграв надзвичайно важливу роль не лише у створенні нової науки (математики-філософії), але і у формуванні само мого нового поняття науки. Саме з цього кроку розпочинається розвиток уявлень усіх вчених про те, що наука є не просто пізнанням вічного і незмінного (як у математиці античних філософів), але швидше осягненням і розумінням законів руху і зміни, яка повинна встановити закономірні зв’язки елементів рухомого (мінливого) об’єкта. Справді, вводячи уявлення про одночасну зміну двох величин, з яких одна є функцією іншої (функціональна залежність), Декарт описував принцип руху у математиці. Це знову ж таки сприяло зближенню математики і механіки.
Таке природне поєднання фізики як науки про рух з математикою дозволило розпочати експериментально-математичні дослідження у природничих науках того часу. Це сприяло перегляду усіх передумов і принципів античної математики, перш за все через внесення у неї поняття руху (в часи античності це поняття розглядалось, але виключно у світоглядних, а не математичних роздумах), а також принципів фізики попередніх часів, що включало у себе звільнення її від аксіоми, що сфера реального, природного буття принципово відрізняється від сфери буття ідеального, тобто тим, чим займається математика.
Отже, зміна цих старих наук відбувалась через внесення у них нових понять та принципів (у математику – принцип руху, у природу – відхід від ідеального, від понять душі і життя. Такі принципи укладають основу нової науки Декарта.
Нову науку Декарт, як уже зазначалось, порівнює з деревом. Коренем цього дерева є метафізика, стовбуром – фізика, а плодоносні гілки утворюють конкретні науки: етика, медицина і механіка, які приносять безпосередню користь. З такої схеми видно, що необхідністю для ефективної діяльності усіх наук є вірна метафізика.
Побудована метафізика, будучи органічно поєднаною з методом Декарта, організовує давню суперечку першоджерела. Уявлення про субстанції у Декарта цілісно пов’язані з його вченням про самосвідомість і мислення. "З того, що лише кожна людина усвідомлює, що мислить, і може ментально виключити із себе чи із своєї душі будь-яку іншу субстанцію, як мислячу, так і протяжну, ми можемо зробити висновок, що кожен із нас, якщо нас розглядати таким чином, реально відрізняється від будь-якої іншої мислячої субстанції" (Декарт). В акті мислення, таким чином, кожному мислячому безпосередньо надана його субстанція – субстанція мисляча, яка виключає будь-яку протяжну субстанцію, в тому числі і саме тіло мислячого. Таке положення принципове для Декарта: протиставлення мислячої і протяжної, конкретніше, духовної і матеріальної реалізується у дуалізм через уже згадане метафізичне коло.
Дуалізм Декарта дозволяє оминути суперечності щодо первинності будь-якої субстанції (матерії чи духу), принаймні тому, що така проблема просто ігнорується. Вони існують паралельно, хоча і взаємопов’язані. Це дало можливість філософу створити матеріалістичну фізику, як вчення про протяжну субстанцію, і ідеалістичну психологію як вчення про субстанцію мислячу. Пов’язуючою їх ланкою Декарт ставить Бога, який вносить в природу рух і забезпечує інваріантність (незмінність) усіх її законів. Якщо ж духовне начало повністю виноситься за межі природи, остання перетворюється в простий механізм, об’єкт для людського розуму, саме такою вона постала у Декарта, який послідовно втілював в життя принципи механіцизму.
Цікавою є особливість природи Бога. Разом із іншими представниками епохи Ренесансної натурфілософії він наближався до розуміння природи в некреаціоністичному світлі, Бог був певним поза природнім Богом, ідея Бога, хоча і існувала, але це було давнє уявлення про безособове біоморфне начало, яке діяло з глибин природи, по відношенню до якої воно виступало як деякий вселенський принцип єдності. Таке розуміння Бога в європейській філософії згодом стало позначатись як пантеїстичне.
4. ДОСЛІДЖЕННЯ ТІЛА І ДУШІ
Багато часу Декартом наділялось вивченню законів функціонування тваринних організмів. В силу розподілу реальності на субстанцію матеріальну і духовну, які існують паралельно, тварини він вважав тонкими машинами, здатними самостійно адаптовуватись до оточуючого середовища і адекватно реагувати на зовнішні впливи. Це було пов’язано з тим, що тварини не мали у собі духовного. Звідси Декарт вперше підійшов до поняття "рефлекс", виразивши його у вигляді схеми "стимул – реакція". Вплив передається у мозок, який є резервуаром "тваринних духів", найдрібніших частин, які, потрапляючи в м’язи через пори, відкриваються через відхилення мозкової "шишковидної залози" (місце для душі) дозволяють скорочуватись необхідним м’язам. Рухи тіла складають послідовність таких скорочень. Ототожнення тварин з машинами "жодним чином не видасться дивним тим, хто знає, скільки різних автоматів, чи саморухомих машин, може створити людське мистецтво, користуючись при цьому небагатьма частинами, у порівнянні з множиною кісток, м’язів, нервів, артерій, вен і усіх інших частин, які можна спостерігати в тілі кожної тварини" [Декарт Р. Рассуждение о методе, чтобы верно направлять свой разум и отыскивать истину в науках// Сочинения: В 2 т. – Т.1. – М., 1989. С.250-296 - с. 282]
Розгляд людини у Декарта також був механістичним. Це зокрема було пояснено вимогами нового передбуржуазного суспільства. Не дивно, що людина у Декарта була схожа на "машину". Саме мануфактурне виробництво розглядало людей, як органи деякого виробничого механізму, де кожен "гвинтик" - людська плоть, а функції робітника визначаються тією "точкою", яку він займає в механізмі: функціональна точка. Зв’язок функцій "часткових робітників" -"деталей" потенційної машини – відділяється від них самих і у вигляді плану, алгоритму виробництва.