1. На сьогодні ДПС України є централізованою системою, побудованою за принципом багаторівневої ієрархічної організації: державного, регіонального (область, автономна республіка), міського та районного рівнів управління.
Кожен регіон має свій податковий орган, і при цьому не враховуються ні його значимість у загальній сумі надходжень податків до бюджету України, ні кількість населення, ні кількість зареєстрованих платників податків.
2. Відсутність принципу децентралізації під час виконання функцій призводить до виконання центральним органом ДПС України функцій, не властивих йому (наприклад, списання податкового боргу, прийняття рішень по окремих платниках податків).
3. Недостатній рівень визначеності функцій та процедур, які повинні виконуватись структурними підрозділами, функціональних обов’язків посадових осіб і працівників. Це негативно впливає на ефективність дій та спроможність управління персоналом ДПС України.
4. У структурі органів ДПС України відсутня служба стандартизації, що призводить до неузгодженості інструкцій, положень, посадових інструкцій, методичних рекомендацій та спричиняє дублювання функцій, допущення неточностей та неясностей у нормативних документах, наявність різного трактування нормативних документів різними посадовими особами.
5. Спеціалізація виявлена слабо.
Одному працівнику доводиться виконувати не менше 30 процедур під час виконання покладених на нього функцій (підрозділи стягнення податкового боргу, підрозділи оподаткування фізичних осіб районного рівня).
Усунення зазначених недоліків в існуючій організаційній структурі ДПС України сприятиме ефективному адмініструванню податків органами ДПС [7, с.269].
Державна податкова служба України здійснює такі функції:
1) виконує безпосередньо, а також організовує роботу державних податкових адміністрацій та державних податкових інспекцій, пов'язану із:
· здійсненням контролю за додержанням законодавства про податки, інші платежі, валютні операції, порядку розрахунків із споживачами з використанням електронних контрольно-касових апаратів, комп'ютерних систем і товарно-касових книг, лімітів готівки в касах та її використанням для розрахунків за товари, роботи, послуги, а також контролю за наявністю свідоцтв про державну реєстрацію суб'єктів підприємницької діяльності та ліцензій, патентів, інших спеціальних дозволів на здійснення окремих видів підприємницької діяльності;
· здійсненням контролю за додержанням виконавчими комітетами сільських і селищних рад порядку прийняття і обліку податків, інших платежів від платників податків, своєчасністю і повнотою перерахування цих сум до бюджету;
· обліком платників податків, інших платежів;
· виявленням і веденням обліку надходжень податків, інших платежів;
· проведенням роботи по боротьбі з незаконним обігом алкогольних напоїв та тютюнових виробів, веденням реєстрів імпортерів, експортерів, оптових та роздрібних торговців, місць зберігання алкогольних напоїв та тютюнових виробів, участю у розробленні пропозицій щодо основних напрямів державної політики і проектів державних програм у сфері боротьби з незаконним обігом алкогольних напоїв та тютюнових виробів, організацією виконання актів законодавства у межах своїх повноважень, здійсненням систематичного контролю за їх реалізацією, узагальненням практики застосування законодавства, застосуванням у випадках, передбачених законодавством, фінансових санкцій до суб'єктів підприємницької діяльності за порушення законодавства про виробництво і обіг спирту етилового, коньячного, плодового, алкогольних напоїв і тютюнових виробів, здійсненням заходів по вилученню та знищенню або передачі на промислову переробку алкогольних напоїв, знищенню тютюнових виробів, що були незаконно вироблені чи знаходилися у незаконному обігу;
2) видає у випадках, передбачених законом, нормативно-правові акти і методичні рекомендації з питань оподаткування;
3) затверджує форми податкових розрахунків, звітів, декларацій та інших документів, пов'язаних з обчисленням і сплатою податків, інших платежів, декларацій про валютні цінності, зразок картки фізичної особи - платника податків та інших обов'язкових платежів, форму повідомлення про відкриття або закриття юридичними особами, фізичними особами - суб'єктами підприємницької діяльності банківських рахунків, а також форми звітів про роботу, проведену органами державної податкової служби;
4) роз'яснює через засоби масової інформації порядок застосування законодавчих та інших нормативно-правових актів про податки, інші платежі та організовує виконання цієї роботи органами державної податкової служби;
5) здійснює заходи щодо добору, розстановки, професійної підготовки та перепідготовки кадрів для органів державної податкової служби;
6) подає органам державної податкової служби методичну і практичну допомогу в організації роботи, проводить обстеження та перевірки її стану;
7) організовує роботу по створенню інформаційної системи автоматизованих робочих місць та інших засобів автоматизації та комп'ютеризації робіт органів державної податкової служби;
8) розробляє основні напрями, форми і методи проведення перевірок додержання податкового та валютного законодавства;
9) при виявленні фактів, що свідчать про організовану злочинну діяльність, або дій, що створюють умови для такої діяльності, направляє матеріали з цих питань відповідним спеціальним органам по боротьбі з організованою злочинністю;
10) передає відповідним правоохоронним органам матеріали за фактами правопорушень, за які передбачено кримінальну відповідальність, якщо їх розслідування не належить до компетенції податкової міліції;
11) подає Міністерству фінансів України та Головному управлінню Державного казначейства України звіт про надходження податків, інших платежів;
12) вносить пропозиції та розробляє проекти міжнародних договорів стосовно оподаткування, виконує в межах, визначених законодавством, міжнародні договори з питань оподаткування;
13) надає фізичним особам - платникам податків та інших обов'язкових платежів ідентифікаційні номери і направляє до державної податкової інспекції за місцем проживання фізичної особи або за місцем отримання нею доходів чи за місцезнаходженням об'єкта оподаткування картку з ідентифікаційним номером та веде Єдиний банк даних про платників податків - юридичних осіб;
14) прогнозує, аналізує надходження податків, інших платежів, джерела податкових надходжень, вивчає вплив макроекономічних показників і податкового законодавства на надходження податків, інших платежів, розробляє пропозиції щодо їх збільшення та зменшення втрат бюджету;
15) забезпечує виготовлення марок акцизного збору, їх зберігання, продаж та організовує роботу, пов'язану із здійсненням контролю за наявністю цих марок на пляшках (упаковках) алкогольних напоїв і на пачках (упаковках) тютюнових виробів під час їх транспортування, зберігання і реалізації;
16) вносить в установленому порядку пропозиції щодо вдосконалення податкового законодавства;
17) організовує у межах своїх повноважень роботу щодо забезпечення охорони державної таємниці в органах державної податкової служби [13, с.284].
Державні податкові адміністрації в Автономній Республіці Крим, областях, містах Києві та Севастополі, державні податкові інспекції в містах з районним поділом (крім міст Києва та Севастополя) виконують ті ж функції, що і Державна податкова адміністрація України, крім функцій, зазначених у пунктах 2, 3, 8, 11, 12, 13, 16, а також пункті 15 у частині забезпечення виготовлення марок акцизного збору.
У разі коли органи державної податкової служби безпосередньо здійснюють контроль за платниками податків, інших платежів, вони виконують щодо цих платників ті ж функції, що й державні податкові інспекції в районах, містах без районного поділу, районах у містах, міжрайонні та об'єднані державні податкові інспекції.
Державні податкові інспекції в районах, містах без районного поділу, районах у містах, міжрайонні та об'єднані державні податкові інспекції виконують такі функції:
1) здійснюють контроль за додержанням законодавства про податки, інші платежі;
2) забезпечують облік платників податків, інших платежів, правильність обчислення і своєчасність надходження цих податків, платежів, а також здійснюють реєстрацію фізичних осіб - платників податків та інших обов'язкових платежів;
3) контролюють своєчасність подання платниками податків бухгалтерських звітів і балансів, податкових декларацій, розрахунків та інших документів, пов'язаних з обчисленням податків, інших платежів, а також перевіряють достовірність цих документів щодо правильності визначення об'єктів оподаткування і обчислення податків, інших платежів;
4) здійснюють у межах своїх повноважень контроль за законністю валютних операцій, додержанням установленого порядку розрахунків із споживачами з використанням електронних контрольно-касових апаратів, товарно-касових книг, лімітів готівки в касах та її використанням для розрахунків за товари, роботи і послуги, а також за наявністю свідоцтв про державну реєстрацію суб'єктів підприємницької діяльності, ліцензій, патентів, інших спеціальних дозволів на здійснення деяких видів підприємницької діяльності;
5) ведуть облік векселів, що видаються суб'єктами підприємницької діяльності при здійсненні операцій з давальницькою сировиною у зовнішньоекономічних відносинах та щомісяця подають інформацію про це місцевим органам державної статистики; здійснюють контроль за погашенням векселів; видають суб'єктам підприємницької діяльності дозволи на відстрочення оплати (погашення) векселів із зазначених операцій;
6) забезпечують застосування та своєчасне стягнення сум фінансових санкцій, передбачених цим Законом та іншими законодавчими актами України за порушення податкового законодавства, а також стягнення адміністративних штрафів за порушення податкового законодавства, допущені посадовими особами підприємств, установ, організацій та громадянами;