Вернувшись в Москву, Иван III решается на небывалый шаг. В нарушение древнего обычая он присоединяет все земли умершего Юрия к великому княжению, не поделившись с братьями. Назревал открытый разрыв. Примирить сыновей сумела в тот раз мать — Мария Ярославна. По заключённому ими соглашению Андрей Большой (Углицкий) получал город Романов на Волге, Борис — Вышгород, Андрей Меньшой — Тарусу. Дмитров, где княжил покойный Юрий, остался за великим князем.
Давно Иван Васильевич лелеял мысль о том, чтобы добиться увеличения своей власти за счёт братьев — удельных князей. Ещё незадолго до похода на Новгород он провозгласил своего сына великим князем. По Коростынскому договору права Ивана Ивановича были приравнены к правам отца. Это поднимало наследника на небывалую высоту и исключало претензии братьев Ивана III на престол. И вот теперь был сделан ещё один шаг, закладывавший основу новых отношений между членами великокняжеской семьи. В ночь с 4 на 5 апреля 1473 г. Москва была объята пламенем. Сильные пожары, увы, были делом нередким. В эту ночь отошёл в вечность митрополит Филипп. Его преемником стал епископ Коломенский Геронтий. Ненадолго пережил покойного владыку Успенский собор, его любимое детище. 20 мая рухнули стены храма, уже почти достроенного. Великий князь решил сам заняться возведением новой святыни. По его поручению в Венецию отправился Семен Иванович Толбузин, который вёл переговоры с искусным каменных, литейных и пушечных дел мастером Аристотелем Фиораванти. В марте 1475 г. итальянец прибыл в Москву. Он возглавил строительство Успенского храма, доныне украшающего Соборную площадь Московского Кремля.
Поход "миром" на Великий Новгород. Конец вечевой республики
Побежденный, но не подчинившийся до конца, Новгород не мог не беспокоить великого князя московского. 21 ноября 1475 г. Иван III прибыл в столицу вечевой республики "миром". Он всюду принимал дары от жителей, а вместе с ними и жалобы на произвол властей. "Вятшие люди" — вечевая верхушка во главе с владыкой Феофилом — устроили пышную встречу. Почти два месяца продолжались пиры и приёмы. Но и здесь, должно быть, примечал государь, кто из бояр ему друг, а кто — скрытый "супротивник".
25 ноября представители Славковой и Микитиной улиц подали ему жалобу на самоуправство высших новгородских чиновников. После судебного разбирательства были схвачены и отправлены в Москву посадники Василий Онаньин, Богдан Есипов и ещё несколько человек, все — лидеры и сторонники "литовской" партии. Не помогли мольбы архиепископа и бояр.
В феврале 1476 г. великий князь возвратился в Москву. Звезда Новгорода Великого неумолимо приближалась к закату. Общество вечевой республики давно уже разделилось на две части. Одни стояли за Москву, другие с надеждой смотрели в сторону короля Казимира IV. В феврале 1477 г. в Москву приехали новгородские послы. Приветствуя Ивана Васильевича, они назвали его не "господином", как обычно, а "государем". По тем временам подобное обращение выражало полное подчинение. Иван III немедленно воспользовался этим обстоятельством. В Новгород отправились бояре Федор Хромой, Иван Тучко Морозов и дьяк Василий Долматов, чтобы осведомиться, какого "государства" хотят от великого князя новгородцы. Собралось вече, на котором московские послы изложили суть дела. Сторонники "литовской" партии услышали, о чём идёт речь, и бросили в лицо побывавшему в Москве боярину Василию Никифорову обвинения в измене: "Переветник, был ты у великого князя и целовал ему крест против нас". Василий и ещё несколько активных сторонников Москвы были убиты. Шесть недель волновался Новгород. Послам было заявлено о желании жить с Москвой "по старине" (т. е. сохранить новгородскую вольность). Становилось ясно, что нового похода не избежать. Но Иван III, по своему обыкновению, не спешил. Он понимал, что с каждым днём новгородцы будут всё более погрязать во взаимных дрязгах и обвинениях, а число его сторонников станет расти под впечатлением нависшей вооружённой угрозы.
Когда великий князь выступил из Москвы во главе объединённых сил, новгородцы не смогли даже собрать полки, чтобы попытаться отразить нападение. В столице был оставлен молодой великий князь Иван Иванович. По дороге в ставку то и дело прибывали новгородские посольства в надежде завязать переговоры, но их даже не допускали к государю. Когда до Новгорода оставалось не более 30 км, приехал сам архиепископ Новгородский Феофил с боярами. Они называли Ивана Васильевича "государем" и просили "отложить гнев" на Новгород. Однако, когда дело дошло до переговоров, оказалось, что послы недостаточно отчётливо представляют себе сложившуюся ситуацию и требуют слишком многого. Великий князь с войскам прошёл по льду озера Ильмень и встал под самыми стенами города. Московские рати со всех сторон обложили Новгород. То и дело подходили подкрепления. Прибыли псковские полки с пушками, братья великого князя с войском, татары касимовского царевича Данияра. Феофилу, в очередной раз побывавшему в московском стане, был дан ответ: "Восхощет нам, великим князем, своим государем, отчина наша Новгород бити челом, и они знают, отчина наша, как... бити челом".
Между тем положение в осажденном городе заметно ухудшалось. Не хватало продовольствия, начался мор, усилились междоусобные склоки. Наконец, 7 декабря 1477 г. на прямой вопрос послов, какого "государства" хочет Иван III в Новгороде, государь московский ответил: "Хотим государства своего как на Москве, государство наше таково: вечевому колоколу в отчине нашей в Новгороде не быть, посаднику не быть, а государство нам своё держать как у нас на низовской земле". Эти слова прозвучали приговором новгородской вечевой вольнице. Территория собираемого Москвой государства увеличилась в несколько раз. Присоединение Новгорода — один из важнейших итогов деятельности Ивана III, великого князя московского и всея Руси.
Стояние на реке Угре. Конец ордынского ига
12 августа 1479 г. в Москве был освящен новый собор во имя Успения Божьей Матери, задуманный и построенный как архитектурный образ единого Русского государства. "Бысть же та церковь чюдна вельми величеством и высотою, светлостью и звонкостью и пространством, такова же прежде того не бывала в Руси, опроче (помимо) Владимерскыя церкви..." — восклицал летописец. Торжества по случаю освящения собора продлились до конца августа. Высокий, чуть сутулившийся Иван III выделялся в нарядной толпе своих родственников и придворных. Не было рядом с ним только его братьев Бориса и Андрея.
Однако не прошло и месяца с начала празднеств, как грозное предзнаменование грядущих бед потрясло столицу. 9 сентября Москва неожиданно загорелась. Пожар быстро распространялся, подступая к стенам Кремля. Все, кто мог, вышли на борьбу с огнем. Даже великий князь и его сын Иван Молодой тушили пламя. Многие оробевшие, видя своих великих князей в алых отблесках огня, также занялись тушением пожара. К утру стихию удалось остановить. Думал ли тогда уставший великий князь, что в зареве пожара начинается самый трудный период его княжения, который продлится около года? Именно тогда на кон будет поставлено всё, чего удалось достичь за десятилетия кропотливого государственного труда. До Москвы доходили слухи о назревающем заговоре в Новгороде. Иван III вновь отправился туда "миром". На берегу Волхова он провёл остаток осени и большую часть зимы. Одним из результатов его пребывания в Новгороде был арест архиепископа Новгородского Феофила. В январе 1480 г. опального владыку под конвоем отправили в Москву. Новгородской оппозиции был нанесён ощутимый удар, однако тучи над великим князем продолжали сгущаться.
Впервые за много лет Ливонский орден напал большими силами на земли Пскова. Из Орды доходили смутные известия о подготовке нового нашествия на Русь. В самом начале февраля пришла ещё одна плохая новость — братья Ивана III князья Борис Волоцкий и Андрей Большой решились на открытый мятеж и вышли из повиновения. Нетрудно было догадаться, что союзников они будут искать в лице великого князя литовского и короля польского Казимира и, может быть, даже хана Ахмата — врага, от которого исходила самая страшная опасность для русских земель. В сложившихся условиях московская помощь Пскову сделалась невозможной.
Иван III спешно покинул Новгород и выехал в Москву. Государство, раздираемое внутренними смутами, перед лицом внешней агрессии было обречено. Иван III не мог не понимать этого, и потому первым его движением было желание уладить конфликт с братьями. Их недовольство было вызвано планомерным наступлением московского государя на принадлежавшие им удельные права полунезависимых властителей, уходившие своими корнями во времена политической раздробленности. Великий князь был готов идти на большие уступки, однако не мог перейти грань, за которой начиналось возрождение прежней удельной системы, принёсшей на Русь столько бедствий в прошлом. Начавшиеся переговоры с братьями зашли в тупик. Своей ставкой князья Борис и Андрей избрали Великие Луки — город на границе с Литвой — и вели переговоры с Казимиром IV. О совместных действиях против Москвы договорился с Казимиром и Ахмат.