Наркомвоенмору досталось незавидное наследство. В его распоряжении была 150-тысячная добровольческая Красная Армия. Именно она испытала на себе силу германской военной машины в трагическую для Советской республики неделю вражеского наступления с 18 по 24 февраля 1918 года Но с этой армией уже нельзя было решать стратегические задачи обороны страны. Необходима была реорганизация армии, совершенствование, усиление ее боевой мощи. И вот в апреле - мае 1918 ВЦИК и Совнарком приняли ряд декретов, которые коренным образом реорганизовывали Красную Армию. В основе их лежали подготовленные ведомством Троцкого документы. Главным из них был утвержденный 22 апреля ВЦИКом декрет об обязательном обучении воинскому искусству, по которому обучению подлежали трудящиеся от 18 до 40 лет, без отрыва от работы в течении 8 недель, без вознаграждения за время обучения. Прошедшие курс обучения военнообязанные в любое время могли быть призваны в армию. Немалый вклад внес Троцкий в дело привлечения в Красную Армию бывших царских офицеров и военных специалистов. Завершающим этапом строительства новых вооруженных сил стала реорганизация системы управления войсками на принципах централизации и дисциплины. 19 августа после обсуждения предложенного Троцким проекта Совнарком принял Декрет "Об объединении всех Вооруженных Сил республики в ведение Народного Комиссариата по военным делам. В сентябре был создан Революционный Военный Совет Республики (РВСР). В него наряду с Троцким (председателем), вошли видные партработники с военным опытом. В боевые действия Троцкий вынужден был вступить уже в августе 1918 года. Не Сталин, а Троцкий первым начал расстреливать коммунистов, бросать их в концлагеря и тюрьмы. Репрессии были основным элементом военной политики Троцкого. "Нельзя строить армию без репрессий ..." - писал Троцкий в "Моей жизни". И это было не только одним из крылатых выражений, но и важнейшим руководящим принципом действий. Анализируя конкретные примеры складывается впечатление, что Троцкий был начисто лишен элементарного сострадания к людям. В августе 1918 года Красную Армию потрясло известие о расстреле 20-ти бойцов, комиссара и командира Петроградского рабочего полка, прибывшего на Восточный фронт. Действия их, отступивших с боевых позиций, безусловно заслуживали осуждения, но не такой же жестокости. Борьба за Казань и другие ключевые пункты военной компании лета-осени 1918 г. ясно показало возможности Троцкого как главы военного ведомства. В полководцы он не годился. Руководство военными операциями, разработка их требовали специальной подготовки, умения и особого дара. Ни одним из этих Троцкий не обладал или обладал не настолько чтобы заявить о себе как о заметном военачальнике. Однако нельзя и недооценивать тот вклад, который он внес в дело реорганизации и укрепления армии, налаживания четкого управления армией. Да Троцкий был часто жесток,слишком радикален, но во многом это оправдывается той весьма трудной ситуацией, в которой оказалась руководимая большевиками страна летом 1918 года.
Подход к военным вопросам у него был общеполитический, таким же как и у других высших руководителей Советского государства, в том числе и Ленина. Поэтому стоит ли удивляться "книжным", оторванным от российской реальности многочисленным военным распоряжением руководства. Лидеры государства и партии учились ценой гибели тысяч людей, которые в большинстве были неграмотными или полуграмотными крестьянами и не могли судить о дилетантизме наркомвоенмора, а вместе с ним и всего тогдашнего Политбюро. Последней для Троцкого, оказалась в целом не слишком удачная если не сказать неудачная польская компания. Собственно, уже с января 1920 г. силой обстоятельств он вынужден был переключиться на другую сферу деятельности - восстановление разрушенной вконец двумя (мировой и гражданской) войнами и послевоенным лихолетьем экономики страны. Решением Совнаркома от 27 января 1919 г. Троцкий назначен председателем межведомственной комиссии по вопросам трудовой повинности. Особое место в работе комиссии и лично Троцкого заняли вопросы комплектования трудовых армий из военных подразделений прекративших боевые действия. Однако надежды на трудармии себя не оправдали. К весне 1920 г. очевидна стала несостоятельность трудармий, как формы организации трудовых отношений. 23 марта постановлением ВЦИК Троцкий назначен временно исполняющим обязанности наркомпути. Наиболее значительным событием при присутствии Троцкого на этом посту можно назвать главным образом знаменитый приказ 1042, изданный 22 мая Главным управлением путей сообщения. В приказе ставилась задача : в течение 4,5 лет организовать ремонт паровозов таким образом, чтобы к 1 января 1925 г. число больных машин сократилось бы от 9600 до 3200. Этот приказ один из немногих был выполнен точно в срок и сыграл большую роль в налаживании работы транспорта, в восстановлении народного хозяйства и организации планового начала. Принятые под руководством Троцкого на посту наркомпути меры способствовали снятию напряженности на наиболее ответственных участках производства, обеспечению топливом, другим стратегически важным сырьем и материалами народного хозяйства страны. Для Троцкого был характерен продуманный стиль работы: точная оценка масштабов конкретного явления; быстрота принятия решения, по возможности с учетом ближайшей перспективы планирование и организация наличных ресурсов, грамотная пропаганда производственных достижений; распространение передового опыта. Одновременно хозяйственная деятельность Троцкого опиралась на администрирование и милитаризацию труда, на принуждение и устрашение; на "перетряхивание" и "завинчивание гаек" как средства руководства не только хозяйственными органами, но и партией, общественными органами. Взлетев на волне русской революции на самую вершину ее гребня, с окончанием гражданской войны Троцкий стремительно заскользил по ее бегущему скату вниз. Нет он не изменил ни себе, ни идее. Но время изменило ему. В новых условиях Троцкий не смог быстро перестроиться и "оседлать" обстоятельства. Переход к миру в истерзанной стране оказался трудным. Смертельная опасность объединяла всех. А теперь нужно было платить по векселям - обещаниям данным народу революцией. Взгляды на то как это делать у руководителей большевистской партии оказались различными. Троцкий на Политбюро, особенно в отсутствии Ленина, все чаще поднимал вопрос о бюрократическом окостенении рождавшейся системы, бесконтрольности аппарата и неэффективности государственного управления. Его независимые, резкие суждения были расценены многими партийными руководителями как однозначные претензии на роль нового лидера после приближавшегося ухода с политической сцены общепризнанного вождя - Ленина, с последней волей которого соратники дружно не посчитались. Как известно возник определенный союз Сталина с Зиновьевым и Каменевым ("тройка") против Троцкого.