Преподаватель «Мухаммадии» Ахметжан Мустафа заявил, что мусульманам не нужны муфтий и муфтият, назначенные правительством. Основной задачей муфтия должна стать реформа Духовного Собрания и школ. При этом должны быть изданы фетвы, обеспечивающие прогресс нации.
Следующей важнейшей проблемой стал способ избрания приходами духовенства. В программе большинства, зачитанной ректором медресе "Буби" Габдуллой Буби, значились три пункта: избрание приходом, экзамен и одобрение Духовным Собранием. Галимджан Баруди возглавил Духовную комиссию съезда. По программе реформы управления духовными делами в России создавались пять Махкама-и-Исламия (Мусульманских Собраний). Им передавались все религиозные дела мусульман, включая контроль над медресе, мечетями и вакфами, утверждение духовных лиц и судопроизводство по вопросам никаха (брака), талака (развода) и мираса (раздела имущества). Средний уровень должны были составлять губернские и уездные меджлисы духовенства. Главой мусульман России избирался Раис аль-улама, имеющий право личного доклада Императору. Все духовенство избиралось только мусульманами. Рекомендация Гаспринского провозгласить Раис-аль-улама Галимджана Баруди обозначала открытый разрыв с муфтиями и всей системой официального религиозного устройства. Однако татарское духовенство, поддержанное буржуазией, было уже принципиально готово к переходу к религиозной автономии. В ЦК партии мусульманской элиты "Иттифак" вошли пять улемов и модернизаторов Ислама: Габдулла Апанай, Галимджан Баруди, Габдулла Буби, Рашид Ибрагим, Муси Биги. Заметим, что из 11 татар 5 представляют духовенство и/или модернизаторов Ислама.
При обсуждении вопроса о способе подготовки учителей социалист и сторонник Гаяза Исхаки Фуад Туктаров предложил, чтобы функции рушдия (среднего разряда медресе) не смешивались с функциями учительских школ. Тем самым, он выступил за разграничение систем духовного и светского образования. Ректор же медресе "Мухаммадия" Галимджан Баруди выступил за совмещение функций имама и учителя. Он отметил, что в российских условиях нереально полное разделение обязанностей имама и учителя, функций мечети и школы. Баруди заявил: "С моей точки зрения, нахождение мектебов и медресе в руках имамов будет наиболее удачным вариантом". Позицию Баруди поддержал и Габдулла Буби, заявивший, однако, что для преподавания имамы должны сдавать специальные экзамены. В целом, данная дискуссия представляет собой ключ к последующим событиям, связанным с забастовками шакирдов. Шакирды требовали максимального введения в программу медресе светских предметов, в результате чего медресе фактически превращались в учительские школы. Большинство ректоров соглашались с теми или иными уступками, но в итоге стремились к сохранению статуса медресе как религиозных учебных заведений. В ответ зачастую вспыхивали стачки шакирдов. Эти стачки оканчивались частичной модернизацией, сопровождавшейся добровольным уходом или изгнанием наиболее радикальных шакирдов, как, в частности, в медресе "Мухаммадия". В итоге, шакирды даже грозились убить Баруди, ставя его на одну доску с кадимистом-доносчиком Ишми-ишаном. В прошениях к властям уже в 1910-е г. он писал о своей борьбе с революционным движением. Он стремился сделать шакирдов своими мюридами, но времена суфизма прошли.
В доносе кадимистов на имя казанского губернатора в 1910 г. указывалось, что "Галеев (Баруди—А.Х.), Апанаев, Буби, Гаспринский... портили нашу мусульманскую молодежь и теперь заразят мирный народ, если не вывести вон новометодников... наши мусульмане станут помышлять о ханстве". Впрочем, сбор информации с мест представителями жандармерии опровергал, как правило, подобные доносы.
Исходя из общности цели в сфере образования, в начале ряд мударрисов поощряли реформаторское движение шакирдом. В 1906 г. Гаяз Исхаки в Казани под влиянием мулл-лидеров "Иттифака", особенно Галимджана Баруди, создает Союз шакирдов "Берек" ("Единство"). С 16 мая 1907 г. намечалось устроить съезд учителей и шакирдов для создания Общероссийского союза шакирдов "Берек". В циркуляре казанского губернатора указывается, что "Берек" является "отголоском постановлений Нижегородского мусульманского съезда 1906 г. Его главными целями являются свержение самодержавия и созыв Учредительного Собрания". В рапорте казанского полицмейстера говорится, что данный съезд проводится при поддержке мулл Галимджана Баруди и Габдуллы Апаная. В казанское медресе Галеева, под предлогом участия в неразрешенных учительских курсах, прибыло 59 человек. Пристав 5-ой части "оставил постановление о закрытии таковых, а находившимся там лицам было предложено немедленно разъехаться". Репрессии на организаторов съезда обрушились через год. 7 мая 1908 г. по указанию Казанского губернатора были высланы в Вологодскую губернию Галимджан Баруди, Салихджан Галиев, Габдулла Апанай и Габдельхамид Казаков. Однако именно один из участников «Берек» Галимджан Ибрагимов в 1926 году в книге «Татары в революции 1905 г.» назовет Баруди не только черносотенцем, но и погромщиком. Нет более жесткого критика, чем вчерашние поклонники… К счастью, Галимджан-хазрата уже не было среди живых. Впрочем, Ибрагимову еще при жизни придется пережить столь же абсурдные и унизительные обвинения.
После смерти Столыпина в 1911 г. правительство отказалось от политики прямых репрессий. Баруди провел несколько лет в мусульманских государствах и совершил хадж. Однако он уже был не в том возрасте, когда отлучка от дома, семьи, учеников и паствы дает результаты. К счастью, в отличие от Курсави, Баруди сумел вернуться домой, где возобновил руководство медресе и редактирование богословского журнала «Дин ве адаб» («Религия и литература»). В эти годы к общественной деятельности вернулись Галимджан Баруди, Гаяз Исхаки, Али-Мардан Топчибашев. Однако идея единого движения мусульман России была подорвана невозможностью создать легальную политическую партию и сильную думскую фракцию. Общие просветительские задачи мусульман России были решены, а религиозное и экономическое единство не были достигнуты. Баруди все больше отходит от общественной деятельности. В 1914 г. он тяжело переживает смерть Исмагила Гаспринского, с которым его связывали десятилетия совместной общественной деятельности.
Однако в марте 1917-го года вновь ставится вопрос об автономных национальных органах. В марте 1917 г. буржуазия финансировала создание национальных фондов, то есть финансовых институтов автономии. 24 марта 1917 г. в Казани в доме Валиуллы Ибрагимова проходит собрание наиболее уважаемых членов — старейшин общины под представительством Галимджана Баруди. Буржуазия приняла решение официально создать "Милли сермая" (Национальная казна), составившую 825.223 рубля на 27 марта. Галимджан Баруди сам пожертвовал 1.000 рублей.
В первые послереволюционные дни после смещения муфтия-черносотенца Сафы Баязитова контроль над Духовным Собранием, установила комиссия, созданная из общественных деятелей Уфы и местного духовенства. Основными кандидатами были Баруди и Фахретдин, представлявшие соответственно мусульман Казани и Оренбурга. Фахретдин отказался от должности, и само избрание Баруди должно было символизировать роль Казани как священной столицы мусульман Волго-Уральского региона.
На I Всероссийском мусульманском съезде в мае 1917 г. духовенство вело самостоятельную политику. Оно приняло "деятельное и активное участие во всех политических делах", настаивало на параллельном сосуществовании национальных и религиозных органов. Ключевым моментом, усилившим самостоятельность духовенства, стало избрание в мае 1917 г. на I Всероссийском мусульманском съезде независимого Духовного Собрания во главе с муфтием Галимджаном Баруди. Тем самым, муфтий стал единственным лидером, избранным представителями всех мусульман России и своеобразным символом единства российской уммы. В муфтии были выдвинуты пять кандидатур, включая Галимджана Баруди, Мусу Биги, Габдуллу Буби, Хасан-Гату Габяши и Садри Максуди. Избрание наиболее авторитетного из улемов — Баруди, выдвигавшегося на пост Раис аль-Улама еще на III Всероссийском мусульманском съезде в августе 1906 г., обозначило прекращение традиции назначения муфтиев государством. Баруди и избранные казыи представляли джадидов и в большинстве своем являлись активными политическими деятелями на протяжении всего периода своей деятельности.
Духовенство было готово к самостоятельным действиям и начало подготовку к собственному съезду. 20 мая 1917 г. в Казани была сформирована комиссия по подготовке Всероссийского съезда улемов (духовенства) из руководства "Общества духовенства". Таким образом, сторонники Баруди взяли под свой контроль подготовку проведения съезда духовенства. Сам факт наличия многочисленных сторонников среди духовенства показывает реальную роль Баруди как лидера духовенства Казани и в период перед Февральской революцией 1917 г.
20 июля 1917 г. на предварительном заседании II Мусульманского съезда муфтий Галимджан Баруди заявил: "Свобода — это право, данное Аллахом мужчинам и женщинам... Каждый пусть поймет, что такое свобода, и будет действовать во имя ее". В автономии нужны "единство и союз. В нашем сердце есть вера, есть наш главный учитель — Коран и наше рвение".