Як і будь-яка організація, кожне з Європейських співтовариств і Союз у цілому здійснюють свою компетенцію через власні органи. Саме за допомогою своїх інститутів і других спеціальних органів Союз забезпечує досягнення поставлених перед ним цілей і реалізацію своїх повноважень у різних сферах громадського.
Разом узяті, органи Європейського Союзу утворять цілісну систему. Подібно системі органів і установ країни, вона може бути позначена терміном "механізм". Кожний орган Союзу виступає в цій системі (механізмі) як окремий елемент, пов'язаний з іншими.
Отже, організаційний механізм Європейського Союзу - це система інститутів і інших органів, за допомогою яких дана організація здійснює свою компетенцію.
З погляду своєї структури (внутрішньої будови) організаційний механізм складається із двох частин. Для найменування кожної з них використовуються спеціальні терміни.
Керівні органи, наділені, як правило, владними повноваженнями, іменуються в праве Європейського Союзу інститутами. Саме на інститути покладене здійснення завдань Європейських співтовариств і Союзу в цілому, саме в особі своїх інститутів Європейський Союз реалізує ті суверенні права, які були делеговані йому країнами-членами.
Інститутів у Європейських співтовариств спочатку було чотири, нині їх п'ять: Європейський парламент, Рада, Комісія, Суд і Рахункова палата (параграф 1 ст. 4 ДЄС).
Інститути утворюють центр, ядро організаційного механізму кожного Європейського співтовариства і Європейського Союзу в цілому. Інші його елементи, набагато більше численні, позначаються в праві Європейського Союзу терміном "орган". Причому зазначене поняття розглядається як самостійне, у результаті чого в статтях установчих договорів і нормативних актах нерідко можна зустріти вираження "інститути й органи". [17]
Наділі, звичайно, кожний інститут одночасно виступає як орган Співтовариств і Союзу. Але зворотне вже не буде вірним: інститутів як керівних органів п'ять, кількість же "просто" органів у залежності от способу підрахунку можна виміряти десятками або навіть сотнями (якщо враховувати різного роду допоміжні комітети консультативного характеру).
У цьому зв'язку з обліком теоретичних й практичних міркувань наведену вище нормативну характеристику структури організаційного механізму Союзу можна трохи змінити: інститути й інші органи. Перші - центральна ланка, другі часто носять допоміжний і/або консультативний характер (наприклад, Економічний і соціальний комітет як консультативний орган, що включає представників різних класів і професій на території ЄС).
Багато хто з категорії "других органів" засновані самими інститутами Союзу, складаються при інститутах або навіть є їх структурними підрозділами.
Зі сказаного, однак, не слід робити висновок, що "просто" органи Союзу (тобто ті, які не одержали статусу інституту) завжди є чим-небудь маловажним, несуттєвим. Серед розглянутої категорії зустрічаються й такі, значення яких у політичній системі Союзу дуже велико. Як приклад можна привести Європейська рада, що включає вищих керівників всіх країн-учасниць і Голови Європейської комісії.
Слід зазначити, що поняття "орган" у праві Європейського Союзу використовується в дуже широкому значенні. До категорії органів тут відносять і такі утворення, які в країнах позначаються терміном "установи", наприклад, Європейський соціальний фонд або Європейське агентство з питань навколишнього середовища.
Сюди ж включаються й ті частини організаційного механізму, що мають власну правосуб'єктність, відмінної от правосуб'єктності Співтовариств і Союзу в цілому. В адміністративному праві деяких країн подібні установи мають статус публічної юридичної особи (на відміну від приватноправового: акціонерне товариство й т.п.), а в офіційних документах Союзу їх іноді іменують "децентралізована організація" (дослівно - організм) або "організація публічного права, створена на підставі установчих договорів".
Отже, структуру організаційного механізму можна охарактеризувати як дворівневу. Перший (базовий) рівень становить інституційний механізм (система п'яти інститутів), для другого (інші органи) характерне різноманіття організаційно-правових форм і загальних умов діяльності.
Кожний інститут Європейського співтовариства є тимчасово інститутом для двох других, "секторних" Співтовариств (з 1967 р.), а дорівнює (з 1993 р.) - інститутом Європейського Союзу в цілому. Наприклад, Європейський парламент - це парламент і ЄС, і ЕОВС, і Євратому, і Парламент усього Союзу. Це ж саме відноситься до інших інститутів. [17]
Відповідно при прийнятті рішень вони діють в одному випадку як інститут Європейського співтовариства й керуються його установчим договором, в іншому - застосовують правила договорів в ЕОВС або Євратомі.
Правила діяльності інститутів у рамках різних опор Союзу (або навіть усередині їх) можуть бути різні, але у всіх випадках від імені Союзу виступають одні й те ж керівні органи. Єдиний інституційний механізм є однією із ключових умов організаційної єдності Європейського Союзу як інтеграційна організація.
Незважаючи на те що інститути є загальними для всього Союзу, основи їхнього правового статусу закріплюються в установчих договорах Європейських співтовариств. Цьому питанню в Договорі про ЄС присвячена окрема частина - частина п'ята "Інститути Співтовариства".
Саме тут встановлені порядок формування, склад, а також загальний порядок діяльності всіх п'яти інститутів ЄС і Союзу в цілому, а також деяких інших органів (Європейський інвестиційний банк, Економічний і соціальний комітет, Комітет регіонів).
Що стосується повноважень, то вони можуть випливати з різних норм установчих документів, як Співтовариств, так і Союзу (у рамках ЄС головним джерелом повноважень, нагадаємо, служить частина третя установчого договору "Політика Співтовариства"). [7]
Для деяких інститутів і органів Союзу детальні правила їхньої внутрішньої організації й діяльності виділені й закріплені в уставах, прикладених як протоколи до установчих договорів.
Правове положення багатьох органів Союзу закріплюється в нормативних актах інститутів і інших джерел вторинного права. Наприклад, для Омбудсмана таким є рішення Європарламенту про загальні правила й умови його діяльності, для Військового штабу і Військового комітету - спеціальні рішення Ради Європейського Союзу; Європол функціонує на основі спеціальної конвенції в його установі.
Нарешті, кожний інститут і багато інших органів Союзу мають свої внутрішні регламенти (для судів - процесуальні регламенти). Так називаються документи, у яких встановлюються процедурні правила. Із цієї причини в англомовних джерелах зазначені документи йменуються "правила процедури".
З 1967 р., коли набув чинності "Договір про злиття", по 1 листопада 1993р. Рада виступала як "Рада Європейських співтовариств". Після набрання чинності Договором про Європейський Союз повна офіційна назва цього інституту - Рада Європейського Союзу.
З урахуванням особливостей складу Ради (у ньому засідають міністри країн-членів), у засобах масової інформації й науковій літературі його також часто йменують "Раду міністрів". Однак ця назва зараз є неофіційним.
У західноєвропейській доктрині Рада, незважаючи на склад, традиційно характеризується як головний законодавчий орган Європейського Союзу. Характеристика Ради як законодавця нині прямо відбита в установчих договорах, хоча поряд із законодавчим він здійснює багато інших повноважень, у тому числі й з виконавчої влади.
У відповідності зі ст. 146 Договору про ЄС до складу Ради входять "по одному представнику від кожної країни-члена на міністерському рівні", тобто всього в Раду в цей час входить 27 членів.
Як видно із процитованої норми, члени Ради - це, як правило, міністри урядів країн-членів. Які саме міністри - установчі договори не визначають.
Первісна практика додержувалася традицій міжнародних організацій: учасниками засідання Ради від кожної країни, як правило, були члени уряду, відповідальні за зовнішні зносини, тобто міністри закордонних справ. Однак незабаром з'ясувалося, що такий підхід малоефективний. Рада - орган, насамперед, законодавчий. Нормативні акти по конкретних питаннях громадського життя більш професійно можуть обговорювати й приймати галузеві міністри, відповідальні у своїх країнах за відповідну галузь керування. У результаті вже в перші роки існування Європейських співтовариств Рада розділився на два види:
Рада по загальних питаннях, що засідає в складі міністрів закордонних справ або міністрів по "європейських справах" (така посада нині існує в урядах деяких країн-членів). [10]
Рада по загальних питаннях приймає рішення зовнішньополітичного характеру, тобто в сфері відносин Співтовариств і Союзу із третіми країнами, а також з питань, що зачіпають Європейський Союз у цілому ("загальні питання"), наприклад, про скликання конференції по перегляду установчих договорів.
Рада по загальних питаннях також координує роботу й розподіляє компетенцію між різними "формаціями" галузевої Ради, інакше називаного спеціальним.
Галузева (спеціальна) Рада - Рада, що засідає в складі галузевих міністрів країн-членів, наприклад міністрів промисловості або транспорту.
Залежно від того, яка предметна компетенція галузевої Ради, і, відповідно, які міністри виступають його членами, вона має безліч різних спеціальних, "формацій", нині – 15.
Таку "формацію" в установчих договорах називають "Рада в складі глав країн або урядів". З урахуванням форми правління країн ЄС дана Рада звичайно включає 27 прем'єр-міністрів і одного президента (французького, тому що Франція - напівпрезидентська республіка).