Организация системы внутреннего контроля является прерогативой самого экономического субъекта.
В настоящее время подразделения внутреннего аудита у экономических субъектов по-разному встраиваются в структуру управления экономического субъекта, поэтому условно внутренний аудит можно разделить на внутренний аудит акционеров и внутренний аудит исполнительного руководства. Первый из них часто называют независимым внутренним аудитом, так как внутренние аудиторы непосредственно не подчинены исполнительному руководству и, следовательно, по поручению собственников, акционеров могут осуществлять в том числе и проверку деятельности самого исполнительного руководства.
Некоторые экономические субъекты, по образцу фирм ФРГ, создают у себя подразделения контроллинга и назначают контролеров. Кратко основные функции этих подразделений и самих контролеров можно охарактеризовать как «управление управлением», т.е. это координация, согласование, контроль, упорядочение и подготовка информации для руководства в виде, удобном для принятия управленческих решений.
Хотя аудиторская деятельность может охватывать все экономические организации независимо от их организационно-правовых форм и форм собственности, основными объектами аудита являются предпринимательские структуры, а предметом аудита — собственность акционеров и инвесторов. Независимость — необходимое условие деятельности аудиторов, причем независимость аудиторов гораздо шире независимости государственных контролеров-ревизоров.