В течение долгого времени донские казаки не имели своего епископа и соответственно епархии. Первоначально территория Дона частью входила в Рязанскую епархию (Червленый Яр, Хопер, Воронеж вплоть до р. Дон), а частью — в Саранскую.
Сарайская (или Сарская) епархия была основана в городе Сарай на Волге (отсюда название) в 1261 году митрополитом Кириллом Сарайским и служила посредником между митрополитом Московским и Вселенским Царьградским патриархом. До середины XV века донские казаки в церковном отношении подчинялись епископу Сарайскому (Сарскому), к титулу которого было прибавлено «Подонский». В середине XV века Сарайский епископ Вассиан перенес свою кафедру в Москву, поселившись в Крутицах; с этих пор он стал именоваться епископом (затем митрополитом) Крутицким.
С конца XVI — начала XVII в. территория Дона в церковном отношении была подчинена непосредственно патриарху Московскому и Всея Руси. Интересно, что один из патриархов начала XVII века Гермоген, «в молодости был донским казаком».
По всем церковным нуждам казаки отныне обращались непосредственно к патриарху, правда, через Посольский приказ. Они просили святейшего владыку то о рукоположении в священники лиц, избранных на казачьем Кругу, то о написании икон или поправке обветшалого переплета Евангелия, то об отливке колоколов, присылке антиминсов, то е. разрешении восстановить храм (например в Азове, после взятия его у турок в 1637 году) или просили благословения и средств на постройку храма в стольном казачьем граде Черкасске.
Интересен перечень икон, которым особо поклонялись донские казаки. К ним относились иконы Иоанна Предтечи (воспоминание об Азовском «осадном сидении»), архангела Михаила (покровителя воинов), Николая Чудотворца, Алексея, человека Кожи я, Тихона Чудотворца и архидиакона Стефана.
Взаимоотношения казаков с церковными властями в разное время складывались по-разному. К 1630 году дело, например, дошло до того, что на Дон пришла опальная грамота, в которой содержалось патриаршее отлучение донцов от церкви за неисполнение ими государевых наказов жить в мире с турками и татарами и за убийство государева посла на Дону. Казаки уперлись и ответили тем, что запретили своим священникам поминать, как того требовали правила богослужения, во время божественной литургии патриарха и московских митрополитов. И только с 1687 года на Дону в церквах во время большого выхода казачьи священники стали поминать о здравии святейшего патриарха Московского и Всея Руси.
Первым известным по достоверным историческим документам храмом Дона был деревянный собор во имя Воскресения Христова, построенный в Черкасске, который с апреля 1644 года стал казачьей столицей - Главным Войском.
Еще в период Азовского «осадного сидения» 1641 года казаки дали обет, что если Господь Бог поможет им отбиться от несметных полчищ «султана турского», то они построят храм во имя Воскресения Христова. Победа сопутствовала донцам, но храм так и не был ими заложен. Моровое поветрие, посетившее Дон в 1649 году, заставило казаков вспомнить о своем обете, и они спешно послали в Москву к патриарху Иосифу (1642—1652) зимовую станицу, прося святейшего послать им благословенную грамоту на строительство храма. В апреле 1650 года патриаршая грамота прибыла на Дон. А царь прислал свое жалованье на строительство дома Господня. «Пожаловали мы вас по вашему челобитью, велели послать к вам нашего жалованья на церковное строение 100 руб. и книги... и ризы и иные церковные потребы», - говорилось в этой грамоте.
В августе 1650 года «тишайший» государь Алексей Михайлович вновь прислал для строительства собора 100 руб., книги ризы и другие предметы, необходимые для богослужения. К 1652 году деревянный собор во имя Воскресения Христова, имевший Благовещенский, Предтеченский, Алексеевский и Николая Чудотворца приделы, был построен. К моменту открытия храма в Черкасск из Москвы прислали новые дары: две иконы в окладах, большие свечи, богослужебные книги, ладан, подсвечники, церковное вино.
Наряду с храмами официальной православной церкви на Доку существовали часовни раскольников (такая часовня была, например, в Рыковской станице в 1687 году).
Сторонники раскола появились на Дону в 70-х годах XVII века. Войсковые власти, следуя указам царя и грамотам московского патриарха, активно и жестко боролись с раскольниками. Так, в 1676 году в Черкасске был сожжен на костре раскольничий священник Савелий. Однако этот страшный акт не подействовал на сторонников старой веры, и ряды раскольников на донской земле продолжали расти, ибо в старообрядческом движении многие коренные казаки видели свою поддержку в борьбе против засилья Москвы. Во главе этого движения на Дону стали влиятельные старшины Фома Севастьянов, Павел Чекунов, Самойла Лаврентьев. Их сторонники, особенно в Черкасском городке, умножались с каждым годом. При поддержке этой части казаков беглые старообрядческие попы Евтихий и Феодосии разъезжали по казачьим городкам, проповедуя о чистоте своей веры и о ереси царя и патриарха.
К 1686 году старообрядческие позиции укрепились на донской земле настолько, что донским войсковым атаманом стал решительный и убежденный сторонник старообрядчества Самойла Лаврентьев. Отправив с легковой станицей в Москву влиятельного Фрола Минаева, Самойла Лаврентьев призвал в Черкасск старообрядческого попа Самойлу, которому разрешил служить в соборном приделе Иоанна Предтечи. Причем служба велась по старым («неисправленным») церковным книгам. Так, в старом служебнике поминовения царя и патриарха на большом выходе не было, а потому поп Самойла их «не поминал», что считалось ересью и преступлением.
Казачество Терека, не смотря на сходство ряда обычаев с донцами, имело и свои особенности. Но следует отметить, что, казаки Терека всегда свято хранили православные традиции, принесённые ими в древности на Кавказ, и этим самым подчеркивали свою обособленность и обособленность от всего остального мира.
Подвижный образ жизни казаков в XVI веке не позволял им иметь церкви, а отсутствие священников было обусловлено достаточной удалённостью от православных епархий России. В этих условиях гребенцы и терцы исполняли религиозные обряды по своим возможностям и в соответствии с той формой, которую приняли, их предки в условиях полной религиозной изоляции.
Православная жизнь казачьего общества находилась в руках «знающих» казаков, а они, в свою очередь, избирались на Круге в соответствии с правилами казачьей демократии.
Церкви начали появляться на Тереке в острогах, поставленных «царевыми людьми» в XVII веке. Гребенцы и терцы, возможно, посещали их, но это продолжалось до момента Никоновских реформ в Русской Православной Церкви.
Церковные нововведения дошли до Терека не сразу Астраханские архиереи старались не досаждать казаков объяснениями тонкостей богословских различий, однако же, движение раскола неминуемо докатилось из России, через Дон, на Кавказ.
Первоначально гребенцы радужно встретили беглых раскольников, но затем, столкнувшись с их явно антироссийскими настроениями, казаки совместно с узденями кабардинской княгини Тауксаль разбили основные силы мятежников у Сунженского брода в 1692 году.
Религиозное давление на терцев постепенно усиливалось, и было это следствием того, что они, начиная с 1668 года попали в определенную зависимость от царских воевод, получили название Терского казачьего войска и были включены в состав гарнизона Терской крепости. Тем не менее, казаки держались старых обычаев, и не редко находили поддержку у воевод, для которых вопросы обороны и верности государю была главными. Этот принцип оставался неизменным в отношении Москвы к казакам Терек на всем протяжении XVI -XVII веков. При Петре Великом старые верования казаков не подвергались особым гонениям, так как царь был заинтересован в казачестве для реализации своих внешнеполитических планов. Но постепенно, с проникновением государства в жизнь казаков, старообрядческая часть населения стала подвергаться всё большим гонениям.
В казачьих семьях в «святом месте» всегда висели одна или две иконы. Когда казаки молились, они обязательно совершали крестное знамение. Без усердной молитвы казаки не начинали ни одного доброго дела
Среди наиболее почитаемых среди казаков молитв были: молитва святому Духу, Символ Веры, молитва ко пресвятой Троице, молитва мытаря, молитва предначинательная, пресвятое., молитва Господня, молитвы перед и после вкушения пищи, псалмы, а так же молитвы о живых и усопших и т.д.
Были так же и специальные казачьи молитвы: Верная молитва казаков, произносит которую следует так: «Господи, спаси, сохрани, помилуй нас, осени во тьме ночной воинов и Россию всю, огради Крестом Твоим от вражеских сил и праведников ниспошли нам сон». Так же произносилась молитва перед сражением: «Господи сил, с нами буди: иного бо разве Тебе помощника в скорбех не имамы, Господи сил, помилуй нас. Суди, Господи, обидящие нас, побори борющия нас. Прими оружие и щит и восстанови в помощь нашу. Всесвятая Богородице, во время живота моего не остави мене, человеческому предстательству не ввери мя, но Сама заступи и помилуй мя. Все упование мое на Тя возлагаю, Мати Божия, сохрани мя под кровом Твоим. Да воскреснет Бог, расточатся врази Его, и да бежат от лица Его ненавидящий Его».
С малых лет чтили и почитали казаки заповеди Божьи:
1. Я Господь, Бог твой, Который вывел тебя из земли Египетской, из дома рабства; да не будет у тебя других богов пред лицом Моим.