В 2003 году экспорт составил 2408,5 млн. крон, импорт 2033,3 млн. крон, сальдо было положительным и равнялось 375,2 млн. крон. Экспорт в 2003 году экспорт характеризовался быстрым ростом поставок транспортных средств (27,4 % от экспорта) и продовольственных товаров (23,1 %). В 2003 году между двумя странами по-прежнему существовал существенный ряд разногласий, и отношения оставались сложными. Так 30 августа 2003 года правительство Эстонии приняло постановление об обложении 70-ти процентной пошлиной пшеницы, импортируемой из России. Несколько позже со стороны Эстонии были ужесточены правила таможенного контроля для товаров из России. В реакцию на это российская сторона ответила тем, что в конце 2003 - начале 2004 года ввела квоты и лицензирование на вывоз из России в Эстонию некоторых товаров (например, спирт, пшеницу, рыбу). Такой шаг Россия объясняла необходимостью защиты своего внутреннего рынка. Большая часть товаров, на которые распространялись введенные ограничения, относилась к разряду продовольственных товаров (150 наименований из 800). Экспорт в Россию вырос в 2004 году по сравнению 2003г. в 1,6 раза, импорт в 1,8 раза. Сальдо баланса внешней торговли с России было положительным.
В 2003-2004 годах удельный вес продовольственных товаров сильно возрос. В 2004 году он составлял уже 42,1% всего экспорта. Значительно в экспорте уменьшилась доля предметов готовой одежды, мебели, станков и оборудования, но в сравнении с 2001 годом довольно возросла доля транспортных средств. Состоявшееся в 2004 году падение вывоза автомобилей не был характерен только в экспорте в Россию - это была общая тенденция. Но бум торговли автомобилями (особенно ввоз и вывоз подержанных автомашин) во внешней торговле Эстонии уже прошел. В 2004 году возросла доля минеральной продукции, это было связано с тем, что бартерной сделкой Эстония продала электроэнергию взамен на каменный уголь.
Вывоз продовольственных товаров в Россию развивался в 2004 году довольно быстро и интересно. На это оставило отпечаток установка со стороны России повышенных таможенных тарифов на вывозимые из Эстонии товары. Этот шаг, как признала российская сторона, имел чисто политическую подоплеку. Их ввели 15 марта 2004 года, но через две недели отменили. Заново вступили в силу повышенные тарифы с 1-го июля. Из-за этого до указанного срока был вывезен очень много продовольственных товаров. Особенно это было характерно в июне. По новым правилам товары Эстонии подлежали обложению двойным тарифом по сравнению с нормальной ставкой. Из-за этого в июле произошло резкое снижение экспорта продовольственных товаров ( в апреле 2004 года это снижение было меньше). Если за июнь месяц общий экспорт составил 404,2 млн. крон, то в июле эта цифра уменьшилась до 240,9 млн. крон. Такой спад (на 40 %) произошел, прежде всего, из-за уменьшения на 2/3 объема экспорта продовольственных товаров (с 220 млн. крон в июне до 70 млн. крон в июле). Но в последующие месяцы 2004 года вывоз постоянно рос и достиг прежнего уровня к концу года. В итоге Эстония даже закончила 2004 год с положительным сальдо 294,6 млн. крон. Хотя в последние годы, как было уже рассмотрено, сальдо баланса внешней торговли с Россией было положительно, но в 2005 году оно резко изменилось и стало отрицательным. Виной этому было как раз то, что летом 2004 года со стороны России были введены повышенные таможенные тарифы для товаров из Эстонии. В то время как экспорт эстонских товаров в Россию уменьшился и составил 17,5 % от общего экспорта Эстонии, увеличился импорт оттуда на 29,9 % . Уменьшение объема экспорта было обусловлено, прежде всего, с уменьшением вывоза продовольственных товаров почти на четверть (на 23,8%). Импорт товаров из России составил в 2005 году 16,1 % от общего импорта Эстонии.
Среди товаров, ввозимых из России, на лидирующем месте были минеральные товары, хотя увеличение их импорта (на 15,3 %) было меньше от роста всего импорта. Ввоз товаров из России увеличился в большинстве групп товаров, но больше всего вырос импорт транспортных средств (на 120,5 %) и металлов и изделий из металлов (на 105,7 %). Оборот товаров, ввозимых из России в Эстонию для переработки с последующем возвратом в страну - изготовитель, в 2005 году увеличился почти в два раза . Переработка охватывает в основном минеральные товары ( 165,1 млн.крон ) и транспортные средства ( 164 млн. крон ), а также предметы готовой одежды ( 82 млн. крон ). Если посмотреть последние статистические данные можно сделать вывод, что торговые отношения у Эстонии с Россией развиваются медленно и не очень благоприятно для Эстонии: экспорт туда увеличился по сравнению с 2005 годом приблизительно на 11 % , и импорт также увеличился почти на 11 %. Таким результатом торговый дефицит увеличился на 10 %.
Экспорт в2005 году вырос на 11,2 % за счет увеличения вывоза следующих товаров : пищевых продуктов ( на 19,3 % ), химических продуктов ( на 17,9 % ), предметов готовой одежды ( на 69,1 % ), дерева и бумаги (на 22 % ), металлов и изделий из металлов ( на 33,4 % ) (14) (Прил. 1). Импорт из России увеличился из-за увеличения импорта химических товаров (на 102 %), дерева (на 23 %), металлов и изделий из металлов (на 33 %). (Прил.2). Сальдо на окончание 2004 года было отрицательным ( -1085,8 млн. крон), и отставание было большим, чем в 2004 году ( -985,2 млн. крон ). Не спасло и увеличение сальдо торговли продовольственными товарами (с 708,5 млн. крон до 866,4 млн. крон) и транспортными средствами (с 155,2 млн. крон до 449 млн. крон), а также изменение отрицательного сальдо торговли готовой одеждой в положительную сторону (с -27,8 млн. крон до 100,6 млн. крон).
В целом, к концу 2005 года между Эстонии и Россией сложилась следующая структура внешней торговли. Россия продолжает оставаться одним из крупнейших торговых партнеров Эстонии. Хотя по сравнению с 2005 годом роль самых главных партнеров (России и Финляндии) уменьшилась. В настоящий момент она стабильно занимает второе место, как по экспорту, так и по импорту. Общая доля России в торговле с Эстонии равнялась 14,4 % (Финляндии - 25,6 %). За 9 месяцев 1996 года ее доля в экспорте составила 16,8 % , уступая только Финляндии (18,4 %), а в импорте - 12,8 % , значительно уступая той же Финляндии (30,4 %). Для сравнения за тот же период в 2005 году эти цифры для России были 17,4 % и 16,7 %, соответственно.
Структура товарообмена, которая сформировалась в 2002 году, в целом значительных перемен не претерпела и сейчас имеет следующий вид. Основными предметами экспорта являются продовольственные товары, а также транспортные средства. Вместе они составляют 53,4 %. Все остальные товары занимают сравнительно небольшую часть. Наиболее важным для Эстонии является экспорт продовольственных товаров. Россия является главным их импортером и туда было вывезено в 2005 году на сумму 1489,5 млн.крон. Для российских покупателей наибольший интерес представляют молоко и молочные продукты, а также готовые продукты из рыбы и мяса. Между тем, спрос на эстонские продовольственные товары значительно превышает их предложение. Эстонская продукция, произведенная на уровне мировых стандартов, хорошо зарекомендовала себя на российском рынке, показав высокую конкурентоспособность. Второй по важности статьей эстонского экспорта в Россию является экспорт транспортных средств. В 2005 году было их экспортировано на сумму 707,8 млн.крон, что составило 17,2 % общего экспорта в Россию. Наибольшим спросом в России пользуются машины советского производства, ввозимые в основном из Германии и германии. Это объясняется высоким таможенным тарифом на ввозимые иномарки.
Наиболее важным в сфере импорта здесь с большим отрывом от остальных товаров по-прежнему на первом месте стоит минеральное топливо. Это легко объясняется известным фактом, что Эстония очень плохо обеспечена необходимыми для ее экономики энергоносителями, и поэтому импорт топлива имеет для нее стратегически важное значение. Минеральное топливо является одной из крупнейших статей эстонского импорта .В 2005 году в Эстонию из России было ввезено топлива на сумму 2299,9 млн.крон, что составило 44,2 % всего импорта.(Прил.2). Из России ввозится большая часть каменного угля, бензола, толуола, керосина, дизельного топлива, а также 100 % природного газа. В последнее время резко возрос импорт автомобильного бензина. Если раньше крупнейшим поставщиком бензина была Финляндия, то теперь у нее появился достаточно серьезный конкурент в виде России. Если анализировать цены минерального топлива можно сделать выводы, что цена на бензин в России на данный момент находится на мировом уровне. Довольно выгодно покупать у России и дизельное топливо, и мазут. Например, покупая дизель в Финляндии, приходится платить приблизительно на четверть больше. А покупая мазут из Литвы, приходится платить на 1/3 больше.
Другая ситуация с газом. В данном случае Эстония частично зависит от поставок из России потому что, газ попадает в Эстонию по трубопроводам. А с другими государствами у Эстонии трубопроводная связь отсутствует. После введения Россией двойных таможенных налогов для Эстонии местные бизнесмены стали использовать так называемый “Украинский коридор” для торговли с Россией. За последнее время резко увеличилась торговля Эстонии с Украиной. В 2004 году экспорт из Эстонии на Украину составил 518,2 млн. крон, а в 2005 году (после последствий введения Россией двойных налогов) соответственно 790 и 1262 млн. крон. Произошло увеличение экспорта на 60 %. Однако как показала статистика, только треть прибывших из Эстонии товаров оседало на территории Украине. Остальная часть переправлялась в Россию. Вот такой интересный ход использовали эстонские предприниматели, чтобы избежать двойных налогов. Однако с осени 2005 года и “Украинский коридор” для Эстонии закрылся . Россия ввела сбор 20-ти процентного налога на добавленную стоимость с товаров, ввозимых с территории Украины. Теперь стоимость экспорта в Россию через Украину сравнялся с экспортом напрямую. Этот шаг нанес серьезный удар по эстонским бизнесменам, торгующим с Россией. Также с начала 2005 года в России вступило в действие постановление, по которому за импортируемый туда или проходящий транзитом спирт в дополнение к пошлинам на границе нужно платить акциз и налог с оборота. Можно сказать, что это нанесло серьезный удар на экспорт эстонских спиртовых заводов, он прекратился.