В 1993 году помещение краеведческого музея заняли под класс, а экспонаты и документы перенесли в складское помещение, в последствии почти все потеряли.
В 1996 году в 4 часа утра 18 октября на западной стороне главного кирпичного здания на втором этаже в конце коридора от неисправности электропроводки вспыхнул пожар. В северном классном помещении была расположена богатая школьная библиотека, которая полностью пострадала от пожара. Сгорела чердачная крыша здания, построенного в 1958 году, потолок двух классных помещений и коридора второго этажа. Школьная документация не пострадала, не пострадали школьная мебель, учебно-наглядные пособия и оборудование. Жертв не было. Силами педагогического коллектива и работников школы, МПМК быстро очистили здание от мусора, очистили от сажи и побелили стены на северной половине корпуса, изолировали (перегородили) вышедшие из строя 4 классных помещения и через двое суток приступили к нормальным занятиям (не занимались 18-19 октября).
После пожара многие колхозы, предприятия, воспитанники оказали школе большую материальную помощь, привезли стройматериалы бесплатно. Учителя школы, района внесли в спецсчет в качестве помощи однодневную зарплату. Генеральный директор завода «Чăвашенкрахмал» предприниматель С.А.Кудряшов выделил кровельный материал (оцинкованное железо) на сумму 7 млн. рублей, преподаватель ЧГСХА Ю.Н.Доброхотов передал свои сбережения в сумме одного миллиона рублей и т. д. В госбанке на счет школы в качестве помощи поступило 50 млн. рублей. В то же время со стороны государства в такой критический момент никакой помощи не было. Благодаря усилию главы районной администрации П.А.Блинова быстро завершили первоочередные ремонтные работы: деревянные перекрытия заменили железобетонными. Восстановили чердачное перекрытие и т. д.
Из-за отсутствия классных помещений 12 классов-комплектов учащихся 1-4 классов перевели заниматься в 1996 году после пожара в свободное здание детского сада «Сказка» (где в одно время была спортивная школа), а 6 классов-комплектов занимались во вторую смену.
В 1997 году районная администрация за 2,5 млрд. рублей закупила здание «Паха тĕрĕ», и 12 января 1998 года это помещение передали школе, где открыли Яльчикскую среднюю школу №2. Директором школы назначили Л.Г.Теллина, заместителями – О.А.Баранову и А.А.Александрову. Из основной средней школы туда перешли 2 пятых, 2 шестых, 1 седьмой, 2 восьмых, 1 девятый,1 десятый, 1 одиннадцатый (всего 10 классов- комплектов) классы. К ним присоединили 12 классов- комплектов учащихся начальных классов, занимавшихся в помещении ясли - сада «Сказка». В Яльчикской средней школе №1 в основном остались в 5-8 классы. Директором остался Г.В.Ястребов, его заместителями – А.И.Богданов и А.А.Данилов. 12 учителей основной средней школы перешли в среднюю школу №2, основной костяк остался в школе №1.
Несмотря на трудности, возникшие в связи с пожаром, открытием школы №2, 5 декабря 1998 года дирекция решила отметить 120-летие школы. Ремонтные работы по восстановлению здания не были завершены, в целях экономия топлива отсоединили систему отопления в спортзале, читальном зале. Гостей принимали на втором этаже, в коридоре пристроя. На юбилей школы собрались около 300 человек – учителя (которые работали, работают в данное время), бывшие воспитанники школы. На торжество приехали из Министерства образования Чувашской Республики зам. Министра В.В.Сапожников, зам. зав. отдела образования Госсовета ЧР Г.А.Васильев, глава администрации Яльчикского р-на П.А.Блинов, начальник РУНО Н.П.Иванов и др.
С докладом об истории школы выступил директор школы Г.В.Ястребов. Торжественный вечер начался с исполнения Гимна Чувашской Республики учащимися 10-11 классов. Вечер вели организатор внеклассной, внешкольной воспитательной работы А.А.Данилов и школьный психолог И.П.Тетерина, ученик 11 класса Лапшин. Концертные номера показывали между выступлениями гостей.
Первым с приветственной речью выступил глава райадминистрации П.А.Блинов, вручил школе 11000 рублей и папку, почетные грамоты района некоторым учителям школы.
Вторым выступили зам. Министра образования ЧР В.В.Сапожников и представитель Чувашского Госсовета Г.А.Васильев. Они подарили школе кинопроектор, а ветеранам педагогического труда вручили ценные подарки (книги), Почетной грамотой Министерства образования ЧР наградили Ефимову С.Б., Л.Е.Крылову, В.П.Московскую.
Третьим от имени ветеранов пришлось выступить мне.
Из воспитанников школы выступили: Анатолий Никандрович Макаров (директор средней школы №56 г. Чебоксары), Владимир Никандрович Макаров (зам. директора агрегатного завода по соц. вопросам), преподнесли в подарок самовар электрический.
С приветственной речью выступили: бывший зам. директора школы А.А.Николаева (Лазарева), которая работала в книжном издательстве, выпускник 1951 года писатель Борлен (Борис Леонтьевич Тихонов).
Предприниматель, выпускница школы Сталина Петровна Васильева (Носова) преподнесла школе в подарок шкаф на сумму 1200 рублей. От имени с/хоз. управления выступил его начальник, бывший воспитанник школы Свеклов Виталий Деомидович, вручил школе чайный сервиз и деньги в конверте.
Очень интересно выступила с воспоминаниями о школе зам. директора Кугесьской средней школы №1 по учебно-воспитательной работе Лидия Петровна Шалькевич (Александрова). Она написала целую поэму о школе. При мне работала организатором внеклассной и внешкольной воспитательной работы и учительницей немецкого языка. Много теплых слов сказала в адрес школы и в мой адрес.
От имени ЧГПУ им. И.Я. Яковлева приветственной речью выступил декан подготовительного педагогического факультета В.В.Васильев, выступила бывшая учительница русского языка и литературы, доцент филфака ЧГПУ им. И. Я. Яковлева Федорова Елизавета Федоровна (Васильева), преподнесла в подарок картину в раме.
Выступили далее:
директор Новобайдеряковской основной общеобразовательной школы В.Н.Анисимова (подарила ножную швейную машину), колхоз «Прогресс» подарил чайный сервиз;
глава Яльчикской сельской администрации В.Н.Теплов, директор Аптемяшинской ООШ М.Д.Никифоров, учитель Сабанчинской ООШ В.С.Елкин, зав. отделом молодежи администрации района Л.А.Александрова, зав. районной аптекой Р.Н.Молодова (преподнесла в подарок кофеварку). Президиума не было, протокол не вели.
После торжественной части в кабинете №13 устроили банкет с участием гостей из Чебоксар, райадминистрации, учителей школы, учителей ветеранов: Е.Г.Кузьминой, Л.Е.Черновой, Е.А.Уруковой, Г.П.Петровой, З.В.Кузьминой, З.И.Степановой, Ю.И.Степановой, Н.Е.Московского, А.А.Сайкина, Р.П.Соминой, В.П.Николаевой, бывших учителей Л.П.Шалькевич и Л.П.Денисовой.
Для проведения юбилея большую помощь оказали: маслосырзавод, хлебозавод, коммунхоз, сельхозтехника, «Чǎвашенкрахмал», колхоз с.Сабанчино (пред. В.В.Кириллов).
Юбилейный вечер начался в 10 часов 30 минут, гости разошлись в 16 часов.
В июне 2001г. в связи с уходом на пенсию освободился от должности зам. директора А.И.Богданов, а в июле2001г. оставил должность директора Г.В.Ястребов. Директором средней школы №1 назначили, бывшего зам. директора по воспитательной работе Алексея Ардалионовича Данилова, его заместителем назначили Л.Е.Крылову (учитель чувашского языка) и по воспитательной работе Л.Н.Васильеву (учитель начальных классов). Под непосредственным руководством новой главы райадминистрации Н.П.Миллина, благодаря усилиям начальника РУНО А.Ф.Ишмуратова и директора школы А.А.Данилова за июль-август 2001 года полностью завершили капитальный ремонт школы. Полкоридора нижнего этажа застелили мраморной плитой, внутри и снаружи покрасили, побелили, в половине кирпичного здания, которое пострадало от пожара, заменили окна, систему отопления, пол на втором этаже, классные двери. Открытие школы состоялось 1 сентября 2001 года. На открытие приехали Президент ЧР Н.В.Федоров, Министр образования ЧР Г.П.Чернова и глава администрации Н.П.Миллин. Заасфальтировали дорогу перед школой, переднюю площадку; школа вновь приобрела свой надлежащий привлекательный вид.
19 января 2002 года по распоряжению райадминистрации первое здание Яльчикской школы (напротив милиции), построенное в 1887 году, разобрали и выдали учителям на дрова в счет коммунальных услуг. Несмотря на возраст здание сохранилось в вполне удовлетворительном состоянии, бревна нисколько не сгнили. Теперь на этом месте построено здание районного суда.
В 1998-1999 учебном году в средней школе №2 были открыты лицейские классы по подготовке абитуриентов ЧГУ, для чтения лекций часто приезжали преподаватели университета.
В 2002 году летом за 3 месяца строители Яльчикской «Сельхозтехники» под руководством прораба Иванова (воспитанник школы) сделали с северной стороны пристрой к основному корпусу на 320 ученических мест. В августе 2002 года школу №2 объединили со школой №1, и в Яльчиках вновь стала одна крупная средняя школа. Директором школы назначили А.А.Данилова, по воспитательной работе – О.А.Баранову, Л.Е.Крылову, по воспитательной работе– Л.Н.Васильеву.
В 2003 году разобрали на дрова деревянное здание школы на 280 ученических мест, построенное в 1929 году. Бревна, потолок, пол, страпилы – все сохранилось в свежем виде. Пришкольный сад с восточной стороны ликвидировали. Еще в 1999 году снесли деревянные здания, хозяйственный двор, расположенные на территории школы с северной стороны. Пришкольный сад на северо-западной стороне также был уничтожен ввиду строительства нового пристроя, котельной и теплых гаражей. С 1999 года здание пришкольного интерната перешло в распоряжение райадминистрации, а затем его снесли совсем. Участок при интернате и его сад перешли в частные руки.