Помимо семинарии на архимандрита Феофана были возложены многие дела по епархии из-за отсутствия Олонецкого архиепископа Аркадия, который был вызван в Санкт-Петербург для присутствия в Святейшем Синоде. 17 октября 1855 года отец Феофан определен членом Олонецкой Духовной консистории. Архимандрит Феофан заботился об улучшении проповеднической деятельности приходского духовенства и выработал целый ряд мер борьбы с расколом, который утвердился в тех краях в форме даниловщины, филипповщины, аристовщины и странничества.
В 1856 году архимандрит Феофан был назначен на должность настоятеля посольской церкви в Константинополе, что было обусловлено тем, что он был хорошо знаком с православным Востоком и вполне подготовлен к этой должности. Константинопольская Православная Церковь в это время переживала большие трудности в связи с распрей греков с болгарами. Русское правительство и Святейший Синод, заинтересованные в скорейшем ее прекращении, поручили архимандриту Феофану собрать сведения, касающиеся греко-болгарской распри. 9 марта 1857 года отец Феофан представил отчет, который имел большое значение при обсуждении этого вопроса Святейшим Синодом Русской Православной Церкви. Своей симпатией к болгарскому народу, сочувствием к его законным требованиям, своим искренним желанием помочь отец Феофан снискал себе большую любовь среди болгар. Озабоченный сложной ситуацией в Болгарской Церкви, архимандрит Феофан не забывал и о благе Константинопольской Церкви. Он близко познакомился с внутренней жизнью константинопольского патриархата, с состоянием синода, положением патриарха, епископов, священников, содержанием церквей и духовенства, и ему открылась бедственная картина. Обо всем этом отец Феофан писал в своем отчете, взывая о помощи к «великодушной» России, которой «не следует оставлять своей матери по вере в этом беспомощном состоянии».
Во время своего пребывания в Константинополе архимандрит Феофан заботился и о русских, которые здесь жили, и предложил русскому правительству устроить в Константинополе госпиталь для русских матросов и паломников и просил также устроить «братство с церковью».
Во время пребывания за границей отец Феофан еще более укрепил знание греческого языка, которое он применил в последующих трудах. На православном Востоке он собрал много драгоценных жемчужин святоотеческой, главным образом аскетической литературы.
13 июня 1857 года указом Святейшего Синода архимандрит Феофан назначается на должность ректора Санкт-Петербургской духовной академии, которую возглавлял два года. Как ректор архимандрит Феофан посещал лекции профессоров, присутствовал на экзаменах, следил за всем ходом учебного дела в академии. Особое внимание он обращал на воспитательную работу. На посту ректора Санкт-Петербургской духовной академии отец Феофан усиленно занимался также редакторской и богословской работой. Свои сочинения он публиковал главным образом в академическом журнале «Христианское чтение», который выходил тогда под его наблюдением. Время ректорства архимандрита Феофана совпало с празднованием 50-летия открытия Петербургской духовной академии. Юбилейное празднование -состоялось 17 февраля 1859 года. Святейший Синод наградил отца Феофана орденом святого князя Владимира III степени.
Епископ Тамбовский
29 мая 1859 года состоялось наречение отца Феофана во епископа Тамбовского и Шацкого. В речи при наречении во епископа архимандрит Феофан сравнивал свою жизнь и разнообразную деятельность с шаром, без грохота и шума катящимся туда и сюда, по направлению сообщаемых ему ударов. В этом же слове он поведал, что не чуждо было бы тайным желаниям сердца, если бы на его долю выпало такое место, где бы он свободно мог предаться занятиям по сердцу.
1 июня митрополитом Григорием с собором епископов в Троицком соборе Александро-Невской Лавры была совершена его хиротония.
Служение преосвященного Феофана в Тамбовской епархии продолжалось только четыре года. Но за это время он необыкновенной кротостью своего характера, редкой деликатностью и участливым вниманием к нуждам пасомых успел снискать всеобщую и самую искреннюю любовь. Святитель Феофан проявил себя ревностным служителем во всех сферах церковной жизни. Много забот и трудов пришлось понести владыке при управлении Тамбовской епархией.
Епископ Феофан проявил себя ревностным проповедником. Почти каждое богослужение он сопровождал проповедью, и слово его, шедшее от сердца и дышавшее глубоким убеждением, привлекало многочисленных слушателей. Плодом его ревностного проповедания явился выпуск двух томов его слов к тамбовской пастве (всего 109 слов). Глубокое знание всех движений сердца человеческого и его духовных потребностей, опытное знакомство с духовной жизнью, обширные познания в области и Священного Писания, и творений святоотеческих, и наук естественных, исторических и других и иные высокие достоинства отличают слова преосвященного Феофана к тамбовской пастве, при необыкновенной ясности, живости и простоте изложения чрезвычайно сильное производившие впечатление на слушателей. Святитель Феофан заботился и о внешнем благоустройстве духовно-учебных заведений, побудил начальство Тамбовской семинарии произвести капитальный ремонт семинарского храма. В целях подема народного образования при содействии преосвященного Феофана было открыто много церковно-приходских училищ, воскресных школ и частных школ грамотности, а также открыто шестилетнее женское епархиальное училище.
Епископ Феофан в то же время заботился о повышении образования и самого духовенства. По его ходатайству перед Святейшим Синодом с 1 июля 1861 года стали выходить «Тамбовские епархиальные ведомости».
При своих многочисленных и разнообразных делах и заботах по управлению Тамбовской епархией святитель Феофан находил время и для учено-литературной деятельности. К этому времени относится его богословский труд «Письма о христианской жизни», который заключает в себе целую систему нравственного христианского учения.
Во время одной из поездок с целью обозрения храмов и монастырей своей епархии святитель Феофан посетил Вышенскую пустынь, которая понравилась ему строгим иноческим уставом и красотой местности. Назначая туда настоятелем эконома архиерейского дома игумена Аркадия, владыка на прощание сказал ему пророчески: «Поезжайте, отец игумен, туда, а там, Бог даст, и я к вам приду». В 1861 году епископ Феофан пережил большую радость. По решению Святейшего Синода он принимал участие в торжестве открытия мощей святителя Тихона Задонского. Это событие произвело большое впечатление на Тамбовского архипастыря и послужило как бы особым благодатным освящением его собственного служения.
Епископ Владимирский
22 июля 1863 года преосвященный Феофан был перемещен на Владимирскую кафедру.
Непродолжительно было служение епископа Феофана и во Владимире, но и здесь он проявил себя ревностным архипастырем и успел заслужить всеобщее уважение и любовь. Первым предметом попечения заботливого архипастыря Владимирской епархии было спасение пасомых через назидание, посредством проповеди слова Божия. Епископ Феофан предпринимал поездки в раскольнические центры епархии, где произнес целый ряд проповедей, а в конце 1865 года открыл в селе Мстере Вязниковского уезда Богоявленское православное братство.
Однако предметом самых усердных забот епископа Феофана явились церковно-приходские школы и духовно-учебные заведения епархии. Он закончил начатую его предшественником постройку общежития для учеников Владимирской духовной семинарии, открыл училище для девиц духовного звания. С начала 1865 года по ходатайству святителя Феофана стали выходить «Владимирские епархиальные ведомости». За усердную и плодотворную архипастырскую деятельность во благо Церкви преосвященный Феофан был награжден орденом святой Анны II степени (17 апреля 1857 года) и святой Анны I степени (19 апреля 1864 года).
Увольнение на покой
После двадцатипятилетнего служения Церкви на различных поприщах, преосвященный Феофан нашел благовременным осуществить свое всегдашнее стремление. Посоветовавшись со своим давним духовным руководителем митрополитом Исидором, он подал прошение в Святейший Синод об увольнении его на покой с правом пребывания в Вышенской пустыни Тамбовской епархии. Ходатайство владыки было удовлетворено, и он 17 июля 1866 года был освобожден от управления епархией и назначен настоятелем Вышенской пустыни, где повел свою жизнь как ученый инок.
Но не возможностью покоя влекли к себе сердце владыки тихие монастырские стены. «Я ищу покоя, — писал епископ Феофан митрополиту Исидору, — чтобы покойнее предаться занятиям желаемым, с тем непременным намерением, чтобы был и плод трудов, и полезный и нужный для Церкви Божией».
Суетная должность настоятеля нарушала внутренний покой владыки Феофана, и он скоро подает новое прошение об освобождении его от этой должности. Святейший Синод удовлетворил его просьбу. Долгожданное уединение, к которому так настойчиво стремился святитель, наконец пришло по милости Божией. Об этом времени святитель говорил: «Выши своей не променяю не только на Санкт-Петербургскую митрополию, но и на патриаршество, если бы его восстановили у нас и меня назначили бы на него... Вышу можно променять только на Царство Небесное».
В первые шесть лет своего пребывания в Вышенской пустыни преосвященный Феофан не уединялся окончательно. Вместе с иноками обителй он ходил ко всем церковным службам, а в воскресные и праздничные дни сам совершал литургию в сослужении братии. Внешняя обстановка вполне соответствовала духовным потребностям подвижника-святителя. Он охотно принимал посетителей - родных и почитателей, искавших его духовных советов, вразумлений и наставлений, выходил из кельи на прогулку. Святитель Феофан в начале своего пребывания в Вышенской пустыни испытывал борьбу с помыслами, которые внушали ему сожаление о раннем оставлении кафедры.