С 1983 года начато и до настоящего времени не завершено строительство аэропорта «Омск - Федоровка», с 1982 года - аэропорта в г. Сыктывкаре, с 1989 года -аэровокзального комплекса в городе Сочи. Зарамагские ГЭС в Северной Осетии строятся с 1975 года при нормативном сроке строительства 12 лет. По состоянию на 1 января 2008 года не введено в эксплуатацию 72 км линий метрополитена в 11 городах России.
Анализ реализации программной части ФАИП показал, что на 1 января 2007 года в Росавтодоре объем незавершенного строительства по подпрограмме «Автомобильные дороги» составил 150 653,6 млн. рублей и увеличился за 2007 год на 39 318,7 млн. рублей, или на 35,3 %.
В Сибирском отделении РАН по программе «Жилище» на 2002 - 2010 годы (второй этап) объем незавершенного строительства на 1 января 2008 года составил 21,0 млн. рублей, при этом финансирование указанной ФЦП за счет средств федерального бюджета в 2007 году не осуществлялось.
В Минюсте России объем незавершенного строительства по ФЦП «Развитие уголовно-исполнительной системы (2007 - 2016 годы)» на 1 января 2008 года составил 3 673,0 млн. рублей, или 70 % кассовых расходов на указанную ФЦП в 2007 году.
Анализ реализации непрограммной части ФАИП показал, что объем незавершенного строительства в Сибирском отделении РАН составил 713,3 млн. рублей, что в 3,6 раза превышает кассовое исполнение расходов СО РАН по непрограммной части ФАИП за 2007 год. С 1 января 2008 года из-за отсутствия финансирования приостановлено строительство 45 объектов науки и социальной сферы СО РАН, затраты по которым составили 1 177,3 млн. рублей.
Объем незавершенного строительства объектов метрополитена в 11 городах по состоянию на 1 января 2008 года составил 13 233,1 млн. рублей.
На 1 января 2008 года объем незавершенного строительства по объектам непрограммной части ФАИП Роснауки составил 6 962,7 млн. рублей, в том числе по объектам, строительство которых начато в 2002 году с уровнем готовности от 42 % до 85 %, - 209,6 млн. рублей.
Объем незавершенного строительства на реконструкции гидротехнических сооружений инженерной защиты и ввода Ульяновской дамбы составил 163,7 млн. рублей.
Заказчиками-застройщиками не приняты действенные меры по погашению дебиторской задолженности. Так, по состоянию на 1 января 2008 года дебиторская задолженность по объектам ФАИП в целом сложилась в объеме 9 759,3 млн. рублей (на 1 января 2007 года - 1 329,5 млн. рублей) и увеличилась за 2007 год в 7,3 раза.
Дебиторская задолженность Минэкономразвития России на 1 января 2008 года составила 1 990,9 млн. рублей, в том числе просроченная (за 2004 - 2005 годы), учтенная на счете «Капитальные вложения по объектам незавершенного капитального строительства», -1 111,9 млн. рублей, или 55,8 %.
Дебиторская задолженность Роспрому по программной и непрограммной части ФАИП по состоянию на 1 января 2008 года составила 1 709,1 млн. рублей, в том числе 143,5 млн. рублей (8,4 %) - просроченная дебиторская задолженность. За 2007 год указанная дебиторская задолженность выросла на 278,2 млн. рублей, или на 19,4 %.
Дебиторская задолженность Управлению делами Президента Российской Федерации в части государственных капитальных вложений, выделенных на объекты ФАИП, на 1 января 2008 года составила 2 306,5 млн. рублей, что в 1,9 раза превышает среднемесячный кассовый расход на объекты ФАИП в 2007 году. Из общей суммы на приобретение квартир в ООО «Бизнес Диалог» и ООО «Инвестиционная компания «Континент» по ФЦП «Жилище» на 2002 - 2010 годы (второй этап) перечислено 2 167,3 млн. рублей, или 94 % общей дебиторской задолженности, в том числе 1 208,7 млн. рублей - в 2006 году.
Дебиторская задолженность Судебному департаменту при Верховном Суде Российской Федерации по объектам ФАИП составила на 1 января 2008 года 259,1 млн. рублей и увеличилась за 2007 год на 114,5 млн. рублей, или на 79 %.
Дебиторская задолженность Роскульутре по объектам ФАИП составила на 1 января 2008 года 3 423,9 млн. рублей. Из общей суммы по объектам ФЦП «Культура России (2006 - 2010 годы)» - 3 376,6 млн. рублей, или 30 % годового объема кассовых расходов по указанной ФЦП.
Дебиторская задолженность Генпрокуратуре России по долевому участию в строительстве и приобретении жилья по ФЦП «Жилище» 2002 - 2010 годы (второй этап) на 1 января 2008 года составила 69,8 млн. рублей, из которых 18,3 млн. рублей (26,2 %) - просроченная дебиторская задолженность.
В 2007 году не устранены нарушения статьи 80 Бюджетного кодекса Российской Федерации, допущенные Российским агентством по обычным вооружениям (функции переданы Роспрому) в 2003 году на сумму 2,24 млн. рублей (средства федерального бюджета предоставлены юридическим лицам, не являющимся государственными или муниципальными унитарными предприятиями, без передачи в федеральную собственность акций на соответствующую сумму).
В нарушение Федерального закона от 25 февраля 1999 г. № 39-ФЗ «Об инвестиционной деятельности в Российской Федерации, осуществляемой в форме капитальных вложений» и постановления Правительства Российской Федерации от 11 октября 2001 г. № 714 «Об утверждении Положения о формировании перечня строек и объектов для федеральных государственных нужд и их финансировании за счет средств федерального бюджета» (с изменениями и дополнениями) Росаэронавигацией по ФЦП «Совершенствование федеральной системы разведки и контроля воздушного пространства Российской Федерации (2007 - 2010 годы)» проводилось строительство объектов для нужд отрасли при отсутствии утвержденной в установленном порядке проектно-сметной документации.
В нарушение Федерального закона от 21 июля 2005 г. № 94-ФЗ «О размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд» в 2007 году без проведения торгов заключены контракты Роскосмосом на сумму 149,1 млн. рублей, в том числе по ФЦП «Жилище» на 2002 - 2010 годы (второй этап) - на сумму 55,8 млн. рублей.
Минобрнауки России в нарушение Федерального закона от 21 июля 2005 г. № 94-ФЗ «О размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд» заключило дополнительные соглашения от 2 марта 2007 г. № 2 на сумму 197,8 млн. рублей к государственному контракту от 16 февраля 2005 г. № 5-10-1/3 с ЗАО «Стройспецкомплектресурс» и от 6 марта 2007 г. № 2Р на сумму 2,2 млн. рублей к государственному контракту от 30 мая 2005 г. № 5-10-1/10 с ООО «Техстройкомплект» на выполнение работ по проектированию и реконструкции зданий, закрепленных за ним по адресу Тверская ул. д. 11 и Брюсов пер. д. 21.
Также в нарушение Федерального закона от 21 июля 2005 г. № 94-ФЗ «О размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд» Минобрнауки России заключило дополнительное соглашение с ООО «ЭйрСервис» от 17 апреля 2007 г. № 1 к государственному контракту от 14 июля 2006 г. № 02.0114.11.901 на сумму 4,5 млн. рублей на выполнение работ и оказание услуг по проведению организационно-технических мероприятий, связанных с присуждением премий Правительства Российской Федерации в области науки и техники для молодых ученых.
Роснаукой без проведения конкурсных процедур и без заключения государственных контрактов по ФЦП «Мировой океан» были заключены дополнительные соглашения на выполнение работ и оказание услуг к ранее завершенным государственным контрактам, при этом отсутствовали техническое задание, смета расходов, исполнители и соисполнители работ.
В ходе проверки исполнения расходов федерального бюджета установлены факты нецелевого использования государственных капитальных вложений на общую сумму 64,1 млн. рублей.
Выделенные Гохрану России из федерального бюджета средства на реконструкцию и капитальный ремонт служебного здания в сумме 5,6 млн. рублей направлены на оплату выполненных работ и приобретение материалов, не предусмотренных сметой расходов (представление от 4 апреля 2008 г. № ПР-01-52/05-03).
Средства федерального бюджета в сумме 58,5 млн. рублей, выделенные в 2006 году Росэнерго на реализацию подпрограммы «Энергоэффективность в сфере потребления» ФЦП «Энергоэффективная экономика» на 2002 - 2005 годы и на перспективу до 2010 года, использованы на реконструкцию системы диспетчеризации и создание системы АСКУЭ в Военной академии Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации, что является нецелевым расходованием средств.
В нарушение статьи 115 Федерального закона «О федеральном бюджете на 2008 год» (c изменениями) и постановления Правительства Российской Федерации от 22 июня 1994 г. № 745 «Об авансировании подрядных работ на объектах строительства для федеральных государственных нужд» (до 30 %) Росводоресурсами допущено авансирование объектов непрограммной части ФАИП в размере 100 % стоимости работ.
Минюстом России в 2007 году произведена предоплата в размере 100 % по государственным контрактам, заключенным в рамках реализации ФЦП «Жилище» на 2002-2010 годы (второй этап).
Минсельхозом России авансовые платежи по государственным контрактам, заключенным на реализацию ФЦП «Сохранение и восстановление плодородия почв земель сельскохозяйственного назначения и агроландшафтов как национального достояния России на 2006 - 2010 годы», произведены в объеме 100 %.
В нарушение постановления Правительства Российской Федерации от 11 октября 2001 г. № 714 (с изменениями) «Об утверждении Положения о формировании перечня строек и объектов для федеральных государственных нужд и их финансировании за счет средств федерального бюджета» работы по внедрению системы антитеррористических мероприятий на Екатеринбургском метрополитене проводились без положительного заключения ФГУ «Главгосэкспертиза России» на проектно-сметную документацию.