Говорячи про діяльність Пенсійного фонду у середині 90-х років минулого століття слід згадати, що у 1994-1997 роках згідно з Законами про Державний бюджет на відповідні роки кошти Пенсійного фонду включалися до складу Держбюджету.
Перехід на початку 90-х років на фінансування пенсій через Пенсійний фонд сам по собі одразу не міг вирішити всіх проблемних питань у сфері пенсійного забезпечення, а натомість висвітлив та окреслив багато проблем та чинників як всередині самої пенсійної системи, так і далеко за її межами, що суттєво негативно впливали на фінансовий стан цієї системи [29].
Зокрема, поширилося таке явище як неплатежі до Пенсійного фонду. В окремі часи ця заборгованість сягала 2-3 місячної потреби на виплату пенсій. Проте погашення цієї заборгованості іноді відбувалось через її списання чи розстрочення. Протягом 1997-2001 років було списано заборгованості з обов'язкових платежів до Фонду на суму майже 7 млрд. грн. Реструктуровано згадану заборгованість ще на суму 2,9 млрд. грн. Понад 142 тис. підприємств та понад 2 млн. фізичних осіб – суб'єктів підприємницької діяльності взагалі було звільнено від сплати збору на обов'язкове державне пенсійне страхування із введенням фіксованого сільськогосподарського податку та спрощеної системи оподаткування малого і середнього бізнесу. Надходження від фіксованого сільгоспподатку, єдиного та фіксованого податку для суб'єктів підприємництва у 3-30 разів були меншими ніж надходження на одного працюючого за якого збір на обов'язкове державне пенсійне страхування сплачувався на загальних підставах.
Все це відбувалося на тлі глибокої і затяжної економічної кризи, яка породила тінізацію економіки та безробіття, суттєво підірвала і деформувала фінансову базу пенсійної системи.
Поряд з переліченими вище несприятливими для доходної частини Пенсійного фонду головними чинниками негативний вплив на його фінансовий стан справляло покладення на видатки Фонду фінансування пенсій окремим категоріям громадян відповідно до прийнятих у 1993-2001 роках понад 20 законів, які регулювали питання пенсійного забезпечення поряд з базовим Законом "Про пенсійне забезпечення" (наприклад, Закони України "Про державну службу", "Про службу в органах місцевого самоврядування", "Про прокуратуру" та інші).
Крім того, в різний час за рахунок коштів Фонду фінансувалися соціальні виплати, які взагалі не пов'язані з пенсійною системою і за своєю природою мають здійснюватися за рахунок бюджетних коштів – допомога на дітей, доплати на догляд за інвалідами та інші [29].
Фінансування з коштів Пенсійного фонду пенсій, призначених на пільгових умовах у зв'язку зі шкідливими умовами праці також можна віднести до негативних факторів. Починаючи з 1992 року пенсійні гарантії таких працівників були значно розширені. Разом з тим, незважаючи на обов'язок відшкодування відповідних витрат Фонду підприємствами, де існують згадані умови, реальний рівень відшкодування витрат на виплату пенсій за так званим Списком № 2 наприкінці 90-х становив у середньому лише 30 відсотків.
Унаслідок усього цього у 1995-1996 роках почала виникати заборгованість з виплати пенсій. Це при тому, що рівень пенсій лишився низьким, фактично було втрачено його диференціацію від трудового внеску працівника. Все це формувало в суспільстві усвідомлення необхідності проведення пенсійної реформи. Проте здійснення реформи потребувало подолання гострих кризових явищ у пенсійній системі.
Отже головним завданням Пенсійного фонду у другій половині 90-х років стали фінансова стабілізація пенсійної системи, ліквідація заборгованості з виплати пенсій, створення необхідних передумов для проведення пенсійної реформи.
Основними напрямами цієї роботи стало вдосконалення законодавства із сплати обов'язкових платежів до Пенсійного фонду , запровадження їх персоніфікованого обліку, посилення платіжної дисципліни підприємств, звільнення Пенсійного фонду від не властивих йому видатків. У цьому зв'язку слід відзначити такі кроки [29].
Постановою Верховної Ради України від 07.02.96 № 36/96 "Про внесення змін до Постанови Верховної Ради України "Про порядок введення в дію Закону України "Про внесення змін і доповнень до Закону України "Про пенсійне забезпечення" було визначено, що внески на пенсійне страхування сплачуються одночасно з одержанням коштів в установах банку. При цьому у разі недостатності коштів видача банками коштів на заробітну плату та перерахування внесків до Пенсійного фонду провадиться у пропорційних сумах. Цією ж постановою було визначено право начальників підвідомчих органів Пенсійного фонду припиняти операції підприємств, установ, організацій, громадян-підприємців на рахунках в установах банків у разі відмови їх від реєстрації як платників внесків до Пенсійного фонду. Крім того, Указом Президента України від 04.03.98 № 167/98 було визначено відповідальність банків за виконання рішень податкових органів про припинення операцій за всіма рахунками платника, у разі непогашення платником податків податкової заборгованості та встановлено санкції, які застосовувалися до банків у разі не виконання таких рішень податкових органів.
У серпні 1998 року Указом Президента України від 31.08.98 № 957 "Про невідкладні заходи щодо погашення заборгованості з виплати пенсій", а згодом Законом України від 22.10.98 № 208-ХІV "Про внесення змін до Закону України "Про збір на обов'язкове державне пенсійне страхування", було запроваджено додаткові ставки збору на загальнообов'язкове державне пенсійне страхування [29].
Відчутно сприяло наповненню Державного бюджету та бюджету Пенсійного фонду прийняття постанови Кабінету Міністрів України від 11.08.98 № 1251 "Про стан і додаткові заходи щодо виплати пенсій, погашення заборгованості з обов'язкових платежів до державного та місцевих бюджетів, недоїмки до Пенсійного фонду і Фонду для здійснення заходів щодо ліквідації наслідків Чорнобильської катастрофи та соціального захисту населення".
У Кабінеті Міністрів України та в усіх обласних адміністраціях були утворені постійно діючі комісії з погашення заборгованості, які розглядали кожен факт наявності заборгованості та шляхи її погашення, які працюють і зараз.
Крім роботи, проведеної з керівниками підприємств-боржників, було застосовано нетрадиційні джерела наповнення Пенсійного фонду.
Так було запроваджено погашення заборгованості з виплати пенсій в натуральній формі продукцією підприємств-боржників. Завдяки цьому така заборгованість була погашена на суму понад 800 млн. грн.
У результаті вжитих заходів удалося суттєво збільшити надходження коштів до Пенсійного фонду. Це дозволило у вересні 2000 року ліквідувати заборгованість з виплати пенсій.
Надалі тенденцію до збільшення надходжень до Пенсійного фонду було закріплено і розвинуто.
Здійснення всіх вище перелічених заходів дозволило після погашення у вересні 2000 року заборгованості з виплати пенсій не тільки забезпечити повне і своєчасне фінансування цих виплат, а й їх підвищення протягом 2001-2003 років у середньому на 72% (з 81 до 139,45 грн.) [29].
Стабілізація фінансового стану Пенсійного фонду стала однією з передумов здійснення пенсійної реформи. Основні напрями та шляхи впровадження пенсійної реформи було окреслені в таких державних документах: Концепція соціального забезпечення населення України, схвалена Верховною Радою України 21 грудня 1993 року, Основи законодавства України Про загальнообов'язкове державне соціальне страхування, прийняті Верховною Радою України 14 січня 1998 року, Указ Президента України від 13.04.98 року "Про Основні напрями пенсійного забезпечення в Україні", Послання Президента України до Верховної Ради України та Кабінету Міністрів України "Про Основні напрями реформування системи пенсійного забезпечення населення України" від 10 жовтня 2001 року [29].
На виконання завдань поставлених в цих документах, і була спрямована робота всієї системи Пенсійного фонду. В першу чергу у період до 2003 року були проведені підготовчі заходи до впровадження пенсійної реформи, була створена система персоніфікованого обліку внесків. Початок цій справі було покладено Указом Президента України "Про заходи щодо впровадження персоніфікованого обліку відомостей у системі обов'язкового державного пенсійного страхування" від 04.05.98 № 401.
З 1998 року в Центральній базі цієї системи вже накопичено такі відомості на 27,9 млн. громадян України. Більшість з них вже отримали свідоцтва про загальнообов'язкове державне соціальне страхування, що засвідчують пенсійне право кожного.
Важливу роль у розвитку Пенсійного фонду та його утвердженні як центрального органу виконавчої влади відіграла передача органам Фонду функцій з призначення та виплати пенсій, які раніше здійснювались органами соціального захисту населення.
Невідкладним першочерговим завданням реформування системи пенсійного забезпечення Указом Президента України 13.04.98 № 291/98 "Про Основні напрями реформування пенсійного забезпечення в Україні" було визначено проведення розмежування джерел фінансування пенсій, призначених за різними пенсійними програмами. З цією метою, починаючи з 1999 року, Урядом приймались постанови Кабінету Міністрів України, якими затверджувались графіки поетапного розмежування джерел фінансування з виплат Пенсійного фонду на 1999-2002 роки.
Не викликало сумніву, що нова пенсійна система, як і процес її формування, поряд з фінансово-економічним підґрунтям повинні мати під собою належну правову основу. Нею в Україні стали базові Закони "Про загальнообов'язкове державне пенсійне страхування" і "Про недержавне пенсійне забезпечення", що у 1998-2003 роках були розроблені в розвиток Концепції соціального забезпечення населення України, схваленої Верховною Радою України у грудні 1993 року та прийнятих у січні 1998 року Основ законодавства України "Про обов'язкове державне соціальне страхування". Робота з їх опрацювання велась провідними фахівцями багатьох міністерств та відомств, науковцями, представниками громадськості протягом кількох років. У Комітеті Верховної Ради України у справах пенсіонерів, ветеранів та інвалідів була створена спеціальна робоча група, до складу якої увійшли представники практично усіх депутатських фракцій та груп, провідні фахівці Секретаріату Кабінету Міністрів України, Міністерства праці та соціальної політики України, Пенсійного фонду України, інших міністерств та відомств, представники професійних спілок та об'єднань роботодавців.