Структура расходов ФОМС за 2006-2008 гг. .[12;13;14]
| Статьи расходов | 2006г. Сумма расходов, тыс. руб. | 2007г. Сумма расходов, тыс. руб. | 2008 г. Сумма расходов, тыс. руб. |
| Федеральный фонд обязательного медицинского страхования | 119 406 553,0 | 158 176 868,7 | 168 706 056,3 |
| Общегосударственные вопросы | 117 871,5 | 142 426,8 | 755 516,6 |
| Международные отношения и международное сотрудничество | 0,3 | 239,6 | 320,4 |
| Международное сотрудничество | 0,3 | 239,6 | 320,4 |
| Международные культурные, научные и информационные связи | 0,3 | 239,6 | 320,4 |
| Другие общегосударственные вопросы | 117 871,5 | 142 426,8 | 755 196,2 |
| Руководство и управление в сфере установленных функций | 117 871,5 | 142 426,8 | 755 196,2 |
| Аппараты органов управления государственных внебюджетных фондов | 117 871,5 | 142 426,8 | 227 291,3 |
| Информатика | 117 871,5 | 67 658,5 | 527 904,9 |
| Органы управления государственных внебюджетных фондов | 117 871,5 | 67 658,5 | 527 904,9 |
| Образование | 7 701,0 | 7 719,3 | 11 144,2 |
| Профессиональная подготовка, переподготовка и повышение квалификации | 7 701,0 | 7 719,3 | 11 144,2 |
| Учебные заведения и курсы по переподготовке кадров | 7 701,0 | 7 719,3 | 11 144,2 |
| Переподготовка и повышение квалификации кадров | 7 701,0 | 7 719,3 | 11 144,2 |
| Культура, кинематография и средства массовой информации | 6 436,3 | 7 574,3 | 9 615,4 |
| Другие вопросы в области культуры, кинематографии, средств массовой информации | 6 436,3 | 7 574,3 | 9 615,4 |
| Реализация государственных функций, связанных с общегосударственным управлением | 6 436,3 | 7 574,3 | 9 615,4 |
| Выполнение других обязательств государства | 6 436,3 | 7 574,3 | 9 615,4 |
| Здравоохранение, физическая культура и спорт | 119 274 543,9 | 158 018 908,7 | 10 494,2 |
| Прикладные научные исследования в области здравоохранения, физической культуры и спорта | 4 184,8 | 6 206,3 | 10 494,2 |
| Прикладные научные исследования и разработки | 4 184,8 | 6 206,3 | 10 494,2 |
| Выполнение научно- исследовательских и опытно- конструкторских работ по государственным контрактам | 4 184,8 | 6 206,3 | 10 494,2 |
| Межбюджетные трансферты | 67 810 846,0 | 90 680 742,6 | 167 919 285,9 |
| Социальная помощь | 67 810 846,0 | 90 680 742,6 | 167 919 285,9 |
| Федеральный закон от 17 июля 1999 года N 178-ФЗ "О государственной социальной помощи | 30 911 876,9 | ||
| Оказание отдельным категориям граждан государственной социальной помощи по обеспечению лекарственными средствами, изделиями медицинского назначения, а также специализированными продуктами лечебного питания для детей-инвалидов | 40 420 508,1 | 66 902 439,7 | 30 911 876,9 |
| Закон Российской Федерации от 28 июня 1991 года N 1499-1 "О медицинском страховании граждан в РФ» | 93 165 472,7 | ||
| Обязательное медицинское страхование неработающего населения (детей) | 3 210 000,0 | 6 206,3 | 3 538 700,0 |
| Выполнение территориальной программы обязательного медицинского страхования в рамках базовой программы обязательного медицинского страхования | 41 823 300,0 | 71 279 396,2 | |
| Прочие дотации | 71 279 396,2 | ||
| Реализация мероприятий в рамках базовой программы обязательного медицинского страхования | 14 995 981,7 | ||
| Проведение пилотного проекта, направленного на повышение качества услуг в сфере здравоохранения | 2 082 885,2 | 3 351 394,8 | |
| Проведение диспансеризации пребывающих в стационарных учреждениях детей-сирот и детей, находящихся в трудной жизненной ситуации | 180 171,0 | 498 625,5 | |
| Проведение дополнительной диспансеризации работающих граждан | 1 606 615,5 | 2 529 421,2 | 5 685 056,0 |
| Оплата медицинской помощи женщинам в период беременности, родов и в послеродовом периоде, а также диспансерного наблюдения ребенка в течение первого года жизни | 12 934 094,6 | 15 144 051,2 | 16 600 000,0 |
| Финансовое обеспечение государственного задания в соответствии с программой государственных гарантий оказания гражданам Российской Федерации бесплатной медицинской помощи, оказываемой врачами-терапевтами участковыми, врачами-педиатрами участковыми, врачами общей практики (семейными врачами), медицинскими сестрами участковыми врачей-терапевтов участковых, врачей-педиатров участковых, медицинскими сестрами врачей общей практики (семейных врачей) | 14 624 429,6 | 14 963 762,4 | 20 996 951,9 |
| Оплата амбулаторно-поликлинической помощи, оказанной работающим гражданам в рамках территориальной программы обязательного медицинского страхования | 61 302,9 | ||
| Всего расходов | 119 406 553,0 | 158 176 868,7 | 168 706 056,3 |
В целом бюджет ФОМС в 2006 году по доходам был исполнен в сумме 125,5 миллиарда рублей (108,3% к утвержденному уровню), по расходам - 119,4 миллиарда рублей (103% к утвержденной сумме). Профицит составил 6,1 миллиарда рублей.