Еще более существенно то, что фонологический уровень - по самой своей природе - является средоточием различных по характеру, хотя и взаимосвязанных, явлений и процессов. Так, например, исследование, проведенное Т.М. Николаевой ("Просодия Балкан"), выявило безусловные характеристики балканской интонационной системы, что, вне всякого сомнения, свидетельствует в пользу существования фонетических балканизмов. С другой стороны, просодические особенности этих языков (например, характер ударения) связывают с разной ритмической структурой, в свою очередь, обусловленной разной структурой слога, что позволяет разделить балканские языки на два типа, соответствующие двум типам произношения (по И. Савицкой) - ассимилирущему (accommodative) и неассимилирующему (non-accommodative), характеризующимся богатым консонантизмом, редукцией гласных, многочисленными ассимиляциями, развитием палатальных согласных и оппозицией по твердости-мягкости, с одной стороны, и бедным консонантизмом и четким произнесением соседних сегментов, редко меняющихся под влиянием контекста, - с другой. В принципе, само существование этих двух типов может быть обусловлено как особой социолингвистической ситуацией на Балканах, так и влиянием соседних, например, восточнославянских языков. Наконец, явления фразовой фонетики напрямую связаны с синтаксическим строем языка, а фонематика не может рассматриваться в отрыве от его морфологической системы.
Как бы то ни было, любое исследование каждого отдельного уровня или языковых систем балканских языков в целом предполагают ответ на один самый существенный, как представляется, вопрос: являются ли те или иные черты результатом заимствования (взаимовлияния) или же речь идет о типологическом сходстве.