Мечников створив російську школу мікробіологів і імунологів, серед його учнів А. М. Безредка, Л. А. Тарасевич, Д. К. Заболотний, Я. Ю. Бардах і інш. Крім наукових праць, він залишив величезну літературну спадщину - науково-популярні і науково-філософські роботи, пригадування, статті, перекази і інш.
Переживання, пов'язані з початком Першої світової війни, важко вплинули на Мечникова, погіршили його слабе здоров'я. Хвороба серця, що загострилася привела вчену до смерті.Великий вчений помер 2 (15) липня 1916р., у Парижі. Урна з прахом Мечникова, згідно з його волею, зберігається в бібліотеці Пастеровського інституту.