Концепція організаційного плану Чаянова дозволила йому пояснити лаву парадоксів в розвитку селянського господарства дореволюційної Росії. Так, емпіричні матеріали, зібрані при аналізі селянського льонарства і картофелеводства, показували, що ці трудомісткі культури давали дуже малий чистий прибуток, а тому майже ніколи не набували великого поширення в господарствах підприємницького типа. Навпаки, малоземельні селяни розводили їх вельми широко, оскільки, втрачаючи у розмірі чистого прибутку, діставали можливість розширити об'єм вживаної у власному господарстві праці і скоротити сезонне безробіття.
Непридатністю підприємницьких, ринкових критеріїв А.В. Чаянов пояснив і низький рівень розповсюдження в селянських господарствах високопродуктивних молотарок. В даному випадку праця селян, що витісняється машиною, в умовах зимового часу не міг знайти собі ніякого застосування. Введення вдосконаленої машини не лише не збільшувало спільної суми доходів селян, але зменшувало її на величину щорічної амортизації машини.
Крім того, як відзначав Чаянов, селяни в роки неврожаїв, щоб добитися хоч би деякої стабільності споживчих доходів, не знижували, а, навпаки, різко підвищували пропозицію праці, завдяки чому зарплата в аграрному секторі Росії виявлялася назад пропорційною цінам на хліб. У разі ж поліпшення ринкової кон'юнктури селянське господарство не збільшувало, а скорочувало річний фонд робочого часу, щоб полегшити умови праці і життя. До парадоксальних ситуацій, пояснених Чаяновим, відносилися також сплата селянами дуже високої «голодної оренди» (з метою завантажити в що б те не стало вільні робочі руки); регулярна практика відхожих промислів (вони ослабляли власне землеробське господарство, але давали селянам можливість більш рівномірно розподілити трудові ресурси по часах роки). Таким чином, саме родинно-трудова теорія Чаянова зуміла розкрити сенс цілої лави економічних фактів, які до неї не знаходили теоретичного пояснення. Виходячи з власного розуміння специфіки селянських господарств, А.В. Чаянов вніс істотний вклад до інтерпретації процесів їх диференціації. Тут їм активно застосовувалося поняття демографічних чинників диференціація, суть якої така: у молодій сім'ї (чоловік, дружина, малолітні діти), що недавно утворилася, співвідношення їдаків і працівників украй несприятливо (коефіцієнт вельми великий). Це критичний момент в розвитку селянського господарства: продуктивність його відносно невелика, споживання на одного члена сім'ї і прибутковість украй низькі. Минає час, діти зачинають підростати, все більше їх число стає спочатку напівпрацівниками, потім повноцінними працівниками, коефіцієнт е/р послідовно знижується і, нарешті, досягає одиниці. Це найсприятливіший в економічних відносинах період в житті селянської сім'ї – без жодного застосування найманої праці різко зростають об'єм посівів, по осібні об'єми продукції, споживання і доходів. Максимальною є і економія праці, грошових коштів на побутові потреби (житло, опалювання, приготування їжі і т.д.). Але час йде, і біля другого покоління зачинають народжуватися діти, поступово зачинається розпад «великої сім'ї» на лаву нечисленних молодих сімейств, з одним з яких живуть непрацездатні батьки. Співвідношення їдців і працівників знов різко змінюється (коефіцієнт е/р росте), відповідно падають подушний посів, средньоосібне споживання і дохід.
Демографічні чинники обумовлюють той факт, що динаміка трудового потенціалу селянської сім'ї, підкоряючись процесу її зростання і розпаду, носить хвилеподібний характер. Таким чином, істотна частка майнової диференціації селянських господарств не носить соціального характеру. Це положення А. Ст Чаянова, сформульоване їм ще в дореволюційний період, активно використовувалося в 1920-і рр. в критиці вульгарно-соціологічного, прямолінійного трактування процесів диференціації в селі, яким дотримувалися багато аграріїв марксистського напряму.
А.В. Чаянов не заперечував і соціально-економічної диференціації російського селянства. Більш того, з 1927 р. він розглядував демографічну диференціацію лише як спільний фон диференціації соціальної. Проте учений доводив, що в післяреволюційний час останній вид диференціації придбав нові специфічні риси: зникли господарства поміщиків, крупних підприємців-капіталістів, розшарування селянства відбувалося головним чином як відщеплення від родинно-трудових господарств нових самостійних типів підприємств: фермерських, кредитово-лихварських, промислових і допоміжних.
А.В. Чаянов звертав увагу, що угрупування, розраховані на базі коефіцієнтів "пролетаріїв" і «капіталізму» господарства (запропоновані Л.Н. Кріцманом, В.С. Немчиновим і іншими на основі обліку найму робочої сили, а також найму і здачі землі, робочої худоби і інвентаря), ставлять в одну лаву не лише фермера-підприємця або лихваря, але і, скажімо, власника бика-виробника. Учений підкреслював також принципові відмінності між наймом робочої сили з метою її експлуатації і найманою роботою за договором в селянських господарствах, годувальників, що втратили, або що відчували гостру нестачу робочих рук при проведенні сезонних робіт. В цілому А.В. Чаянов виступав проти тих, що мали місце в марксистській літературі 1920-х рр. перебільшених уявлень про ступінь капіталістичного розшарування російського села, які, як відомо, зіграли негативну роль при обгрунтуванні подальшої кампанії масового «розкуркулення».
А.В. Чаянов вважав, що поширена в радянській економічній літературі тричленна схема «кулак–середняк–бідняк» надмірно спрощувала і навіть огрублювала дійсність, бо зводила в одну (куркульську) групу як послідовно капіталістичні, так і міцні селянські господарства, що використовують найману працю як доповнення до праці членів самої селянської сім'ї. Цій схемі він протиставляв власну, більш дробову класифікацію, що включає шість типів господарств:
· капіталістичні;
· підлозі трудові;
· заможні родинно-трудові господарства;
· бідняцькі родинно-трудові;
· напівпролетарські;
· пролетарські.
У роботі «Основні ідеї і форми організації сільськогосподарської кооперації» (1927) Чаянов висунув оригінальний план вирішення соціальних протиріч в селі через кооперативну колективізацію різних типів господарств (з другого по п'ятий) з подальшим обмеженням і економічним витісненням експлуататорських стосунків і залученням сільських пролетарів до родинно-трудового господарювання за допомогою кооперативного кредиту.
Підкреслюючи переваги господарства родинно-трудового типу, що зумовили їх стійкість (використання прихильності селянина до землі, точний облік грунтово-кліматичних, погодних умов, детальне знання особливостей сільськогосподарської праці і т. п.), А.В. Чаянов не вважав за можливе ідеалізувати дрібне селянське господарство. Вже наголошувалося, що він виразно бачив ті перешкоди, які ставить родинно-трудова, віче на шляху науково-технічного прогресу (приклад з впровадженням молотарок). Крім того, сама мета селянського господарства – забезпечити споживання відносно невеликої по розмірах сім'ї – несла в собі вельми помітні межі для розширення товарності і спільного підйому виробництва.
Негативну роль в цьому плані грала також різко виражена сезонність сільськогосподарських робіт.
Шлях до кардинального підвищення ефективності аграрного сектора Чаянов убачав в масовому розповсюдженні кооперації, при якій від родинно-трудового господарства поступово відгалужувалися б і переходили у ведення крупних кооперативних товариств операції по переробці, зберіганню, збуту селянській продукції, закупівлі і обслуговуванню техніки, заготівці мінеральних добрив, насіння, племінна, селекційна робота, кредитна справа, словом, все ті операції, де крупне господарство має явна перевага над дрібною. На думку ученого, це допомогло б поєднувати переваги самостійного господарства окремої сім'ї з тими плюсами, які несе з собою обобществленное виробництво і обмін.
Перші роботи А. Чаянова по теорії кооперації з'явилися ще в дореволюційний період (статті по історії і практиці кооперативного руху в Італії, Бельгії, Франції; підготовка спільного лекційного курсу по історії і теорії кооперації). У післяреволюційний період створення кооперативної теорії Чаянова остаточно завершилося.
Вчений до кооперації з двох сторін – як до організаційної форми господарства і як до суспільного руху. Цінність кооперації як руху полягала, по Чаянову, в її антикапіталістичному і антибюрократичному змісті. Залучаючи селян до самостійної діяльності по закупівлі товарів, переробці і збуту продукції, здійсненню інших господарських функцій, кооперативи звільняють їх від експлуатації з боку перекупника, лихваря, купця, прасола. Кооперативи підтримують і розвивають тягу селян до форм господарської самоврядності (зборам, виборам правління і демократичному контролю за його роботою і т. п.).
Чаянов, як вже наголошувалося, протестував проти тенденції до одержавлення кооперативів, що вперше виразно виявилася в роки «військового комунізму». Всіляко відстоюючи самостійність кооперативних організацій, він виступав з позицій «узгодження інтересів» кооперації і держави – через генеральний договір держорганів з кооперативними центрами (з вказівкою твердих цін, тарифів і маршрутів перевезень, але без безпосереднього втручання ззовні в справи кооперативних товариств).
Згідно Чаянову, антикапіталістичний, антибюрократичний зміст кооперації багато в чому обумовлює економічний ефект її діяльності – відносно низькі ціни на продукцію і додатковий прибуток для її членів. У вигідності, господарській доцільності для селян убачав Чаянов перспективність кооперації і як господарської форми.