Значительные изменения произошли и в орнитофауне пущи. На ее территории многие из птиц стали редкими (глухарь (Tetrao urogallus L.), рябчик (Tetrastes bonasia L.), серый журавль (Grus grus L.), серый гусь (Anser anser L.), змееяд, сапсан (Falco peregrinus Gmel.) и др.), другие – восстановились (малая белая цапля (Egretta garzetta L.), галстучник (Charadrius hiaticula L.), кулик-воробей (Calidris minuta Leisler), поручейник (Tringa stagnatilis Bechstein), круглоносый плавунчик (Phalaropus lobatus L.), усатая синица (Panurus biarmicus L.), сирийский дятел (Gendrocopos syriacus Hempr. et Ehrenb) и др.) Отрицательное воздействие на численность популяций птиц оказывает как мелиорированные работы на прилегающих к пуще территориях, так и структурные изменения на территории самой пущи (усыхание лесов, рубка леса, фактор беспокойства и др.).
За прошедшее столетие в Беловежской пуще отмечено 4 крупные вспышки массового размножения короеда-типографа (Ips typographus L.). Первая отмечалась в 1921–1923 гг., когда произошло усыхание ели объемом 1,3 млн м³. Массовое размножение короеда-типографа в 1963–1967 гг. было связано с осушением болот вокруг пущи (погибло около 360 тыс. м³ ели). В 1981–1982 гг. и 1995–1997 гг. отмечено также усыхание ели и массовое размножение короеда. В 2001–2002 гг. отмечена наиболее крупная за последнее время вспышка массового развития короеда. К концу 2002 г. общий запас усохшей ели превысил 300 тыс. м³. Наибольший возраст усыхающих древостоев совпадает с предельным возрастом ельников в пуще и составляет 200 лет. Наиболее подвержены усыханию ельники мшистые, черничные, осоковые, кисличные.
Усыхание еловых лесов обусловлено как проявлением экстремальных климатических условий (уменьшение осадков и повышение температуры в вегетационный период), так и осушением болот на прилегающих к пуще территориях («Дикий Никор», «Дикое», «Хоревское болото», «Бузуны» и др.). В 2002 году общий запас усохшей ели превысил 300 тыс. м3.
Одной из функций Беловежской пущи является сохранение биоразнообразия и генофонда редких видов растений и животных, а также борьба с биологическим загрязнением.
Для территории Беловежской пущи характерно биологическое загрязнение: вселение в естественные растительные сообщества деревьев и кустарников иноземного происхождения. На территории белорусской части пущи выявлено 150 таксонов интродуцентов, что по сравнению с началом 60-х гг. прошлого столетия увеличилось почти в два раза. Причем большинство видов (30%) происходит из Центральной и Южной Европы, Западной и Восточной Азии. 71 таксон встречается в культуре, как декоративные, плодовые растения и в условиях пущи их самосевы, одичавших особей или спонтанных популяций не обнаружено. К ним относятся пихта одноцветная (Abies concolor Lindl. et Gord.), пихта японская (Larix kaempheri), ель колючая (Picea pungens Engelm.), тисс ягодный (Taxus baccata L.), туя западная (Thuja occidentalis L.), орех маньчжурский (Juglans manshurica Maxim.), бук лесной (Fagus sylvatica L.) и др. [9].
В той или иной мере способны к одичанию, размножению вне культуры 72 таксона. К ним относятся яблоня домашняя (Malus domestica Borkt.), ива ломкая (Salix fragilis L.), акация белая (Robinia pseudoacacia L.), дуб красный (Quercus borealis Michx. f.), бузина черная (Sambucus nigra L.), черемуха поздняя (Prunus serotina (EHRH.) AGAROH.), боярышник согнутостолбиковый (Crataegus subsphericea Fingerth.) и др. Такие виды, как дуб красный (Quercus borealis Michx. f.), алыча (Prunus cerasifera LED.), клен ложноплатановый (Acer pseudoplatanus L.) и ясенелистный (A. negundo L.), жарновец метельчатый (Sarothamnus scoparius (L.) Wimm.), ирга колосистая (Amelanchier spicata C. Koch.), бузина черная (Sambucus nigra L.) и др., более приурочены к «диким» популяциям, чем в культуре. Наименее устойчивыми к инвазиям являются сообщества Pino-Quercetum. Наиболее часто в этих сообществах растут дуб красный (Quercus borealis Michx. f.) и бузина черная (Sambucus nigra L.), а также клен ясенелистный (Acer negundo L.), сосна Банкса (Pinus banksiana Lamb.), ива остролистная (Salix acutifolia Willd.), жарновец метельчатый (Sarothamnus scoparius (L.)Wimm.), клен ложноплатановый (Acer pseudoplatanus L.). Причем инвазийным процессам в наибольшей степени подвержены слабо- и средненарушенные сообщества (лесокультуры, насаждения с единичными вырубками деревьев и небольшими окнами в пологе древостоя). В меньшей степени инвазированы естественные, а также сильно нарушенные фитоценозы.
Произрастающие в Беловежской пуще и в прилегающих к ней населенных пунктах деревья и кустарники чуждого происхождения, а также наличие у некоторых из них тенденций к инвазии в растительных сообществах национального парка представляет реальную угрозу автохтонам флоры и природной растительности Беловежской пущи.
Для территории Белорусского Полесья, которая находится полностью под влиянием хозяйственной деятельности человека, и, в первую очередь, гидромелиорации очень важно учитывать ландшафтный подход в природопользовании. Осушение и хозяйственное освоение болот приводит к значительному понижению уровня залегания грунтовых вод на значительных расстояниях (до 10–15 км) от осушенного объекта. Особенно актуален ландшафтный подход в природопользовании на прилегающих к особо охраняемым территориям (природные национальные парки, заповедники, заказники), в том числе и к территории Беловежской пущи – уникального комплекса мирового ранга. Сохранение уникального лесного массива в зоне широколиственных лесов является весьма актуальным, так как территория пущи в настоящее время находится под значительным отрицательным влиянием прилегающих к ней значительно преобразованных ландшафтов.
В настоящее время, несмотря на значительное увеличение площади пущи, существенных положительных изменений в функционировании лесных экосистем не наблюдается (на значительных площадях отсутствует поливозростная структура фитоценозов, идет процесс усыхания еловых лесов, ограниченно идет возобновление лиственных видов деревьев, наблюдается ксерофитизация лугов и др.).
По данным исследований А.В. Денгубенко, средний возраст лесов пущи составляет 110 лет, спелые и перестойные занимают более 60% древостоя. Современные леса пущи отличаются преобладанием деструктивных процессов, которые обусловлены как процессами старения, так и отрицательного влияния преобразованных прилегающих к пуще ландшафтов.
Значительный пресс на возобновление лиственных видов и сосны оказывает животный мир. Перенаселенность копытными животными (300 зубров, 1300 оленей, 500 косуль, 100 лосей и др.) приводит к уничтожению возобновления лесообразующих видов – сосны, дуба, клена, липы и др. В связи с этим в пуще с целью защиты возобновления сосны и лиственных пород ставят заборы.
Прилегающие к пуще ландшафты характеризуются интенсивной освоенностью (более 60% территории занимают сельскохозяйственные угодья, вблизи пущи осушены болотные массивы, в том числе «Дикий Никор», «Дикое», «Хоревское болото», «Бузуны» и др.). Кроме того, необходимо учитывать и то обстоятельство, что большая часть территории Беловежской пущи представляет собой сочетание водно-ледниковых равнин и низинных болот, которые геохимически связаны по периферии с моренными и моренно-зандровыми равнинами, где ведется интенсивное хозяйствование. Отрицательное влияние на функционирование ландшафтов пущи оказывают также использование на прилегающих ландшафтах химических средств защиты, выбросы транспорта и трансграничный перенос воздушными массами загрязняющих веществ. Так, только на территории РУСП «Беловежский» в 2004 году было использование 22,5 тысяч кг химикатов, а на территории только Каменецкого района насчитывается 10000 автомобилей и 6000 мотоциклов.
Важной задачей оптимизации природопользования является защита «механизмов» прилегающих ландшафтов от значительных хозяйственных нагрузок, которые могут превысить порог устойчивости и вызвать необратимые изменения в структуре природных комплексов Беловежской пущи. Чем более разнообразна природная система, прилегающая к Беловежской пуще, тем более она устойчива к различным нагрузкам и одновременно является экологически и экономически более эффективной. Устойчивость ландшафтов в первую очередь определяется особенностями растительного покрова, увлажнением, температурным режимом и т.д.
С целью оптимизации природопользования и охраны природы проведено зонирование территории с последующим выделением четырех функциональных зон с различными режимами охраны:
1. Заповедная зона (зона нетронутой природы) – 30 000 га (18,3%). В состав зоны, в основном, входят коренные старовозрастные хвойно-широколиственные леса. Основное назначение зоны – сохранение генофонда растений и животных, и создание условий для естественного развития биогеоценозов и их компонентов. Эта территория выступает в качестве эталона природы. Здесь запрещаются все виды хозяйственной деятельности, за исключением проведения научных исследований и развития научного экотуризма.
2. Зона регулированного пользования – 52 780 га (32,3%). Зона предназначена для изучения, сохранения и восстановления типичных для Беловежской пущи экосистем. Деятельность в этой зоне должна обеспечивать оптимальные условия для устойчивого развития природных экосистем с применением соответствующих природоохранных мероприятий. В пределах этой зоны возможно проведение научных исследований, организация мониторинга, осуществление мероприятий по восстановлению нарушенных природных комплексов и воспроизводству природных ресурсов, противопожарные мероприятия, санитарные рубки, рубки ухода за лесом, очистка захламленности и лесовосстановительные работы, направленные на улучшение санитарного состояния и на восстановление коренных лесов, защита (преимущественно биологическими методами) леса от вредителей и заболеваний, изъятие животных в порядке регулирования численности и ветеринарно-санитарных, лечебно-профилактических и биотехнических мероприятий, туризм, сенокошение, сбор ягод и грибов, пастьба скота, любительский лов рыбы и другие виды пользования, необходимые для нужд парка и его сотрудников и проводимые на специально выделенных участках и в ограниченном количестве. Разрешается проведение регулируемого туризма под руководством экскурсоводов Национального парка.