Поэтапное разрешение территориального спора между Россией и Японией стало иметь место приблизительно с 1992 г. по настоящее время. Такая позиция была высказана во время поездки в Японию Б.Н. Ельцина в январе 1990 года. Она предусматривала пять этапов урегулирования территориальной проблемы:
1. признание нашей страной существования территориальной проблемы;
2. демилитаризация островов;
3. установление на спорных островах свободной экономической зоны с предоставлением приоритета японскому бизнесу;
4. подписание мирного договора и установление «совместного управления» островами;
5. поиск путей окончательного решения вопроса будущим поколением политиков.
В ходе визита в Японию министра иностранных дел России А. В. Козырева 19-22 марта 1992 г. и его переговоров с Премьер-министром Японии К. Миядзавой и министром иностранных дел М. Ватанабэ по проблемам заключения мирного договора и территориального размежевания с российской стороны было подтверждено, что Россия как государство-продолжатель СССР признаёт без каких-либо исключений все договоры и соглашения, заключенные СССР с другими государствами, и это положение в полной мере относится и к Совместной декларации между СССР и Японией 1956 г. Было отмечено, что вопрос о мирном договоре российское руководство намерено решать на основе принципов законности и справедливости, отказываясь от концепции строительства отношений по формуле «победитель- побежденный» во Второй Мировой Войне. Малоизвестен тот факт, что не умаляет его важность, что в это время японским дипломатам был «любезно» (безвозмездно ли?..) предоставлен один документ из архивов МИД. Речь идёт об инструкции Николая I адмиралу Путятину, с которой он отправлялся на переговоры с Японией в 1853 г. Император полагал возможным при определённых условиях согласиться на настояние Японии и признать, что «от нашей стороны южная оконечность сего острова была [и ныне остаётся] границей с Японией». Данную записку японские дипломаты представляют в качестве неопровержимого доказательства «изначальной» принадлежности ряда оспариваемых сегодня островов Японии.
11-13 октября 1993 г. состоялся визит в Японию Президента России Б.Н. Ельцина, в ходе которого были приняты Токийская декларация о российско-японских отношениях и Декларация о перспективах торгово-экономических и научно-технических отношений между РФ и Японией. Помимо этих двух главных документов был также подписан «пакет» из 16 совместных документов о сотрудничестве в практических областях.
Токийская декларация была подписана 13 октября 1993 г. Президентом России Б.Н. Ельциных и Премьер-министром Японии М. Хосокавой. Она предусматривает: «Президент Российской Федерации и Премьер-министр Японии, придерживаясь общего понимания о необходимости преодоления в двусторонних отношениях тяжелого наследия прошлого, провели серьёзные переговоры по вопросу о принадлежности островов Итуруп, Кунашир, Шикотан и Хабомаи. Стороны соглашаются в том, что следует продолжать переговоры с целью скорейшего заключения мирного договора путём решения указанного вопроса, исходя из исторических и юридических фактов и на основе выработанных по договорённости между двумя странами документов, а также принципов законности и справедливости и таким образом полностью нормализовать двусторонние отношения. В этой связи Правительство Российской Федерации и Правительство Японии подтверждают, что Российская Федерация является государством-продолжателем СССР и что все договоры и другие международные договорённости между Советским Союзом и Японией продолжают применяться в отношениях между Российской Федерацией и Японией».
Необходимо обратить внимание на формулировку «о принадлежности», а не «о японских территориальных претензиях» как это должно было быть, поскольку не существует проблемы принадлежности островов (они принадлежат России), есть лишь проблема территориальных претензий Японии. Кроме того, сами острова в Декларации ни разу не названы территорией Российской Федерации, что недопустимо в подобных документах. При чём, претензии Японии признаются вновь не на два - Хабомаи и Шикотан, - а на четыре острова, включая острова Кунашир и Итуруп, хотя в Совместной советско-японской декларации 1956 г., на которую всё время ссылаются в Токио как на базу развития двусторонних отношений, говорится о возможной передаче Японии после заключения мирного договора только первых двух островов (островов Малой Курильской гряды), а о Кунашире и Итурупе не говорится ни слова. Таким образом, опираясь на Декларацию 1956 г., о претензиях Японии можно говорить применительно лишь к островам Малой Курильской гряды, а о двух других островах, кстати, крупнейших в архипелаге, речь вообще идти не должна.
В Декларации о перспективах торгово-экономических и научно-технических отношений между РФ и Японией отмечается, что Правительства РФ и Японии, «принимая во внимание то, что по мере продвижения реформ в Российской Федерации будут возрастать возможности для развития двусторонних торгово-экономических отношений, а также руководствуясь намерением обеспечить сбалансированное расширение двусторонних отношений в целом, соглашаются и впредь добиваться дальнейшего развития сотрудничества с перспективой на будущее в этих областях» (топливо и энергетика, транспорт и связь, конверсия, охрана окружающей среды и некоторые другие области).
Таким образом, значение данного визита состоит в том, что после него в позиции японского руководства по отношению к методам урегулирования территориального спора с Россией произошли существенные изменения. От концепции «либо острова, либо ничего» Япония перешла к доктрине «расширенного баланса», предусматривающей поступательное движение вперёд в области политики и экономики. Это, в принципе, объяснимо, т. к. японская дипломатия и в самых сладостных грёзах до этого не мечтала о признании Россией претензий не на два, а сразу на четыре острова. Таким образом, первый этап «плана Ельцина» был завершён быстро и без каких-либо существенных осложнений. Для Японии.
В 1994-1996 гг. начал осуществляться и второй этап - демилитаризация островов. В результате на Южных Курилах фактически остались лишь пограничные заставы и морские подразделения. При этом противостоящая России военная группировка Японии на о. Хоккайдо не только не уменьшилась, но увеличилась и дополнительно усилилась за счёт оснащения новейшими вооружениями.
Видя такое развитие событий, Япония восприняла это как признак слабости России и развернула беспрецедентный нажим на российскую сторону, инициировав массовый несанкционированный заход специально подготовленных быстроходных судов в территориальные воды у Южных Курил якобы для промысла рыбы. Количество таких нарушений достигало 10 тыс. в год. В этих условиях тогдашний директор ФПС генерал Николаев добился разрешения на применение против нарушителей силы вплоть до открытия огня, что ранее, в советское время, никогда не применялось. Такое развитие событий поставило под угрозу весь пятиэтапный план Ельцина. Срочно были применены дипломатические коррективы, начались переговоры о предоставлении японским судам (по существу браконьерам) права промысла в наших территориальных водах.
В 1998 г. была подписана Московская декларация «Об установлении созидательного партнёрства между РФ и Японией». Если в Декларации 1956 г. и советско-японском Заявлении 1991 г. положение о безопасности было главенствующим, то из Токийской и Московской деклараций оно исчезло. Вместо него было введено новое понятие законности, которое каждая сторона, естественно, может трактовать по-своему. Московская Декларация стала частью третьего этапа реализации «плана Ельцина», сюда также можно отнести безвизовый въезд на Южные Курилы японских граждан, заключение Рыболовного соглашения 1998 г., оказание Японией различной гуманитарной помощи жителям островов, призывы российских властных структур к японским деловым кругам к инвестициям в этом регионе.
Помимо Московской декларации немалый интерес вызывает упомянутое Рыболовное соглашение, подписанное Борисом Немцовым, в то время зампредом правительства РФ, в феврале 1998 г. сроком на три года. Главное, что обращает на себя внимание, это фактически зафиксированный в нём отказ России от своих суверенных прав в своих территориальных водах в районе Южных Курил, т. е. на своей территории.
Данный вывод прямо вытекает из текста Соглашения, где в первой статье сказано, что «стороны сотрудничают в целях осуществления промысла живых ресурсов японскими рыболовными судами в морском районе... у островов Итуруп, Кунашир, Шикотан и Хабомаи, а также сохранения, рационального использования и воспроизведения живых ресурсов в этом морском районе». Таким образом, Россия сотрудничает с иностранным государством, ведущим промысел в наших территориальных водах (т.е. на нашей территории), а не разрешает ему вести этот промысел за соответствующую плату, как это всегда бывает в подобных случаях. Более того, из формулировок статей 1 и 2 вытекает также, что японские рыбаки будут вести промысел в явочном порядке не в территориальных водах России, а в безымянном, никому не принадлежащем «морском районе», о государственной принадлежности которого не говорится ни слова.