Решение о рассмотрении запроса и подготовке заключения или об отказе в этом принимается Коллегией Счетной палаты. В случае отказа Председатель Счетной палаты возвращает запрос с указанием причин отказа.
При этом важно отметить, что заключения Счетной палаты не могут содержать политических оценок решений, принимаемых органами представительной власти Российской Федерации по вопросам ее ведения.
Кроме того, согласно ст.21 Закона, Счетная палата должна систематически анализировать итоги проводимых контрольных мероприятий, обобщать и исследовать причины и последствия выявленных отклонений и нарушений в процессе формирования доходов и расходования средств федерального бюджета. На основе полученных данных Счетная палата разрабатывает предложения по совершенствованию бюджетного законодательства и развитию бюджетно-финансовой системы Российской Федерации и представляет их на рассмотрение Государственной Думы. Для выполнения возложенных на Счетную палату задач она взаимодействует с другими контрольными органами Российской Федерации. Контрольные органы Президента РФ и Правительства РФ, правоохранительные и налоговые органы, контрольные органы субъектов РФ, Центральный банк РФ и его контрольно-ревизионное управление. Министерство финансов РФ и его контрольно - ревизионные службы и иные государственные контрольные органы, органы внутриведомственного контроля обязаны оказывать содействие деятельности Счетной палаты, предоставлять по ее запросам информацию о результатах проводимых ревизий и проверок. При проведении контрольно - ревизионной деятельности в пределах своей компетенции Счетная палата вправе привлекать к участию в проводимых ею мероприятиях государственные контрольные органы и их представителей, а так же на договорной основе - негосударственные аудиторские службы и отдельных специалистов.
В целом закон направил деятельность Счетной палаты на реализацию права государства легитимными путями обеспечивать общественные финансовые интересы. Цели и задачи Счетной палаты РФ реализуются в ходе выполнения ею установленных законом функций.
Согласно ст.101 Конституции Российской Федерации для осуществления контроля над исполнением федерального бюджета Совет Федерации и Государственная дума образуют Счетную палату, состав и порядок деятельности которой определен Федеральным законом " О Счетной палате Российской Федерации", согласно которому Счетная палата РФ является постоянно действующим и подотчетным Федеральному Собранию органом государственного финансового контроля. В своей деятельности Счетная палата руководствуется Конституцией Российской Федерации, БК РФ, Федеральным законом " О Счетной палате Российской Федерации" и другим законам. Счетная палата является участником бюджетного процесса, обладающим бюджетными полномочиями на федеральном уровне. В рамках задач, определенных действующим законодательством, Счетная палата обладает организационной и функциональной независимостью.
Статья 5 Лимской декларации руководящих принципов контроля 1) гласит: " Контрольные органы могут выполнять возложенные на них задачи объективно и эффективно только в том случае, когда они независимы от проверяемых ими организаций и защищены от постороннего влияния. Контрольно-счетный орган должен иметь функциональную и организационную независимость, необходимую для выполнения возложенных на него задач. Независимость контрольного органа позволяет ему работать с высокой степенью инициативы и автономии даже в том случае, когда он выступает представителем парламента и проводит проверки по указаниям последнего". Организационная независимость Счетной палаты выражается в самостоятельном решении внутренних вопросов своей деятельности - распределение обязанностей между аудиторами, функций и взаимодействие структурных подразделений аппарата, порядок подготовки и проведение операций всех видов и форм контрольной и иной деятельности определяются регламентом Счетной палаты, утверждаемым ее Коллегией. Коллегия также утверждает структуру Счетной палаты и ее штатное расписание.
Функциональная независимость Счетной палаты проявляется в том, что она самостоятельно устанавливает сроки, объемы и способы проведения контрольных мероприятий, строит свою работу на основе годовых и текущих планов и программ, которые формируются исходя из необходимости обеспечения всестороннего и системного контроля над исполнением бюджета. Это право Счетной палаты - формировать план - обеспечивает возможность проводить подлинно системный контроль над всеми государственными средствами, а не растрачивать свои силы на не имеющие существенной финансовой значимости проверки.
В то же время Счетная палата подотчетна Федеральному Собранию. Обладаю организационной и функциональной независимостью от законодательного органа государственной власти, Счетная палата тем не менее нацелена на содействие в осуществлении им своих задач, обеспечении Федерального Собрания достоверной, объективной информацией о финансовом положении государства. Так обязательному включению в планы и программы работы Счетной палаты подлежат поручения Совета Федерации и Государственной думы, обращения не менее 1/5 от общего числа членов Совета Федерации и депутатов Государственной Думы. Подотчетность также выражается в обязанности Счетной палаты регулярно представлять Совету Федерации и Государственной Думе информацию о ходе исполнения федерального бюджета и результатах проводимых контрольных мероприятий, заключения или ответы на основании поручений Совета Федерации и Государственной Думы. Таким образом, организационная и функциональная независимость Счетной палаты не противоречат друг другу.
Счетная палата осуществляет свою деятельность на основе принципов законности, объективности, независимости и гласности.
Законность - один из ключевых принципов функционирования контрольно счетных органов. Поскольку одной из основных задач Счетной палаты является надзор за законностью использования государственных финансов, сама она в этом плане должна быть безупречна. Принцип законности находит свое отражение в первую очередь в том, что своей деятельностью Счетная палата руководствуется Конституцией Российской Федерации, Федеральным законом " о Счетной палате Российской Федерации", другими законами Российской Федерации. Суть законности состоит в неукоснительном, точном и повсеместном соблюдении этих правовых актов как самой Счетной палатой, так и всеми ее должностными лицами. Нарушение закона - основание для освобождения от должности руководящих работников палаты: Председателя, заместителя Председателя и аудиторов.
Объективность - определяющее условие эффективной контрольной работы. Без него теряется смысл контроля. Принцип объективности означает, что в основу деятельности Счетной палаты должно быть положено изучение реальных фактов, исключение возможности влияния субъективного мнения на принятие тех или иных решений, беспристрастность и непредвзятость в оформлении полученных результатов. Объективность обеспечивается несколькими способами. Это - установление высоких квалификационных требований к лицам претендующим на ответственные должности (высшее образование и опыт профессиональной деятельности в области государственного управления, государственного контроля, экономики, финансов); а также требований направленных на то, чтобы не допустить влияния личных и корпоративных интересов высших должностных лиц Палаты на ее деятельность (Председатель заместитель председателя счетной палаты не могут состоять в родственных связях с Президентом РФ, Председателем Совета Федерации и Председателем Государственной Думы, председателем Правительства РФ, Руководителем Администрации президента РФ, Генеральным прокурором РФ, Председателем Конституционного суда РФ, Председателем Верховного суда РФ, Председателем Высшего Арбитражного суда РФ; не могут быть депутатами Государственной Думы, членами Правительства, заниматься другой оплачиваемой деятельностью, кроме преподавательской, научной и другой творческой деятельности). Большое значение для обеспечения объективности имеет право членов Коллегии Счетной палаты на особое мнение, ответственность инспекторов за достоверность результатов проводимых ими проверок. Принцип объективности тесно связан с принципами законности, независимости и гласности, так как объективная оценка результатов проводимых мероприятий возможна только при соблюдении этих принципов.
Независимость Счетной палаты, кроме вышесказанного, выражается также в гарантиях профессиональной независимости руководства Палаты. Председатель, заместитель Председателя, аудиторы могут быть досрочно освобождены от должности решением той палаты Федерального Собрания, которая их назначила, и только в определенных законом случаях. Деятельность Счетной палаты не может быть приостановлена в связи с роспуском Государственной Думы.
Одним из необходимых условий для самостоятельной работы Счетной палаты является ее финансовая независимость, так как финансовые ограничения одновременно влекут за собой ограничение деятельности. Эта независимость в определенном смысле страхует контрольный орган от внешнего вмешательства в его деятельность с использованием финансовых рычагов. Лимская декларация указывает, что высший орган финансового контроля должен быть обеспечен финансовыми средствами, необходимыми для выполнения возложенных на него задач; наделен правом обращаться с просьбой о выделении необходимых финансовых средств непосредственно в государственный орган, принимающий решение по национальному бюджету; наделен правом использовать, в пределах своих полномочий, денежные средства, выделенные для него отдельной строкой бюджета.