Объектом налогообложения по налогу на прибыль бюджетных учреждений, как и других организаций, является прибыль, определяемая как полученный доход, уменьшенный на величину произведенных расходов, под которыми понимаются обоснованные и документально подтвержденные затраты. При этом из полученного дохода исключаются доходы, не учитываемые при определении налоговой базы. Перечень этих доходов закрытый, что обусловливает невозможность исключения из налоговой базы доходов, не предусмотренных в этом перечне. Применительно к бюджетным учреждениям к доходам, не учитываемым при определении налоговой базы, относятся, прежде всего, средства целевого финансирования (пп. 14 п. 1 ст. 251 НК РФ), которые трактуются как имущество, полученное налогоплательщиком и использованное им по назначению, определенному организацией (физическим лицом) - источником целевого финансирования. К средствам целевого финансирования бюджетных учреждений относятся главным образом средства бюджетов всех уровней, государственных внебюджетных фондов, выделяемых бюджетным учреждениям по смете доходов и расходов. При этом в Методических рекомендациях по применению гл. 25 "Налог на прибыль организаций" части второй НК РФ, утвержденных Приказом МНС России от 26.02.2002 N БГ-3-02/98, разъясняется, что средства, полученные из бюджета и внебюджетных фондов, направляются бюджетными учреждениями на финансирование расходов по ведению их уставной деятельности. Таким образом, бюджетные средства исключаются из налоговой базы только при условии выделения их по смете доходов и расходов на осуществление уставной деятельности.
Жесткое соблюдение этого требования приводит в ряде случаев к включению бюджетных средств в объект налогообложения, например, при финансировании бюджетного учреждения из бюджетов разных уровней. Действующее бюджетное и гражданское законодательство предполагает, что учредителем бюджетного учреждения может быть только один орган государственной власти или орган местного самоуправления и финансироваться оно должно только из одного бюджета. Однако на практике применяется многоканальное финансирование из бюджетов разных уровней. Например, образовательные учреждения, финансируемые из бюджетов субъектов РФ или местных бюджетов, могут получать дополнительно бюджетные средства из федерального бюджета через механизм финансовой помощи. При этом в соответствии с порядком, установленным Министерством финансов РФ, учреждению в зависимости от подчиненности открывается только один бюджетный счет, на который поступают средства того бюджета, за счет которого учредитель финансирует уставную деятельность учреждения, а средства бюджетов других уровней бюджетной системы поступают на внебюджетный счет. Соответственно средства бюджетов других уровней отражаются не в бюджетной смете, а в смете доходов и расходов по внебюджетным средствам. Это зачастую приводит к трактовке налоговыми органами сумм, поступивших на внебюджетный счет, как средств, не являющихся целевым финансированием, и включению их в налогооблагаемый доход.
Другим примером возможности включения бюджетных средств в облагаемый доход является возмещение соответствующим бюджетом затрат учреждений здравоохранения на оказание платных услуг по зубопротезированию определенным категориям населения (инвалидам и участникам Великой Отечественной войны и др.). Выделяемые из бюджета средства трактуются налоговыми органами как средства, поступившие при выполнении договора по возмездному оказанию услуг, одним из участников которого является орган государственной власти соответствующего уровня или орган местного самоуправления, оплачивающий эти услуги. Подобный подход в будущем может быть применим и к образовательным учреждениям, при их возможной реорганизации из бюджетного учреждения в новую организационно-правовую форму - специализированную государственную или муниципальную некоммерческую организацию (СГМНО). Такая реорганизация предусмотрена разработанными Министерством финансов РФ и одобренными Правительством РФ Принципами реструктуризации бюджетного сектора в Российской Федерации в 2003 - 2004 гг. и на период до 2006 г. В соответствии с этим документом финансирование СГМНО будет осуществляться не на основе сметы доходов и расходов, а путем оплаты установленного учредителем задания на предоставление государственных или муниципальных услуг. Переход на новую организационно-правовую форму потребует внесения изменений в налоговое законодательство, дополняющих перечень средств целевого финансирования в части бюджетных средств, поступающих не на содержание по смете доходов и расходов, а на оплату заданий по предоставлению услуг, устанавливаемых собственником СГМНО. В противном случае в контексте действующих положений гл. 25 НК РФ бюджетные средства в виде оплаты услуг государства будут включены в налоговую базу.
Помимо бюджетных средств в состав доходов, исключаемых из налоговой базы образовательных учреждений, включаются гранты, а также средства, полученные в рамках благотворительной деятельности. Возможность использования грантов для оптимизации налогооблагаемой прибыли бюджетными учреждениями крайне неопределенно прописана в налоговом законодательстве. Ни в тексте закона, ни в Методических рекомендациях по применению гл. 25, утвержденных Приказом МНС России от 26.02.2002 N БГ-3-02/98, не содержится ни определения гранта, ни положения о том, кто может быть грантодателем (российские или иностранные организации либо граждане), обязательно ли представление отчета получателя гранта перед грантодателем. Законодательством определено только понятие благотворительного гранта (ст. 15 Федерального закона от 11.08.95 N 135-ФЗ "О благотворительной деятельности и благотворительных организациях", далее - Закон N 135-ФЗ), который трактуется как благотворительные пожертвования, носящие целевой характер и предоставляемые в денежной или натуральной форме гражданами и юридическими лицами (не обязательно иностранными). Отсутствие однозначной трактовки гранта означает необходимость внесения изменений в налоговое законодательство, предусматривающих четкое, исключающее двойное толкование, определение гранта, условий его предоставления и составления отчета об использовании гранта.
Налоговое законодательство разрешает исключать из налоговой базы также средства, полученные в рамках благотворительной деятельности. При этом понятие "благотворительная деятельность" может использоваться в значении, содержащемся в ст. 1 Закона N 135-ФЗ. Под благотворительной деятельностью понимается добровольная деятельность граждан и юридических лиц по бескорыстной (безвозмездной или на льготных условиях) передаче гражданам или юридическим лицам имущества, в том числе денежных средств, бескорыстному выполнению работ, предоставлению услуг, оказанию иной поддержки. При этом необходимо отметить, что понятия "спонсорская помощь" или "спонсорские средства" не содержатся в законодательстве и средства, фигурирующие в банковских документах под этими названиями, не принимаются налоговыми органами как средства, исключаемые из налоговой базы. Деятельность образовательных учреждений соответствует целям, определенным п. 1 ст. 2 Закона N 135-ФЗ как содействие деятельности в сфере образования, поэтому применение данной статьи не вызывает трудностей и позволяет привлечь средства других организаций для развития образовательного процесса. Решению этой же задачи способствует и исключение из налоговой базы безвозмездно полученного государственными и муниципальными образовательными учреждениями, а также негосударственными образовательными учреждениями, имеющими лицензии на право ведения образовательной деятельности, оборудования, используемого исключительно в образовательных целях.
При разработке положений законодательства по налогу на прибыль сделана попытка уйти от понятия "себестоимость продукции (работ, услуг)", содержавшегося в прежнем законодательстве, поскольку оно противоречило нормам международного налогового права. Основным методологическим принципом налогообложения прибыли во всех экономически развитых странах является возможность уменьшения налогооблагаемого дохода на суммы всех документально подтвержденных расходов, связанных с ведением бизнеса в той или иной сфере. В гл. 25 этот принцип не выдерживается, поскольку не все документально подтвержденные и обоснованные затраты учитываются при определении налоговой базы. Ст. 270 содержит перечень расходов, не учитываемых в целях налогообложения, это означает, что часть расходов образовательных учреждений покрывается за счет чистой прибыли после уплаты налогов.
Налоговый кодекс РФ определяет общую для всех организаций (включая бюджетные учреждения) структуру расходов, связанных с производством или реализацией продукции, работ или услуг, к которым относятся материальные расходы, расходы на оплату труда, суммы начисленной амортизации, прочие расходы. Состав расходов бюджетных учреждений, как по бюджетной, так и внебюджетной деятельности, определяется указаниями о порядке применения бюджетной классификации Российской Федерации, утвержденными Приказом Министерства финансов РФ от 11.12.2002 N 127н (в редакции Приказа Министерства финансов РФ от 11.12.2003 N 115н "О внесении изменений и дополнений в указания о порядке применения бюджетной классификации Российской Федерации, утвержденной Приказом Министерства финансов Российской Федерации от 11.12.2002 N 127н"). Однако не все расходы учреждений, включенные в экономическую классификацию расходов, признаются оправданными в целях налогообложения.