С развитием системы исправительно-трудовых лагерей возникает необходимость совершенствования функций управленческого аппарата. В этой связи в 1940 году приказом НКВД СССР от 9 июня за №00717 объявляется перечень изменений в штатах управлений и отделов ГУЛАГа и колоний НКВД СССР. В его структуре создаются Управление военизированной охраны и Отдел снабжения военизированных контингентов. В предвоенные годы, до утверждения заместителем Наркома внутренних дел СССР С. Кругловым в 1941 году «Временного устава службы» (ВУС – 41), деятельность службы охраны лагерей и колоний регулировалась Временным наставлением по службе ВОХР ИТЛ НКВД. ВУС – 41 подробно регламентировал весь комплекс надзорно-охранных мер в местах заключения, конвоирования заключенных.
Военизированная охрана со дня своего образования испытывала постоянные трудности не только в комплектовании профессионально-подготовленными командными кадрами, но и кадрами рядового состава. Основания для этого были достаточно веские: непрестижность службы в местах заключения, обусловленная, главным образом, ее материально-финансовой необеспеченностью. К тому же в русском народе тюремная служба традиционно не пользовалась большой популярностью.
В условиях значительного недокомплекта вольнонаемной охраны для осуществления охраны лагерей и внутреннего надзора широко привлекались сами заключенные. К январю 1939 года число стрелков военизированной охраны из числа заключенных в системе ГУЛАГа составляло 25 тыс. человек. Лицами внутреннего надзора из числа заключенных в лагерях ОГПУ устанавливалась специальная форма одежды, причем каждый лагерь мог самостоятельно устанавливать образцы этой формы. В зависимости от занимаемого положения в системе надзора устанавливались соответствующие знаки-угольники на петлицах одежды работников внутреннего надзора. Для пополнения личного состава военизированной охраны приказом НКВД СССР от 11 марта 1941 года за №0127 организуются вербовочные пункты при ОИТК УНКВД Воронежской, Орловской, Рязанской, Смоленской областей, УИТЛК НКВД УССР, Вяземлаге, Ликовлаге, Химлаге НКВД СССР.
Перед началом Великой Отечественной Войны численность военизированной стрелковой охраны лагерей и колоний составляла 134 40 чел., из них 130794 чел. использовались на охране заключенных и 3686 чел. на охране готовых сооружений.
На протяжении первого года войны была снята бронь и передано в Красную Армию 64 763 чел., или 54% общей численности охраны. Во многих лагерях и колониях этот показатель составлял 90%. Всего за три года войны из личного состава военизированной охраны было разбронировано и передано в Красную Армию 78 516 чел. стрелков, младшего, среднего и старшего командного состава. Кроме того, не менее 15 тыс. стрелков и командиров военизированной охраны лагерей и колоний, в Карело-Финской, Украинской, Белорусской ССР вступили непосредственно в действующие полевые части Красной Армии в первые же дни военных действий.
На замену ушедших в Красную Армию было вновь принято в охрану 78516 чел., в том числе через военкоматы и войсковые части из числа старших возрастов, ограничено годных и совершенно негодных для службы в армии 67494 чел. В числе последних: а) военнообязанных запаса старше 45 лет – 28450 чел.; б) военнообязанных запаса ограниченно годных и совершенно негодных к строевой службе – 24136 чел.; в) красноармейцев, выписанных из госпиталей – 6593 чел.; г) совершенно негодных к военной службе, но годных к физическому труду – 8315 чел. Количество женщин – стрелков охраны к началу 1944 года выросло до 5200 чел.
Особенности организации охраны заключенных в период военного времени заключались в том, что одновременно с передислокацией промышленности на восток НКВД поручается организация новых строительств, что, в свою очередь, вызывало массовое перемещение личного состава охраны, Только в течение 1942–1943 гг. такому перемещению подверглись около 30 тыс. стрелков и командиров военизированной охраны. За три года войны Управление Охраны и Режима ГУЛАГа НКВД обеспечивало охрану 32 новых лагерей и строительств НКВД СССР. Массовая профессиональная неподготовленность личного состава военизированной охраны к несению службы вызывала острую необходимость в детальной организационно-правовой регламентации всей ее служебной деятельности. В этой связи разрабатывается и приказом НКВД СССР от 20 января 1943 года за №57 утверждается новый Устав службы военизированной охраны исправительно-трудовых лагерей и колоний НКВД СССР (УСВО 43), который определил ее назначение и задачи, политическое обеспечение службы, организацию караульной службы, охрану лагерных и производственных зон, готовых сооружений, права и обязанности, содержание организации конвойной службы, службы производственного и внутреннего конвоя, организации оперативно-розыскной службы, действия личного состава при чрезвычайных обстоятельствах, требования к устройству и оборудованию объектов лагерных подразделений, порядок и условия этапирования заключенных.
Примечательно, что объемы служебной деятельности военизированной охраны постоянно увеличивались: приказом НКВД СССР от 19 июля 1944 года за №0149 в ведение ГУЛАГа передаются из Управления по делам о военнопленных и интернированных НКВД СССР специальные лагеря НКВД. Под охраной находились и лагеря НКВД. Под охраной находились и лагеря для военнопленных, численность которых на 1 февраля 1946 года составляла 2228 тыс. чел., из них германской армии 1645 тыс. чел. и японской армии 583 тыс. чел. Военнопленные размещались в 267 лагерях, в составе которых имелось 2107 лагерных отделений. Штатная потребность кадрового состава составляла 107 тыс. чел. из них 52680 офицеров.
Военизированная охрана обеспечивала охрану не только заключенных и готовых сооружений, но и мобилизованных немцев, численность которых на конец 1945 года составляла 92754 чел. К концу войны постепенно стала сниматься охрана с подразделений, где содержались мобилизованные немцы с сохранением надзора за ними.
Уже сразу после окончания войны руководство ГУЛАГа принимает решение вернуться к старому испытанному способу – привлечь к охране лагерей самих заключенных, ограничив при этом их численность до 20% от общей численности военизированной охраны и лишив их права пользоваться оружием во время несения караульной службы. С целью упорядочить порядок и условия комплектования службы самоохраны 15 мая 1946 года начальник ГУЛАГа Наседкин утверждает Инструкцию о порядке отбора и служебного использования заключенных в военизированной охране исправительно-трудовых лагерей и колоний ММВД СССР.
В 1946 году приказом МВД ССР №00362 заключенным, привлекаемым к несению службы в военизированной охране, устанавливалось денежное премиальное вознаграждение в следующем размере: а) со сроком службы до 6 мес. – 20–30 руб.; б) от 6 мес. до 1 года – 30–45 руб.; в) свыше 1 года – 45–46 руб. Минимальное премиальное вознаграждение устанавливалось стрелкам, используемым на караульной службе, максимальное – на конвойной службе.
Значительное пополнение в конце войны кадров военизированной охраны лицами из числа окруженцев, прошедших специальную проверку в фильтрационно-проверочных лагерях НКВД, и военнослужащих, не годных для службы в армии, но годных к физическому труду, лиц завербованных на службу, в своем большинстве слабо подготовленных или вовсе неподготовленных к несению службы, было причиной ненадежности изоляции заключенных и слабой профилактики их побегов. Только в течение 1946 года в охрану прибыло вольнонаемного состава 54493 чел., из них по вербовке – 34356 чел. Попыткой закрепить кадры военизированной охраны путем морального и материального стимулирования служебной деятельности личного состава лагерей и колонии явился Указ Президиума Верховного Совете СССР от 9 февраля 1943 года об установлении специальных воинских званий для начальствующего состава органов НКВД и милиции.
В 1947 году 18 марта издается приказ МВД СССР №92 «Об улучшении бытовых условий и закрепления кадров офицерского, сержантского и рядового состава на службе в военизированной охране ИТЛ и колоний МВД СССР», в котором определен срок службы рядового и сержантского состава не менее трех лет. Всему рядовому и сержантскому составу охраны и надзирательской службе за каждые три года непрерывной службы устанавливалось вознаграждение в размере 3-х месячного оклада и увеличение оклада не менее чем на 20%, но и не более чем на 100%.
В целях совершенствования управления деятельностью военизированной охраны приказом МВД СССР от 30 ноября 1950 года за №00698 объявляется «Положение об Управлении охраны Главного управления исправительно-трудовых лагерей и колоний МВД СССР», в структуре которого организуются: а) политическая часть в составе отделения политической работы и отделения комсомольско-молодежного работы; б) отдела кадров; в) оперативного отдела; г) отдела боевой подготовки; д) организационно-строевого отдела; е) отдела службы тыла и ж) секретариата. Приказом МВД СССР от 10 мая 1951 года за №505 «Об укреплении единоначалия в исправительно-трудовых лагерях и колониях МВД» на начальников лагерных подразделений и колоний возлагается полная ответственность за работу и состояние охраны; командиры отрядов и дивизионов военизированной охраны входят в их полное подчинение.
В 1951 году в войсках МВД и МГБ были проведены крупные организационные мероприятия. 6 мая Совет министров принял два постановления, согласно которым конвойная охрана освобождалась от охраны тюрем МВД и МГБ, особых лагерей, где содержались лица, осужденные за опасные преступления, а также лагерей с военными преступниками из числа бывших военнопленных. Эти задачи возлагались на военизированную охрану Главного управления лагерей МВД СССР, куда передавался для дальнейшего прохождения службы личный состав расформированных частей.