У основу чаяновской теорії кооперації покладені концепції організаційного плану і диференціального оптимуму розмірів підприємств. А.В. Чаянов вважав, що з погляду організації до кооперативів повинні відійти лише ті види діяльності, технічний оптимум яких перевершує можливості окремого селянського господарства. «Відщеплення» операцій походить зазвичай «від ринку до поля»: спочатку кооперативна форма розповсюджується на операції, що пов'язують господарство з ринком (кооперативи по закупівлях, збуті, кредиті), потім на процеси первинної обробки сировини (наприклад, олійництва, овочесушильні товариства), нарешті на виробничі біотехнологічні процеси (суспільства по розведенню племінної худоби, машинні, меліоративні товариства). Аж до кінця 1920-х рр. Чаянов виходив з того, що індивідуальні селянські господарства здатні вести ефективну обробку грунту і тваринництво, решта видів діяльності підлягає поступовій і добровільній кооперації.
Отже, А.В. Чаянов виступав як прихильник вертикальних форм кооперації. До горизонтальних форм, об'єднуючих «інтегральні землеробські артілі» (колгоспи), у тому числі на основі виробничої кооперації, він відносився прохолодно, указуючи на слабку пристосовність таких кооперативів до кон'юнктури ринку, небезпека свавілля з боку керівників, недостатність стимулів до праці.
В зв'язку з цим декілька слів необхідно сказати про співвідношення поглядів Чаянова з «ленінським кооперативним планом», тим паче, що спекуляції на цю тему зіграли згодом фатальну роль в житті ученого. Як відомо, Ленін в статті «Про кооперацію» (1923) висунувши спільну ідею про можливо плавніше і безболісне просування селянського господарства до соціалізму через використання вигод кооперації, не уточнив, які саме види кооперативів він мав на увазі. Швидше за все, передбачалося використовувати всі форми кооперації, включаючи виробничу. У цьому сенсі чаяновская концепція вертикальної кооперації відрізнялася від ленінської.
Проте відомо, що книги Чаянова були в бібліотеці • Ленина в Кремлі. Ленін знайомився з ними при підготовці вказаної вище статті. У свою чергу А.В. Чаянов неодноразово підкреслював свою солідарність з висловами Леніна про соціалізм як буд «цивілізованих кооператорів». Близькість їх позицій, звичайно ж, не слід перебільшувати. Але багато положень Чаянова – про самостійність кооперативів, їх зв'язок з ринком, добровільність і поступовість процесів кооперації – цілком співзвучні виводам Леніна (періоду непу), а згодом Бухаріна.
Іншими ідеями в реалізації кооперативного плану керувалися Сталін і його найближче оточення. Для них одній з цілей при проведенні суцільної колективізації (зачинаючи з 1929 р.) опинилося максимально можливе перекачування засобів з аграрного сектора в індустріальний, вибивання максимальної «дані» з селянства. Природно, концепція А.В. Чаянова йшла урозріз і з подібною метою, і із засобами її забезпечення (адміністративне об'єднання селян в колгоспах, жорстоке придушення всякого опору «суцільній колективізації», масова висилка не лише кулаків, але і частки заможних середняків, встановлення закупівельних цін на колгоспну продукцію на рівні, який був нижчий за дійсну вартість в 10–12 разів). Не випадково в мові на конференції аграріїв-марксистів 27 грудня 1929 р. Сталін говорив: «Незрозуміло тільки, чому антинаукові теорії «радянських» економістів типу Чаянових повинні мати вільне ходіння в нашому друці…». Після цього Чаянова стали незаслужено рахувати ідеологом куркульства, «ярим противником» соціалізму і марксизму.
Система теоретичних поглядів А.В. Чаянова була б розкрита неповно без аналізу його переконань на організацію сільськогосподарської галузі в цілому.
Вже літом 1917 р. учений висунув докладний план реконструкції аграрного сектора: передача землі у власність трудового селянства, введення трудової власності на землю (без права купівлі-продажу ділянок), передача державі поміщицьких господарств і зразкових маєтків, введення єдиного сільгоспподатку для часткового вилучення диференціальної ренти.
Програма Чаянова була вельми радикальною і передбачила багато аграрних нововведень епохи непу. Характерний, що вже в 1917 р. учений негативно віднісся до есерівської вимоги про зрівняльний наділ селян землею, вважаючи, що подібний режим землекористування не відповідає гнучкій природі родинно-трудового господарства і зажадає непосильних витрат при багатократних межових переділах.
Намічавши плани аграрного перевлаштування, Чаянов виходив з необхідності слідувати подвійному критерію – підвищення продуктивності праці і демократизація розподілу національного доходу. Пізніше їм було запропоновано розмежування двох типів рентабельності аграрних заходів: економічна рентабельність виражалася в зростанні доходів окремого господарства, соціальна – в реалізації інтересів всього народного господарства. Вже в ранніх роботах учений висунув положення про «Організований Суспільний Розум» як єдиного суб'єкта аграрної політики, тобто про підпорядкування аграрного сектора вищим довготривалим інтересам суспільства.
В післяжовтневий період в центрі уваги Чаянова знаходиться програма суспільної агрономії. Очолюваний ним інститут сільськогосподарської економії стає, по суті, теоретичним і методичним центром по розробці раціональних методів ведення сільського господарства. Сам Чаянов створює спеціальні роботи по інтенсифікації аграрної економіки Нечорнозем’я, російської Півночі. Його праця по економіці крупних аграрних регіонів, намічені тут заходи (спеціалізація регіону на економічно вигідних культурах, раціональне поєднання галузей при їх підлеглості галузі, що проводить найбільш рентабельні продукти, правильний землеустрій, використання досягнень аграрної науки) не втратили значення і по сю пору.
У зв'язку з розробкою проблем зрошуваного землеробства в Туркестані і в Голодному степу Чаянов висуває ідею активної державної політики по використанню водних ресурсів. Кінцева мета такої політики бачиться йому в досягненні найвищих урожаїв з одиниці зрошуваного майдану. Спираючись на власну концепцію водної ренти, учений пропонує ввести плату за воду і регулювати її з урахуванням змін цін на продукти і засоби виробництва, а також капітальних витрат.
Крупним досягненням Чаянова є висунута ним теорія диференціального оптимуму сільськогосподарських підприємств. По Чаянову, оптимум має місце там, де за інших рівних умов собівартість отримуваних продуктів буде найменша». Згідно Чаянову, в аграрному секторі економіки оптимальні розміри господарств вельми сильно залежать від природно-кліматичних, географічних умов, біологічного характеру процесів, інших особливостей, тому облік регіонального чинника тут особливо необхідний.
Чаянов висунув просту методику визначення оптимальних розмірів підприємства. Так, в землеробстві всі елементи собівартості підрозділялися їм на три групи: що зменшуються при укрупненні господарств (адміністративні витрати, витрати по використанню машин, устаткування, споруд); що збільшуються при укрупненні господарств (транспортні витрати, втрати
пов'язані з погіршенням нагляду за якістю праці); не залежні від розміру господарства (вартість насіння, добрив, навантажувально-розвантажувальні роботи і т.д.).
По Чаянову, завдання знаходження оптимуму зводиться до знаходження крапки, в якій сума всіх трьох видів витрат на одиницю продукції буде мінімальною.
Аж до середини 1920-х рр. концепція диференціальних оптимумів використовувалася Чаяновим в цілях обгрунтування «вертикальної кооперації» (для самостійних і відносно невеликих селянських господарств). Би 1928–1930 рр. положення різко змінилося. У вказані роки в центрі уваги А. В Чаянова знаходяться вже питання організації крупних і найбільших сільськогосподарських підприємств – радгоспів. Такий поворот в наукових заняттях, що ознаменував фактично розривши з колишньою концепцією індивідуального родинно-трудового господарства (як основи аграрного сектора)» не є підсумком природної ідейної еволюції ученого. Швидше мова йшла про вимушений компроміс з системою, яку сам він іменував «державним колективізмом».
Чаянов, мабуть, розумів, що при нових політичних реаліях індивідуальне селянське господарство зберегтися більш не може. Разом з тим він органічно не міг виправдовувати і обгрунтовувати заходи щодо адміністративного насадження колгоспів. Радгоспна форма представлялася йому прийнятнішою, оскільки її легко було використовувати для впровадження механізації, передових методів аграрної науки. Погодившись з висунутою раніше ідеєю про розрізнення соціальної і економічної рентабельності, Чаянов запропонував потрійний критерій оцінки діяльності крупних радгоспів: по ступеню виконання ними державного плану з погляду обліку інтересів регіону і, нарешті, по рівню прибутковості самого підприємства. У розроблених їм організаційні плани радгоспів учений включив нові способи використання техніки: тракторні колони, застосування системи машин (трактор, комбайн, вантажівка), табірне виконання робіт, при якому сільськогосподарська техніка, інколи з працівниками, залишається на ніч в полі і що проблема індивідуальної мотивації праці, що займала раніше одне з центральних місць в творчості Чаянова, в роботах 1928–1930 рр. практично не дослідилася.
Нова програма Чаянова передбачала першочергове створення гігантських (розміром в 40–100 тис. га) централізованих керованих господарств по виробництву зерна. Після простих з погляду організації зернових радгоспів дана форма повинна була розповсюджуватися в овочівництві, льонарстві, бавовництві. Для підприємств кожної галузі ученим були розроблені диференційовані технічні і організаційні нормативи. По Чаянову, всеосяжна система механізованого землеробства повинна була сформуватися досить швидко – за 10–15 років.