Летом 1996 г. секретарь Совета безопасности А. Лебедь начал переговоры с начальником штаба вооруженных формирований Чечни А. Масхадовым, возглавившим чеченское сопротивление после гибели Д. Дудаева. 31 августа 1996 года в г. Хасавюрте (Дагестан) было подписано совместное Заявление о прекращении военных действий в Чечне.Согласно ему вопрос о статусе Чечни должен быть решен до 31 декабря 2001 года. Война закончилась, в ней погибло около 4,5 тыс. российских военнослужащих и 703 пропали без вести.
Рост влияния А. Лебедя вызвал недовольство окружения президента и в октябре 1996 года указом Б.Н. Ельцина А. Лебедь был освобожден от обязанностей Секретаря Совета Безопасности. Российские войска были выведены из Чечни, что означало поражение России. Сторонники Завгаева были брошены на произвол судьбы, большая часть их была арестована, многие уничтожены. В самой России война вызвала крайне негативную реакцию. В марте 1997 года президентом Чеченской республики Ичкерия был избран А. Масхадов. Он стал проводить курс на достижение независимости от России. В конкретных условиях того времени признание независимости Чечни могло вызвать усиление сепаратистских тенденций в других регионах России. Затягивание решения проблемы рано или поздно вело к новому противостоянию. В августе 1999 г. отряды чеченских боевиков вторглись на территорию Дагестана с целью расширения конфликта. Почти одновременно в Москве, Волго-Донске прогремели взрывы жилых домов. Ответной реакцией федеральных властей на террористические акты стал ввод войск в Чечню. К началу марта 2000 г. Вооруженные силы России разгромили основные группировки чеченских боевиков.
После распада Советского Союза сложилась принципиально новая внешнеполитическая ситуация для России. Вместо бывшего СССР образовалось 15 новых государств. Начался раздел вооружения, процесс создания национальных армий. Возникли новые очаги напряженности, споры о границах, локальные конфликты, могущие перерасти в новую войну (Карабах, Южная Осетия, Абхазия, Приднестровье, Таджикистан и др.). Значительно пострадала обороноспособность России. Границы с бывшими республиками СССР практически отсутствовали. Наиболее мощные группировки войск были расположены вдоль границ бывшего СССР и теперь стали ядром армии новых государств. Российский флот лишился баз в Прибалтике. Была фактически разрушена единая система ПВО.
Приоритетным направлением внешней политики России становились отношения с ближним зарубежьем. Однако понимание этого пришло не сразу. Первоначально российская дипломатия уделяла первоочередное внимание улучшению отношений с Западом.
Цели Союза независимых государств (СНГ) не были четко определены, не было создано совместных органов, способных реально выполнять объединяющие функции (как в Европейском Союзе). Ряд государств, в первую очередь Украина, вообще рассматривали СНГ как орган должный обеспечить «цивилизованный развод» бывших республик СССР. Острые проблемы возникли уже в ходе раздела вооруженных сил и вооружений бывшего СССР. Воинские части, за исключением стратегических ядерных сил, переподчинялись тому государству, на территории которого они располагались. Сразу же возник конфликт между Россией и Украиной по поводу Черноморского флота. Президент Украины Л. Кравчук перевел все вооруженные формирования, дислоцируемые на территории Украины, в том числе и флот, под ее юрисдикцию. Россия заявила, что Черноморский флот принадлежит ей. Начался стихийный раздел флота. Этот конфликт осложнился вопросом о статусе города Севастополя. Ряд политических деятелей России стали оспаривать законность передачи в 1954 году Украине полуострова Крым. После долгих переговоров в июне 1995 года президентами двух стран было подписано соглашение о разделе флота в пропорции 2:1 (две трети – России, одна треть - Украине).
Встал вопрос о разделе ядерных вооружений бывшего СССР, размещенных на территориях России, Украины, Белоруссии и Казахстана. Белоруссия и Казахстан сразу заявили о своем статусе неядерных держав, Украина же объявила себя собственником ядерного оружия, расположенного на ее территории. Только после давления со стороны США, она отказалась от претензий на то, чтобы стать ядерной державой в обмен на обязательство России поставлять обогащенный уран для украинских АЭС.
Первоначально при создании Союза Независимых государств (СНГ) планировалось сохранение единого экономического пространства. Предполагалось координация экономических реформ, сохранение рубля в качестве единой валюты. Страны СНГ не смогли договориться о проведении единой экономической политики. Торговля между Россией и странами СНГ велась в значительной части в кредит, который предоставлял Центральный банк России. Кредиты были беспроцентными или под очень низкий процент, что в условиях инфляции было крайне невыгодно России. В июле 1993 года Россия ввела новый российский рубль, что привело к распаду единой рублевой зоны. Это вызвало гиперинфляцию в странах СНГ, экономический кризис и распад единого экономического пространства.
В целях сохранения экономических связей 24 сентября 1993 года девять бывших республик подписали договор об экономическом союзе, предусматривающий углубление интеграции, формирования зоны свободной торговли. Но договор этот остался во многом на бумаге. Российское руководство установило экономические границы, выставило таможенные посты. Делалось это для того, чтобы оградить российские предприятия от конкуренции товаров «ближнего зарубежья». Но в результате Россия понесла большие политические потери. Она потеряла свободный выход к рынкам Европы и Центральной Азии и вынуждена была платить за транзит своих товаров через территории государств СНГ. Сокращение товарооборота со странами СНГ привело и к переориентации их экономик на сотрудничество с другими партнерами. Сейчас на долю стран СНГ приходится лишь 25% внешнеторгового оборота России.
Важной проблемой для России стала проблема беженцев. В результате распада СССР за пределами России оказалось более 25 млн. русских. Страны Балтии открыто взяли курс на вытеснение русских, проводя политику на правительственном уровне. В Латвии, например, не владеющие языком коренной нации не являлись гражданами, не могли избрать и быть избранными, владеть недвижимостью, занимать ряд государственных должностей. Этнические проблемы остро встали в Киргизии, Молдове, Казахстане и др. Началось переселение этнических русских и представителей других российских национальностей в Россию. Число иммигрантов составило 2-2,5 млн. человек. Возникли проблемы с жильем, с трудоустройством беженцев.
Если в экономическом отношении в странах «ближнего зарубежья» шел процесс экономической дезинтеграции, то военное сотрудничество продолжало сохраняться. Российские пограничники охраняли границы Содружества на Кавказе и в Средней Азии, где существовала реальная угроза вторжения из соседнего Афганистана. Российские миротворческие группировки сохраняются в «горячих точках» – в Приднестровье, в Абхазии, в Южной Осетии. Правительство Грузии и Армении обратились к российскому руководству с предложением о создании российских военных баз на их территории.
Постепенно в странах СНГ усиливаются тенденции к установлению более тесных отношений с Россией. Весной 1996 года в рамках СНГ было подписано соглашение о более тесной интеграции четырех его участников – России. Беларуси, Казахстана и Киргизии, весной 1998 года к ним присоединился Таджикистан. В декабре 1999 года был подписан договор об объединении Беларуси и России. Согласно договору оба государства сохраняли свой суверенитет, но создавались межнациональные органы, которым делегировался ряд полномочий.
После крушения СССР, внешняя политика России ориентировалась в основном на Запад, сближение с США. Россия проводила политику уступок, шла навстречу стратегическим интересам западных стран. Руководители России не хотели мириться с потерей статуса великой державы и питали иллюзии о возможности равноправных отношений с США. Президент Б.Н. Ельцин официально заявил, что ядерные ракеты России не нацелены больше на объекты на территории США. В подписанный во время визита в США Б.Н. Ельцина в июне 1992 года декларации было заявлено, что «Россия и Соединенные Штаты Америки не рассматривают друг друга в качестве потенциальных противников». В январе 1993 года между Россией и США был заключен новый договор об ограничении стратегических наступательных вооружении (ОСНВ-2), согласно которому к 2003 году должно быть достигнуто сокращение ядерного потенциала обеих стран на 2/3 по сравнению с уровнем, определенным договором ОСНВ-1. Россия согласились в одностороннем порядке снять с боевого дежурства ракеты СС-18, составлявшие основу советского стратегического потенциала. Этот шаг означал по существу отказ от военно-стратегического паритета.
Российская дипломатия в своих решениях послушно следовала в фарватере внешней политики США. Россия поддержала экономические санкции против Ирака, присоединилась к международным экономическим санкциям против Югославии. Во многом такая уступчивость российской дипломатии объяснялась и надеждами на широкомасштабную помощь Запада.
Однако надеждам России не удалось сбыться. США не стремились рассматривать нашу страну как равноправного партнера. США остались единственной сверхдержавой и стремились максимально использовать свое положение. В 1994 году ряд бывших социалистических стран, а так же страны Балтии (Литва, Латвия, Эстония), заявили о своем намерении вступить в НАТО. Россия уже не имела реальных рычагов влияния на развитие событий. Ей было заявлено, что Североатлантический пакт не направлен против каких-либо стран, а является гарантией общей безопасности в Европе. В качестве компромисса была предложена программа «Партнерство во имя мира», которая устанавливала формы военного сотрудничества стран бывшего Варшавского Договора и НАТО. Россия присоединилась к этой программе. Однако расширение НАТО на восток эта программа ни коим образом не отменяла. В июне 1997 года на сессии Совета НАТО в Мадриде было принято решение о приеме в НАТО Польши, Венгрии, Чехословакии.