Расширение товарооборота между США, Канадой и Мексикой, и в частности рост импорта США из стран НАФТА, способствует росту дефицита торгового баланса США, который в 2005 г. уже превысил 720 млрд. долл. Канада и Мексика занимают четвертое и пятое места среди стран, с которыми США имеют самый большой торговый дефицит (после Японии, Китая и Германии)
Еще одна проблема - усилившаяся конкуренция со стороны Мексики на рынке сельскохозяйственной продукции. Американские производители не выдерживают конкуренции со странами существенно более дешевого импорта из Мексики. В связи с резко возросшими поставками сельскохозяйственной продукции из Мексики вес большую актуальность приобретает проблема контроля над качеством импортируемых сельскохозяйственных продуктов. В Мексике активно используются многие виды пестицидов, запрещенных в США.
Для Мексики в числе отрицательных эффектов можно выделить два основных. Во-первых, это растущая зависимость страны от американских корпораций, что порой ставит под угрозу сам факт существования целых отраслей национальной индустрии. Во-вторых, усиливающееся загрязнение окружающей среды в Мексике от хозяйственной деятельности американских и канадских компаний.
С возникновением и развитием НАФТА усилилась конкурентная борьба между тремя мировыми лидерами - Северной Америкой, Западной Европой и Японией - но уже в новой конфигурации этих центров, с новым соотношением сил.
Интеграция стран в общий рынок обычно происходит болезненно. Теоретически цена такого переустройства должна равно разделяться между всеми участниками. На практике, однако, Мексика несет более тяжелое бремя, чем США и Канада, поскольку она стартовала с более слабых экономических позиций. Если в ЕС существует компенсационный финансовый механизм, то в НАФТА он отсутствует.
Хотя НАФТА стимулирует взаимную торговлю, однако ее недолгая история знает и примеры торговых «войн», когда члены НАФТА не могли договориться о мерах регулирования торговли. Так, в 1996-1997 шли «лососевая война» между Канадой и США, «яблочная война» Мексики против американских экспортеров, «помидорная война» Мексики с США.
Несмотря на критику, преобладают положительные оценки перспектив развития НАФТА. Его рассматривают как основу для более широкой интеграции стран всего западного полушария. Условия НАФТА предоставляют возможность вступления в эту организацию новых государств, не устанавливают каких-либо географических ограничений. В политическом плане предполагается создание в перспективе «сообщества демократий западного полушария» - своего рода конфедерации американских стран с прозрачными границами и единой экономикой.