В притворе собора изображены сцены из Апокалипсиса, а по обе стороны от ведущей в галерею лестницы помещались 10 древнегреческих философов (не сохранились). Этой традиции нашёл объяснение митрополит Московский Филарет: «Отцы наши хотели выразить, что никогда языческая мудрость не восходила выше низших ступеней христианского храма».
Росписи галереи открывает написанное на своде родословное древо русских великих князей и царей дома Рюриковичей. Равноапостольные святой Владимир и святая Ольга поливают из сосудов корень этого древа, в ветвях которого находятся изображения благоверных русских князей. Заканчивается древо напротив южных врат собора фигурами Феодора Иоанновича и царевича Димитрия. В северной части. В северной части галереи изображено Древо Иессево – родословие Христа, в его вершине находится изображение Богородицы с Младенцем-Христом. Между этими двумя древами – Древо Апостольское с изображением апостолов от 70-ти. Тема Древа как основы построения композиции часто использовалась русскими иконописцами, причём, как правило, при исполнении великокняжеских и царских заказов. На стенах галереи – изображение Семи Вселенских Соборов, на которых было выработано Догматическое учение Церкви. К сожалению, фрески посвящённые принятию христианства Русью, утрачены.
Центром композиции всей росписи храма является размещённый в главном куполе образ Христа-Пантократора, Вседержителя. Стенопись собора посвящена событиям Евангельской истории и насчитывает четыре полных яруса, не считая нижнего яруса полотенец. Сюжеты образуют фризы, огибающие храм по периметру; они прочитываются как главы книги. Их последовательность соответствует изложению соответствующих событий по Четвероевангелию. Начинается повествование с Введения во храм Пресвятой Богородицы. Далее следует Благовещение, Рождество Христово (фреска снята, находится в ГИМе), Поклонение волхвов, Обрезание, Сретение, Бегство в Египет…до Нагорной проповеди Спасителя. Росписи второго яруса изображают проповеди Христа, совершённые им чудеса, примеры милосердия. Третий ярус представляет Страстной цикл; в четвёртом – несколько притч последнего периода земной жизни Спасителя, которые учат, как наследовать Царствие Небесное.
Особое внимание заслуживает роспись столпов и откосов четырнадцати окон: образы русских князей и святых, размещённые среди вселенских святых, утверждают вхождение русской святости в сонм святости вселенской. Особо выделен нижний ярус столпов, изображения на которых взяты в особые рамы наподобие икон. Среди них донаторский (Дона́тор (от лат. donator — даритель от donare) — заказчик или строитель (организатор и покровитель строительства) католического храма либо заказчик и даритель украшающего храм произведения изобразительного или декоративно-прикладного искусства. В православной церкви и древневосточных церквях такое лицо называется ктитором.) портрет Царей-основателей собора – Михаила Феодоровича и Алексея Михайловича. Эта традиция пришла из Византии. В руках Цари держат храм, создателями которого они являются.
В алтаре совершенно необычно устроено горнее место. Оно имеет три отделения: верхнее для Патриарха, среднее для митрополита и нижнее для епископов. Безусловно, идея такого устроения принадлежит Патриарху Никону, бывшего Новоспасским архимандритом в период отделки и украшения храма. Одновременно в соборе могли служить три епископа. Росписи алтаря традиционно раскрывают смысл совершаемого здесь Таинства Евхаристии. На многоярусных хорах Ангелы, Архангелы, Херувимы и Серафимы и прочие Силы Бесплотные образуют Ангельский Собор. Имена иконописцев увековечены в круге на северной стене собора.
Уже через 50 лет фрески были записаны маслом. В последние годы они неоднократно поновлялись «с удержанием древнего стиля». В последние годы стенопись собора была укреплена и тонирована с сохранением возможности раскрытия первоначальных росписей.
Интересно отметить, что в украшении храма принимали участие и насельники монастыря. Так на железных дверях XVII века западного портала изображены двенадцать апостолов с кратким начертанием их жизни. Вверху из надписи на затворах видно, что в 1685 году двери были украшены «пострижениками сего монастыря Илларионом и Иоаннием».
Пол храма, выполненный из чугунных плит, устроен при настоятеле архимандрите Иоанне Черепанове.
В 19 столетии, во время нашествия на Москву французов, Преображенский храм был разграблен и опустошен. Французы предполагали обратить его в конюшню, но – чудо остановило кощунство и по милости Божьей это не состоялось. Малоразумные животные оказались умнее безбожных отпрысков французской революции. Кроме того, в подвалах храмов были обнаружены подготовленные пороховые заряды для взрыва, но что-то помешало неприятелю совершить это злодейство. После его удаления из Москвы в праздник преображения Господня 1813 г., Преображенский храм был торжественно освящен, после необходимого ремонта, при котором особенно потрудился тогдашний настоятель монастыря архимандрит Амвросий Орнатский.
После 1917 года монастырь закрывают, и он превращается в концентрационный лагерь. Храмы используют для нужд НКВД. В 1930-ые годы в Преображенском соборном храме разместился архив НКВД.
Спустя 500 лет после закладки каменного Спасо-Преображенского собора в монастыре вновь ожила молитва. 23 марта 1991 года по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия в главном храме монастыря была отслужена первая Божественная Литургия, (а 4 октября 1992 года Его Святейшество в сослужении архипастырей и духовенства совершил освящение Спасо-Преображенского собора Великим архиерейским чином). В 1993 году из фондов ГИМ была возвращена фреска XVII века с изображением устроителей собора - царей Михаила Феодоровича и Алексея Михайловича, о которой сегодня уже было упомянуто. Вместе с ней в обитель словно вернулись ее царственные покровители. Постепенно собор стал преображаться. Проведены работы по реставрации иконостаса. Ведутся сложнейшие работы по восстановлению уникальных росписей XVII века, в мае 2007 года завершились работы по главному четверику собора. Реставрационные работы продолжаются до настоящего времени.
Богослужение в Спасо-Преображенском соборе совершается ежедневно в летнее время.
Храм во имя Покрова Богоматери
Храм во имя Покрова Богоматери примыкает своей северо-восточной стороной к Преображенскому, имея с ним общую паперть. Он был заложен царем Алексием Михайловичем Тишайшим в 1673 году в память победы над поляками у стен Москвы в 1618 году. Посвящение же именно празднику Покрова Пресвятой Богородицы обусловлено датой кончины деда Царя Алексея Михайловича - патриарха Филарета, последовавшей на праздник Покрова в 1633 году. Храм возведен на его средства за два года и освящен 7 октября 1675 года патриархом Иоакимом. Выстроен он в русском стиле и увенчан тремя главами. Впоследствии к Покровскому храму пристроили хлебодарную палату, а затем и трапезную. Внутренняя роспись относится к 1780-му году.
В 1812 году французы превратили Покровский храм в склад. В 1813 году вновь он был освящен архимандритом Амвросием Вторым. В 1820 году на средства благотворительницы Мельгуновой был выстроен новый иконостас.
По бокам главного алтаря находятся два предела: правый - во имя святой . великомученицы Варвары - устроен в 1758 году, а левый - во имя святого Димитрия, митрополита Ростовского, освященный в 1757 году, вскоре после открытия мощей и прославления этого святителя.
В 1877 году весь храм был расписан академиком Фартусовым. В приделе во имя святого Дмитрия Ростовского стены преимущественно расписаны изображениями святителей и преподобных, а придел великомученицы Варвары - изображениями преподобных дев и мучениц.
В 1918 году Новоспасский монастырь закрыт, службы в храме прекратились. Покровский храм был снова освящен только в 1997 году на праздник Покрова Пресвятой Богородицы. В 2002 году начались работы по его росписи, главным образом, силами братии. К настоящему моменту роспись храма закончена.
Идея новой росписи Покровского храма представлена таким образом, что представляет собой несомненно высокий познавательный интерес для богомольцев и паломников с раскрытием для них в изображениях Библейской истории от Моисеева Законодательства до Страшного Суда. В центре этой истории - Евангельское Благовестие с наглядным отображением нескольких Христовых притч. Устройство его иконостаса и настенной росписи подчёркивает судьбоносное значение в сохранении и защите Веры Православной, а также в укреплении Российской государственности теократической монархии, формировавшейся от Равноапостольных Великих княгини Ольги и князя Владимира до Царственных страстотерпцев при непрестанном молитвенном Покрове заступницы нашей - Божией Матери (на этой фотографии вы можете увидеть элемент росписи храма).
Усыпальница Романовых и храм в честь преп. Романа Сладкопевца
Как мы уже с вами знаем, почти сразу после перенесения великим князем Иоанном III на Васильевский стан, Новоспасский монастырь стал местом погребения представителей знатных родов и, прежде всего, бояр Романовых – предков царственного Дома. По историческим документам и описаниям, в подклете Спасо-Преображенского собора насчитывалось более 70 захоронений бояр Романовых и их близких родственников.
Среди погребенных здесь предков царственного Дома – родоначальник рода Романовых Роман Юрьевич Захарьин († 1543), мать первого царя рода Романовых великая государыня инокиня Марфа Иоанновна († 1631), как почтительно упоминает о ней Кормовая книга 1687 г., отец Патриарха Филарета боярин Никита Романович Юрьев (в схиме Нифонт, † 1586). К древней части усыпальницы относятся захоронения четырех родных братьев Патриарха Филарета, трое из которых скончались в ссылках, пострадав во времена Бориса Годунова, а в 1607 г. были перезахоронены в Новоспасском монастыре. Один из них – боярин Михаил Никитич Романов, сын Никиты Романовича Юрьева, мученически скончавшийся в 1602 г. в Ныробской волости (Пермский край) после продолжительного содержания в яме в цепях. Его почитали святым, к месту кончины совершались паломничества, впоследствии там был построен храм в честь Преображения Господня. Цепи боярина хранились как святыня, есть упоминания об исцелениях, происходивших от них. В настоящее время цепи находятся в экспозиции местного краеведческого музея.